stringtranslate.com

باکتری ها

باکتری ( / b æ k ˈ t ɪər i ə / ⓘ ؛sg.: باکتری) موجوداتی هستند که در همه جا حاضر هستند و عمدتاً آزاد هستند و اغلب از یکسلول بیولوژیکی.دامنهبزرگیازمیکروارگانیسمهای پروکاریوتی . به طور معمول چندمیکرومترطول، باکتری ها جزو اولین اشکال حیاتی بودند که رویزمینو در بیشترزیستگاه های. باکتری ها در خاک، آب،چشمه های آب گرم اسیدی،زباله های رادیواکتیووبیوسفر عمیقپوستهزمین.با بازیافت مواد مغذی وتثبیت نیتروژنازجوچرخه مواد مغذینقش حیاتی دارند. چرخه مواد مغذی شاملتجزیهاجسادمرده. باکتری ها مسئولپوسیدگیدر این فرآیند هستند. در جوامع بیولوژیکی اطرافدریچه‌های گرمابیوتراوش‌های سرد،اکستروموفیلبا تبدیل ترکیبات محلول مانندسولفید هیدروژنومتانبه انرژی، مواد مغذی مورد نیاز برای حفظ حیات را فراهم می‌کنند. باکتری ها همچنین درمتقابل،همسانوانگلیبا گیاهان و حیوانات زندگی می کنند. بیشتر باکتری ها مشخص نشده اند و گونه های زیادی وجود دارد که نمی توان آنها رادر آزمایشگاهرشد دادمطالعه باکتری ها به عنوانباکتری شناسی، شاخه ای ازمیکروبیولوژی.

مانند همه حیوانات، انسان ها تعداد زیادی (تقریباً 10 13 تا 10 14 ) باکتری را حمل می کنند. [2] بیشتر آنها در روده هستند ، اگرچه تعداد زیادی روی پوست وجود دارد. بیشتر باکتری‌های موجود در بدن و روی بدن بی‌ضرر هستند یا به دلیل تأثیرات محافظتی سیستم ایمنی بدن ، بی‌خطر هستند و بسیاری از آنها مفید هستند ، [3] به‌ویژه آنهایی که در روده هستند. با این حال، چندین گونه از باکتری ها بیماری زا هستند و باعث بیماری های عفونی می شوند ، از جمله وبا ، سیفلیس ، سیاه زخم ، جذام ، سل ، کزاز و طاعون بوبونیک . شایع ترین بیماری های کشنده باکتریایی عفونت های تنفسی هستند . آنتی بیوتیک ها برای درمان عفونت های باکتریایی استفاده می شوند و همچنین در کشاورزی استفاده می شوند و مقاومت آنتی بیوتیکی را به یک مشکل رو به رشد تبدیل می کنند. باکتری ها در تصفیه فاضلاب و تجزیه نشت نفت ، تولید پنیر و ماست از طریق تخمیر ، بازیافت طلا، پالادیوم ، مس و سایر فلزات در بخش معدن ( بیومینینگ ، بیولیچینگ )، و همچنین در بیوتکنولوژی و ساخت آنتی بیوتیک ها و سایر مواد شیمیایی

زمانی که به عنوان گیاهان تشکیل دهنده کلاس شیزومیست ها ("قارچ های شکافت") در نظر گرفته می شدند، اکنون باکتری ها به عنوان پروکاریوت ها طبقه بندی می شوند . برخلاف سلول‌های جانوران و سایر یوکاریوت‌ها ، سلول‌های باکتریایی حاوی هسته نیستند و بندرت اندامک‌های متصل به غشاء را در خود جای می‌دهند . اگرچه اصطلاح باکتری به طور سنتی شامل همه پروکاریوت‌ها می‌شد، طبقه‌بندی علمی پس از کشف در دهه 1990 که پروکاریوت‌ها از دو گروه بسیار متفاوت از موجودات تشکیل شده‌اند که از یک جد مشترک باستانی تکامل یافته بودند ، تغییر کرد . این حوزه های تکاملی باکتری ها و آرکیا نامیده می شوند . [4]

ریشه شناسی

Bacillus subtilis میله ای شکل

کلمه باکتری جمع باکتری نئو لاتین است که لاتینی کردن یونان باستان βακτήριον ( baktḗrion ) [5] مخلوق βακτηρία ( baktēría ) به معنای «عصا، عصا» است، [ 6] زیرا اولین آنهایی که قرار بود کشف شوند میله ای شکل بودند . [7] [8]

پیدایش و تکامل اولیه

درخت فیلوژنتیک باکتری ها، آرکیا و یوکاریا ، با آخرین جد مشترک جهانی (LUCA) در ریشه. [9]

اجداد باکتری ها میکروارگانیسم های تک سلولی بودند که اولین اشکال حیاتی بودند که در حدود 4 میلیارد سال پیش روی زمین ظاهر شدند. [10] برای حدود 3 میلیارد سال، بیشتر موجودات میکروسکوپی بودند و باکتری ها و آرکیا اشکال غالب حیات بودند. [11] [12] [13] اگرچه فسیل‌های باکتریایی مانند استروماتولیت‌ها وجود دارد ، فقدان مورفولوژی متمایز آن‌ها مانع از استفاده از آن‌ها برای بررسی تاریخچه تکامل باکتری‌ها یا تاریخ‌گذاری زمان پیدایش گونه‌های باکتریایی خاص می‌شود. با این حال، توالی‌های ژنی را می‌توان برای بازسازی فیلوژنی باکتری استفاده کرد ، و این مطالعات نشان می‌دهد که باکتری‌ها ابتدا از دودمان باستانی/یوکاریوتی جدا شده‌اند. [14] جدیدترین جد مشترک (MRCA) باکتری ها و باستانی ها احتمالاً یک هیپرترموفیل بوده که حدود 2.5 تا 3.2 میلیارد سال پیش می زیسته است. [15] [16] [17] اولین زندگی روی خشکی ممکن است حدود 3.22 میلیارد سال پیش باکتری بوده باشد. [18]

باکتری‌ها همچنین در دومین واگرایی تکاملی بزرگ، یعنی باستان‌ها و یوکاریوت‌ها، دخیل بودند. [19] [20] در اینجا، یوکاریوت‌ها از ورود باکتری‌های باستانی به پیوندهای درون همزیستی با اجداد سلول‌های یوکاریوتی، که خود احتمالاً مربوط به آرکیا بودند، به وجود آمدند. [21] [22] این شامل بلعیده شدن توسط سلول های پروتو-یوکاریوتی همزیست های آلفاپروتئوباکتری برای تشکیل میتوکندری یا هیدروژنوزوم بود که هنوز در تمام یوکاریای شناخته شده یافت می شوند (گاهی اوقات به شکل بسیار کاهش یافته ، به عنوان مثال در تک یاخته های باستانی "آمیتوکندری"). بعدها، برخی از یوکاریوت هایی که قبلاً حاوی میتوکندری بودند، موجودات سیانوباکتری مانند را نیز در خود فرو بردند که منجر به تشکیل کلروپلاست در جلبک ها و گیاهان شد. این به آندوسیمبیوز اولیه معروف است . [23]

زیستگاه

باکتری ها در همه جا وجود دارند و در هر زیستگاه ممکن روی این سیاره از جمله خاک، زیر آب، اعماق پوسته زمین و حتی محیط های شدید مانند چشمه های آب گرم اسیدی و زباله های رادیواکتیو زندگی می کنند. [24] [25] تصور می شود که تقریباً 2×1030 باکتری روی زمین وجود دارد، [26] که زیست توده ای را تشکیل می دهند که فقط گیاهان از آن فراتر می روند. [27] آنها در دریاچه‌ها و اقیانوس‌ها، در یخ‌های قطبی و چشمه‌های زمین گرمایی [28] فراوان هستند ، جایی که مواد مغذی مورد نیاز برای حفظ حیات را با تبدیل ترکیبات محلول مانند سولفید هیدروژن و متان به انرژی فراهم می‌کنند. [29] آنها روی گیاهان و حیوانات و در آنها زندگی می کنند. بیشتر آنها باعث بیماری نمی شوند، برای محیط خود مفید هستند و برای زندگی ضروری هستند. [3] [30] خاک منبع غنی از باکتری است و چند گرم حاوی حدود هزار میلیون از آنها است. همه آنها برای اکولوژی خاک، تجزیه زباله های سمی و بازیافت مواد مغذی ضروری هستند. آنها حتی در جو یافت می شوند و یک متر مکعب هوا حدود صد میلیون سلول باکتری را در خود جای می دهد. اقیانوس ها و دریاها دارای حدود 3×1026 باکتری هستند که تا 50 درصد از اکسیژن تنفسی انسان را تامین می کنند. [31] تنها حدود 2 درصد از گونه های باکتریایی به طور کامل مورد مطالعه قرار گرفته اند. [32]

مورفولوژی

نموداری که مورفولوژی باکتری ها را نشان می دهد
باکتری ها مورفولوژی و آرایش سلولی زیادی را نشان می دهند [8]

اندازه . باکتری ها دارای تنوع گسترده ای از اشکال و اندازه ها هستند. اندازه سلول‌های باکتریایی حدود یک دهم سلول‌های یوکاریوتی است و به طور معمول ۰.۵ تا ۵.۰  میکرومتر طول دارند. با این حال، تعداد کمی از گونه ها با چشم غیر مسلح قابل مشاهده هستند - برای مثال، Thiomargarita namibiensis تا نیم میلی متر طول دارد، [34] Epulopiscium fishelsoni به 0.7 میلی متر می رسد، [35] و Thiomargarita magnifica می تواند حتی به 2 سانتی متر طول برسد که این است. 50 برابر بزرگتر از سایر باکتری های شناخته شده است. [36] [37] در میان کوچک‌ترین باکتری‌ها، اعضایی از جنس مایکوپلاسما هستند که اندازه آن‌ها تنها 0.3 میکرومتر است، به اندازه بزرگ‌ترین ویروس‌ها . [38] برخی از باکتری ها ممکن است حتی کوچکتر باشند، اما این اولترا میکروباکتری ها به خوبی مطالعه نشده اند. [39]

شکل . بیشتر گونه‌های باکتریایی کروی هستند که کوکی نامیده می‌شوند ( کوکوس منفرد ، از یونانی kókkos ، دانه، دانه)، یا میله‌ای شکل، به نام باسیل ( sing . bacillus، از لاتین baculus ، چوب). [40] برخی از باکتری ها، به نام ویبریو ، به شکل میله های کمی خمیده یا کاما شکل هستند. برخی دیگر می توانند مارپیچی شکل باشند که اسپیرلا نامیده می شوند یا به طور محکم پیچ خورده هستند که اسپیروکت نامیده می شوند . تعداد کمی از اشکال غیرمعمول دیگر مانند باکتری های ستاره ای شکل توصیف شده است. [41] این طیف گسترده ای از اشکال توسط دیواره سلولی باکتری و اسکلت سلولی تعیین می شود و مهم است زیرا می تواند بر توانایی باکتری ها در بدست آوردن مواد مغذی، چسبیدن به سطوح، شنا کردن در میان مایعات و فرار از شکارچیان تأثیر بگذارد . [42] [43]

محدوده اندازه های نشان داده شده توسط پروکاریوت ها (باکتری ها)، نسبت به سایر موجودات و مولکول های زیستی . [44]

چند سلولی بودن . بیشتر گونه های باکتریایی به صورت تک سلولی وجود دارند. دیگران در الگوهای مشخصه با هم مرتبط هستند: نایسریا دیپلوئیدها (جفت)، استرپتوکوک ها زنجیره تشکیل می دهند و استافیلوکوک ها با هم در خوشه های "خوشه انگور" گروه می شوند. باکتری‌ها همچنین می‌توانند گروه‌بندی شوند تا ساختارهای چند سلولی بزرگ‌تری مانند رشته‌های دراز گونه‌های Actinomycetota ، مجموعه‌های گونه‌های Myxobacteria و هیف‌های پیچیده گونه‌های Streptomyces را تشکیل دهند . [45] این ساختارهای چند سلولی اغلب فقط در شرایط خاصی دیده می شوند. به عنوان مثال، وقتی از اسیدهای آمینه گرسنگی می‌کشند، میکسوباکتری‌ها سلول‌های اطراف را در فرآیندی به نام سنجش حد نصاب تشخیص می‌دهند ، به سمت یکدیگر مهاجرت می‌کنند و برای تشکیل بدن‌های میوه‌دهی به طول 500 میکرومتر و حاوی تقریباً 100000 سلول باکتریایی جمع می‌شوند. [46] در این اجسام بارده، باکتری ها وظایف جداگانه ای را انجام می دهند. به عنوان مثال، حدود یک سلول از هر ده سلول به بالای بدن میوه‌دهی مهاجرت می‌کند و به حالت غیرفعال تخصصی به نام میکسوسپور تمایز می‌یابد که در برابر خشک شدن و سایر شرایط نامطلوب محیطی مقاوم‌تر است. [47]

بیوفیلم ها باکتری ها اغلب به سطوح متصل می شوند و تجمعات متراکمی به نام بیوفیلم [48] و تشکیلات بزرگتر به نام تشک های میکروبی را تشکیل می دهند . [49] این بیوفیلم‌ها و تشک‌ها می‌توانند از چند میکرومتر ضخامت تا عمق نیم متر متغیر باشند و ممکن است حاوی گونه‌های متعددی از باکتری‌ها، پروتیست‌ها و باستان‌ها باشند. باکتری‌هایی که در بیوفیلم‌ها زندگی می‌کنند آرایش پیچیده‌ای از سلول‌ها و اجزای خارج سلولی را نشان می‌دهند و ساختارهای ثانویه مانند میکروکلونی‌ها را تشکیل می‌دهند که از طریق آنها شبکه‌هایی از کانال‌ها وجود دارد تا امکان انتشار بهتر مواد مغذی را فراهم کند. [50] [51] در محیط‌های طبیعی، مانند خاک یا سطوح گیاهان، اکثر باکتری‌ها به سطوح در بیوفیلم‌ها متصل می‌شوند. [52] بیوفیلم‌ها در پزشکی نیز مهم هستند، زیرا این ساختارها اغلب در طول عفونت‌های باکتریایی مزمن یا در عفونت‌های دستگاه‌های پزشکی کاشته‌شده وجود دارند و کشتن باکتری‌های محافظت شده در بیوفیلم‌ها بسیار سخت‌تر از باکتری‌های جدا شده است. [53]

ساختار سلولی

سلول پروکاریوت با ساختار و قطعات
ساختار و محتویات یک سلول باکتریایی گرم مثبت معمولی (با این واقعیت که تنها یک غشای سلولی وجود دارد مشاهده می شود).

ساختارهای درون سلولی

سلول باکتری توسط یک غشای سلولی احاطه شده است که عمدتاً از فسفولیپیدها ساخته شده است . این غشاء محتویات سلول را محصور می کند و به عنوان مانعی برای نگهداری مواد مغذی، پروتئین ها و سایر اجزای ضروری سیتوپلاسم در داخل سلول عمل می کند. [54] برخلاف سلول‌های یوکاریوتی ، باکتری‌ها معمولاً فاقد ساختارهای بزرگ متصل به غشاء در سیتوپلاسم خود مانند هسته ، میتوکندری ، کلروپلاست و سایر اندامک‌های موجود در سلول‌های یوکاریوتی هستند. [55] با این حال، برخی از باکتری‌ها دارای اندامک‌های متصل به پروتئین در سیتوپلاسم هستند که جنبه‌های متابولیسم باکتری را تقسیم می‌کنند، [56] [57] مانند کربوکسیزوم . [58] علاوه بر این، باکتری‌ها دارای یک اسکلت سلولی چند جزئی برای کنترل محل پروتئین‌ها و اسیدهای نوکلئیک در داخل سلول و مدیریت فرآیند تقسیم سلولی هستند . [59] [60] [61]

بسیاری از واکنش‌های مهم بیوشیمیایی ، مانند تولید انرژی، به دلیل شیب غلظت در غشاها رخ می‌دهند و تفاوت پتانسیل مشابه باتری ایجاد می‌کنند. فقدان کلی غشای داخلی در باکتری ها به این معنی است که این واکنش ها، مانند انتقال الکترون ، در سراسر غشای سلولی بین سیتوپلاسم و خارج سلول یا پری پلاسم رخ می دهد . [62] با این حال، در بسیاری از باکتری‌های فتوسنتزی، غشای پلاسمایی به شدت چین خورده است و بیشتر سلول را با لایه‌هایی از غشای جمع‌آوری نور پر می‌کند. [63] این کمپلکس‌های جمع‌آوری نور حتی ممکن است ساختارهای محصور در لیپید به نام کلروزوم را در باکتری‌های گوگرد سبز ایجاد کنند . [64]

یک میکروگراف الکترونی از سلول‌های هالوتوباسیلوس نئاپولیتانوس با کربوکسی‌زوم‌ها در داخل، با فلش‌هایی که کربوکسیزوم‌های قابل مشاهده را برجسته می‌کنند. نوارهای مقیاس 100 نانومتر را نشان می دهد.

باکتری ها هسته متصل به غشاء ندارند و ماده ژنتیکی آنها معمولاً یک کروموزوم باکتریایی دایره ای منفرد از DNA است که در سیتوپلاسم در بدنی نامنظم به نام نوکلوئید قرار دارد . [65] نوکلوئید حاوی کروموزوم با پروتئین های مرتبط و RNA است . مانند همه موجودات دیگر ، باکتری ها حاوی ریبوزوم برای تولید پروتئین هستند، اما ساختار ریبوزوم باکتری با ساختار یوکاریوت ها و آرکی ها متفاوت است. [66]

برخی از باکتری ها گرانول های ذخیره مواد مغذی درون سلولی مانند گلیکوژن ، [67] پلی فسفات ، [68] گوگرد [69] یا پلی هیدروکسی آلکانوات ها را تولید می کنند . [70] باکتری‌هایی مانند سیانوباکتری‌های فتوسنتزی ، واکوئل‌های گازی داخلی تولید می‌کنند که از آن برای تنظیم شناوری خود استفاده می‌کنند و به آن‌ها اجازه می‌دهند تا به سمت لایه‌های آب با شدت نور و سطوح مختلف مواد مغذی حرکت کنند. [71]

ساختارهای خارج سلولی

در اطراف بیرون غشای سلولی دیواره سلولی قرار دارد . دیواره های سلولی باکتری از پپتیدوگلیکان (مورئین نیز نامیده می شود) ساخته شده است که از زنجیره های پلی ساکارید به هم پیوسته توسط پپتیدهای حاوی اسیدهای آمینه D ساخته شده است . [72] دیواره سلولی باکتری با دیواره سلولی گیاهان و قارچ ها که به ترتیب از سلولز و کیتین ساخته شده اند متفاوت است . [73] دیواره سلولی باکتری ها نیز متمایز از دیواره آکی است که حاوی پپتیدوگلیکان نیست. دیواره سلولی برای بقای بسیاری از باکتری ها ضروری است و آنتی بیوتیک پنی سیلین (تولید شده توسط قارچی به نام پنی سیلیوم ) قادر است با مهار مرحله ای از سنتز پپتیدوگلیکان، باکتری ها را از بین ببرد. [73]

به طور کلی دو نوع مختلف دیواره سلولی در باکتری ها وجود دارد که باکتری ها را به باکتری های گرم مثبت و باکتری های گرم منفی طبقه بندی می کنند . نام‌ها از واکنش سلول‌ها به رنگ آمیزی گرم ، یک آزمایش طولانی مدت برای طبقه‌بندی گونه‌های باکتریایی سرچشمه می‌گیرند. [74]

باکتری های گرم مثبت دارای دیواره سلولی ضخیم حاوی لایه های زیادی از پپتیدوگلیکان و اسیدهای تیکوئیک هستند . در مقابل، باکتری های گرم منفی دیواره سلولی نسبتاً نازکی دارند که شامل چند لایه پپتیدوگلیکان است که توسط یک غشای لیپیدی دوم حاوی لیپوپلی ساکاریدها و لیپوپروتئین ها احاطه شده است . اکثر باکتری ها دیواره سلولی گرم منفی دارند و فقط اعضای گروه Bacillota و actinomycetota (که قبلاً به ترتیب به عنوان باکتری های گرم مثبت G+C و G+C بالا شناخته می شدند) آرایش گرم مثبت جایگزین دارند. [75] این تفاوت‌ها در ساختار می‌توانند تفاوت‌هایی را در حساسیت آنتی‌بیوتیکی ایجاد کنند. به عنوان مثال، وانکومایسین می تواند تنها باکتری های گرم مثبت را از بین ببرد و در برابر پاتوژن های گرم منفی مانند هموفیلوس آنفولانزا یا سودوموناس آئروژینوزا بی اثر است . [76] برخی از باکتری ها ساختارهای دیواره سلولی دارند که به طور کلاسیک گرم مثبت یا گرم منفی نیستند. این شامل باکتری های مهم بالینی مانند مایکوباکتری ها می شود که دارای دیواره سلولی ضخیم پپتیدوگلیکان مانند یک باکتری گرم مثبت هستند، اما همچنین یک لایه بیرونی دوم از لیپیدها را نیز شامل می شود. [77]

در بسیاری از باکتری‌ها، یک لایه S از مولکول‌های پروتئینی به‌طور صلب، بیرون سلول را می‌پوشاند. [78] این لایه محافظت شیمیایی و فیزیکی برای سطح سلول فراهم می کند و می تواند به عنوان یک مانع انتشار ماکرومولکولی عمل کند . لایه‌های S عملکردهای متنوعی دارند و به عنوان فاکتورهای حدت در گونه‌های کمپیلوباکتر عمل می‌کنند و حاوی آنزیم‌های سطحی در Bacillus stearothermophilus هستند . [79] [80]

میکروگراف الکترونی هلیکوباکتر پیلوری، تاژک های متعدد را روی سطح سلول نشان می دهد
میکروگراف الکترونی هلیکوباکتر پیلوری ، تاژک های متعدد را روی سطح سلول نشان می دهد

تاژک‌ها ساختارهای پروتئینی سفت و سختی هستند که حدود 20 نانومتر قطر و تا 20 میکرومتر طول دارند که برای تحرک استفاده می‌شوند . تاژک ها توسط انرژی آزاد شده توسط انتقال یون ها به پایین گرادیان الکتروشیمیایی در غشای سلول هدایت می شوند. [81]

فیمبریاها (گاهی اوقات " پیلی پیوست " نامیده می شود) رشته های پروتئینی ظریفی هستند که معمولاً 2 تا 10 نانومتر قطر و تا چند میکرومتر طول دارند. آنها در سطح سلول پخش می شوند و وقتی زیر میکروسکوپ الکترونی دیده می شوند شبیه موهای ریز هستند . [82] اعتقاد بر این است که فیمبریا در اتصال به سطوح جامد یا سایر سلول‌ها نقش دارد و برای حدت برخی از پاتوژن‌های باکتریایی ضروری است. [83] پیلی ( sing . pilus) زائده‌های سلولی اند، کمی بزرگ‌تر از فیمبریاها، که می‌توانند مواد ژنتیکی را بین سلول‌های باکتریایی در فرآیندی به نام کونژوگاسیون منتقل کنند، جایی که به آنها پیلی مزدوج یا جنسی پیلی می‌گویند (به ژنتیک باکتریایی، در زیر مراجعه کنید). [84] آنها همچنین می توانند حرکتی ایجاد کنند که به آنها پیلی نوع IV می گویند . [85]

گلیکوکالیکس توسط بسیاری از باکتری ها تولید می شود تا سلول های آنها را احاطه کند، [86] و پیچیدگی ساختاری آن متفاوت است: از یک لایه لجن نامرتب از مواد پلیمری خارج سلولی تا یک کپسول بسیار ساختار یافته . این ساختارها می توانند از سلول ها در برابر بلعیده شدن توسط سلول های یوکاریوتی مانند ماکروفاژها (بخشی از سیستم ایمنی بدن انسان ) محافظت کنند. [87] آنها همچنین می توانند به عنوان آنتی ژن عمل کنند و در شناسایی سلول نقش داشته باشند و همچنین به چسبیدن به سطوح و تشکیل بیوفیلم ها کمک کنند. [88]

مونتاژ این ساختارهای خارج سلولی به سیستم های ترشح باکتریایی بستگی دارد . اینها پروتئین ها را از سیتوپلاسم به پری پلاسم یا محیط اطراف سلول منتقل می کنند. بسیاری از انواع سیستم‌های ترشحی شناخته شده‌اند و این ساختارها اغلب برای حدت پاتوژن‌ها ضروری هستند، بنابراین به شدت مورد مطالعه قرار می‌گیرند. [88]

اندوسپورها

سیاه زخم بنفش رنگ شده است
باسیلوس آنتراسیس (بنفش رنگ شده) در حال رشد در مایع مغزی نخاعی [89]

برخی از جنس‌های باکتری‌های گرم مثبت مانند باسیلوس ، کلستریدیوم ، اسپورهالوباکتر ، آنایروباکتر و هلیوباکتریوم می‌توانند ساختارهای بسیار مقاوم و غیر فعالی به نام اندوسپور تشکیل دهند . [90] اندوسپورها در داخل سیتوپلاسم سلول ایجاد می شوند. به طور کلی، یک آندوسپور در هر سلول ایجاد می شود. [91] هر اندوسپور حاوی هسته ای از DNA و ریبوزوم است که توسط یک لایه قشر احاطه شده و توسط یک پوشش سفت و سخت چند لایه متشکل از پپتیدوگلیکان و انواع پروتئین محافظت می شود. [91]

اندوسپورها متابولیسم قابل تشخیصی ندارند و می توانند از استرس های فیزیکی و شیمیایی شدید مانند سطوح بالای نور UV ، اشعه گاما ، مواد شوینده ، ضدعفونی کننده ها ، گرما، انجماد، فشار و خشک شدن جان سالم به در ببرند . [92] در این حالت خفته، این موجودات ممکن است برای میلیون ها سال زنده بمانند. [93] [94] [95] آندوسپورها حتی به باکتری‌ها اجازه می‌دهند تا در معرض خلاء و تشعشعات فضای بیرونی زنده بمانند ، و این احتمال را ایجاد می‌کند که باکتری‌ها می‌توانند توسط غبار فضایی ، شهاب‌سنگ‌ها ، سیارک‌ها ، دنباله‌دارها ، سیاره‌نماها یا سیاره‌نماها در سراسر جهان توزیع شوند. پان اسپرمی جهت دار [96] [97]

باکتری های تشکیل دهنده آندوسپور می توانند باعث بیماری شوند. به عنوان مثال، سیاه زخم با استنشاق آندوسپورهای باسیلوس آنتراسیس ایجاد می شود و آلودگی زخم های سوراخ عمیق با آندوسپورهای کلستریدیوم تتانی باعث کزاز می شود که مانند بوتولیسم توسط سمی که توسط باکتری هایی که از هاگ ها رشد می کنند ایجاد می شود. [98] عفونت Clostridioides difficile ، یک مشکل رایج در محیط‌های مراقبت‌های بهداشتی، توسط باکتری‌های تشکیل دهنده اسپور ایجاد می‌شود. [99]

متابولیسم

باکتری ها انواع بسیار متنوعی از متابولیک را نشان می دهند . [100] توزیع صفات متابولیک در یک گروه از باکتری ها به طور سنتی برای تعریف طبقه بندی آنها استفاده می شود ، اما این صفات اغلب با طبقه بندی های ژنتیکی مدرن مطابقت ندارند. [101] متابولیسم باکتری ها بر اساس سه معیار اصلی به گروه های تغذیه ای طبقه بندی می شود : منبع انرژی ، اهداکنندگان الکترون مورد استفاده، و منبع کربن مورد استفاده برای رشد. [102]

باکتری‌های فوتوتروف با استفاده از فتوسنتز انرژی را از نور به دست می‌آورند ، در حالی که باکتری‌های شیمی‌گردان ترکیبات شیمیایی را از طریق اکسیداسیون تجزیه می‌کنند ، [103] با انتقال الکترون‌ها از یک دهنده الکترون معین به گیرنده الکترون پایانی در یک واکنش ردوکس ، متابولیسم را هدایت می‌کنند . شیمی‌تروف‌ها بر اساس انواع ترکیباتی که برای انتقال الکترون‌ها استفاده می‌کنند، تقسیم می‌شوند. به باکتری هایی که از ترکیبات معدنی مانند هیدروژن، مونوکسید کربن یا آمونیاک الکترون می گیرند لیتوتروف و آنهایی که از ترکیبات آلی استفاده می کنند ارگانوتروف می گویند . [103] با این حال، به طور خاص تر، موجودات هوازی از اکسیژن به عنوان گیرنده الکترون پایانی استفاده می کنند ، در حالی که موجودات بی هوازی از ترکیبات دیگری مانند نیترات ، سولفات ، یا دی اکسید کربن استفاده می کنند. [103]

بسیاری از باکتری ها که هتروتروف نامیده می شوند، کربن خود را از کربن آلی دیگر می گیرند . سایرین، مانند سیانوباکتری ها و برخی باکتری های بنفش ، اتوتروف هستند ، به این معنی که کربن سلولی را با تثبیت دی اکسید کربن به دست می آورند . [104] در شرایط غیر معمول، گاز متان می تواند توسط باکتری های متانوتروف به عنوان منبع الکترون و بستری برای آنابولیسم کربن استفاده شود . [105]

از بسیاری جهات، متابولیسم باکتری ها صفاتی را فراهم می کند که برای ثبات اکولوژیکی و برای جامعه انسانی مفید است. به عنوان مثال، دیازوتروف ها توانایی تثبیت گاز نیتروژن را با استفاده از آنزیم نیتروژناز دارند . [106] این ویژگی، که می‌تواند در باکتری‌های انواع متابولیک ذکر شده در بالا یافت شود، [107] به ترتیب منجر به فرآیندهای مهم زیست‌محیطی نیترات زدایی ، کاهش سولفات و استوژنز می‌شود . [108] فرآیندهای متابولیک باکتریایی محرک‌های مهم در پاسخ‌های بیولوژیکی به آلودگی هستند . به عنوان مثال، باکتری های احیا کننده سولفات تا حد زیادی مسئول تولید اشکال بسیار سمی جیوه ( متیل و دی متیل جیوه ) در محیط هستند. [۱۰۹] بی‌هوازی‌های غیر تنفسی از تخمیر برای تولید انرژی و کاهش قدرت استفاده می‌کنند و محصولات جانبی متابولیک (مانند اتانول در دم کردن) را به عنوان زباله ترشح می‌کنند. بی‌هوازی اختیاری بسته به شرایط محیطی که در آن قرار می‌گیرند، می‌توانند بین تخمیر و گیرنده‌های الکترون انتهایی مختلف جابجا شوند. [110]

رشد و تولید مثل

نقاشی نشان دادن فرآیندهای شکافت دوتایی، میتوز و میوز
بسیاری از باکتری ها از طریق شکافت دوتایی تولید مثل می کنند که در این تصویر با میتوز و میوز مقایسه می شود.
کشت سالمونلا
کلنی اشریشیا کلی [111]

برخلاف موجودات چند سلولی، افزایش اندازه سلول ( رشد سلولی ) و تولیدمثل توسط تقسیم سلولی در موجودات تک سلولی پیوند محکمی دارد. باکتری ها به اندازه ثابتی رشد می کنند و سپس از طریق شکافت دوتایی ، که نوعی تولید مثل غیرجنسی است، تکثیر می شوند . [112] در شرایط بهینه، باکتری‌ها می‌توانند به سرعت رشد کرده و تقسیم شوند و برخی از جمعیت باکتری‌ها می‌توانند به سرعت هر 17 دقیقه دو برابر شوند. [113] در تقسیم سلولی، دو سلول دختر کلون یکسان تولید می شود. برخی از باکتری ها، در حالی که هنوز به صورت غیرجنسی تولید مثل می کنند، ساختارهای تولید مثلی پیچیده تری را تشکیل می دهند که به پراکندگی سلول های دختر تازه تشکیل شده کمک می کند. به عنوان مثال می توان به تشکیل بدن میوه دار توسط میکسوباکتری ها و تشکیل هیف های هوایی توسط گونه های استرپتومایسس یا جوانه زدن اشاره کرد. جوانه زدن شامل یک سلول است که یک برآمدگی ایجاد می کند که جدا می شود و یک سلول دختر تولید می کند. [114]

در آزمایشگاه، باکتری ها معمولاً با استفاده از محیط های جامد یا مایع رشد می کنند. [115] محیط های رشد جامد ، مانند صفحات آگار ، برای جداسازی کشت های خالص یک سویه باکتریایی استفاده می شود. با این حال، محیط های رشد مایع زمانی استفاده می شود که اندازه گیری رشد یا حجم زیادی از سلول ها مورد نیاز باشد. رشد در محیط های مایع هم زده به صورت یک سوسپانسیون سلولی یکنواخت رخ می دهد و کشت ها را برای تقسیم و انتقال آسان می کند، اگرچه جداسازی تک باکتری ها از محیط های مایع دشوار است. استفاده از محیط های انتخابی (محیط های حاوی مواد مغذی خاص یا با کمبود یا با آنتی بیوتیک ها) می تواند به شناسایی ارگانیسم های خاص کمک کند. [116]

اکثر تکنیک های آزمایشگاهی برای رشد باکتری ها از سطوح بالایی از مواد مغذی برای تولید مقادیر زیادی سلول ارزان و سریع استفاده می کنند. [115] با این حال، در محیط های طبیعی، مواد مغذی محدود هستند، به این معنی که باکتری ها نمی توانند به طور نامحدود به تولید مثل ادامه دهند. این محدودیت مواد مغذی منجر به تکامل استراتژی‌های رشد مختلف شده است (به نظریه انتخاب r/K مراجعه کنید ). برخی از ارگانیسم ها زمانی که مواد مغذی در دسترس هستند می توانند به سرعت رشد کنند، مانند شکل گیری شکوفه های جلبکی و سیانوباکتری که اغلب در طول تابستان در دریاچه ها رخ می دهد. [117] ارگانیسم‌های دیگر سازگاری با محیط‌های سخت دارند، مانند تولید آنتی‌بیوتیک‌های متعدد توسط استرپتومایسس که مانع رشد میکروارگانیسم‌های رقیب می‌شود. [118] در طبیعت، بسیاری از ارگانیسم‌ها در جوامعی زندگی می‌کنند (به عنوان مثال، بیوفیلم‌ها ) که ممکن است امکان افزایش عرضه مواد مغذی و محافظت در برابر تنش‌های محیطی را فراهم کنند. [52] این روابط می تواند برای رشد یک ارگانیسم خاص یا گروهی از موجودات ضروری باشد ( سنتروفی ). [119]

رشد باکتری از چهار مرحله پیروی می کند. هنگامی که جمعیتی از باکتری ها برای اولین بار وارد یک محیط با مواد مغذی بالا می شوند که امکان رشد را فراهم می کند، سلول ها باید با محیط جدید خود سازگار شوند. فاز اول رشد، فاز تاخیری است ، دوره‌ای از رشد آهسته که سلول‌ها در حال سازگاری با محیط با مواد مغذی بالا هستند و برای رشد سریع آماده می‌شوند. فاز تاخیر دارای نرخ بیوسنتز بالایی است، زیرا پروتئین های لازم برای رشد سریع تولید می شوند. [120] [121] مرحله دوم رشد ، فاز لگاریتمی است که به عنوان فاز نمایی نیز شناخته می شود. فاز لگ با رشد نمایی سریع مشخص می شود . سرعت رشد سلول ها در این مرحله به عنوان نرخ رشد ( k ) و زمانی که طول می کشد تا سلول ها دو برابر شوند به عنوان زمان تولید ( g ) شناخته می شود. در طول فاز لگ، مواد مغذی با حداکثر سرعت متابولیزه می شوند تا زمانی که یکی از مواد مغذی تخلیه شود و شروع به محدود کردن رشد کند. مرحله سوم رشد، فاز ساکن است و در اثر کمبود مواد مغذی ایجاد می شود. سلول ها فعالیت متابولیک خود را کاهش می دهند و پروتئین های سلولی غیر ضروری را مصرف می کنند. فاز ثابت انتقالی از رشد سریع به حالت پاسخ به استرس است و بیان ژن های دخیل در ترمیم DNA ، متابولیسم آنتی اکسیدان و انتقال مواد مغذی افزایش می یابد . [122] مرحله نهایی مرحله مرگ است که در آن باکتری ها مواد مغذی خود را تمام می کنند و می میرند. [123]

ژنتیک

تصویر میکروسکوپ یون هلیوم که فاژ T4 را نشان می دهد که E. coli را آلوده می کند . برخی از فاژهای متصل دارای دم منقبض هستند که نشان می دهد DNA خود را به میزبان تزریق کرده اند. عرض سلول های باکتری ~ 0.5 میکرومتر است. [124]

بیشتر باکتری‌ها یک کروموزوم دایره‌ای دارند که می‌تواند از 160000 جفت باز در باکتری درون‌همزیستی Carsonella ruddii ، [125] تا 12200000 جفت باز (12.2 مگابیت بر ثانیه) در باکتری‌های ساکن خاک Sorangium cellulosum متغیر باشد . [126] در این مورد استثناهای زیادی وجود دارد. برای مثال، برخی از گونه‌های استرپتومایسس و بورلیا حاوی یک کروموزوم خطی هستند، [127] [128] در حالی که برخی از گونه‌های ویبریو حاوی بیش از یک کروموزوم هستند. [129] برخی از باکتری‌ها حاوی پلاسمیدها ، مولکول‌های کوچک خارج کروموزومی DNA هستند که ممکن است حاوی ژن‌هایی برای عملکردهای مفید مختلف مانند مقاومت آنتی‌بیوتیکی ، قابلیت‌های متابولیک، یا عوامل بیماری‌زای مختلف باشند . [130]

ژنوم باکتری ها معمولاً چند صد تا چند هزار ژن را رمزگذاری می کنند. ژن های موجود در ژنوم باکتری ها معمولاً یک امتداد پیوسته DNA هستند. اگرچه چندین نوع مختلف اینترون در باکتری ها وجود دارد، اما این ترون ها بسیار نادرتر از یوکاریوت ها هستند. [131]

باکتری ها، به عنوان موجودات غیرجنسی، یک نسخه مشابه از ژنوم والدین را به ارث می برند و کلونال هستند . با این حال، همه باکتری‌ها می‌توانند با انتخاب تغییراتی در DNA ماده ژنتیکی که در اثر نوترکیبی یا جهش ژنتیکی ایجاد می‌شود، تکامل یابند . جهش ها از خطاهای ایجاد شده در حین تکثیر DNA یا قرار گرفتن در معرض جهش زاها به وجود می آیند . نرخ جهش در بین گونه های مختلف باکتری و حتی در بین کلون های مختلف یک گونه از باکتری ها بسیار متفاوت است. [132] تغییرات ژنتیکی در ژنوم باکتری ها از جهش تصادفی در طول همانندسازی یا "جهش استرس محور" پدید می آیند، که در آن ژن های دخیل در یک فرآیند محدود کننده رشد خاص دارای نرخ جهش افزایش یافته ای هستند. [133]

برخی از باکتری ها مواد ژنتیکی را بین سلول ها انتقال می دهند. این می تواند به سه روش اصلی رخ دهد. اول، باکتری ها می توانند DNA اگزوژن را از محیط خود در فرآیندی به نام تبدیل جذب کنند . [134] بسیاری از باکتری ها به طور طبیعی می توانند DNA را از محیط جذب کنند، در حالی که برخی دیگر باید از نظر شیمیایی تغییر داده شوند تا آنها را وادار به جذب DNA کنند. [135] توسعه شایستگی در طبیعت معمولاً با شرایط محیطی استرس زا همراه است و به نظر می رسد سازگاری برای تسهیل ترمیم آسیب DNA در سلول های گیرنده باشد. [136] دوم، باکتریوفاژها می توانند در کروموزوم باکتریایی ادغام شوند و DNA خارجی را در فرآیندی به نام انتقال وارد کنند . انواع بسیاری از باکتریوفاژها وجود دارد. برخی باکتری های میزبان خود را آلوده و لیز می کنند ، در حالی که برخی دیگر وارد کروموزوم باکتریایی می شوند. [137] باکتری‌ها از طریق سیستم‌های اصلاح محدود که DNA خارجی را تجزیه می‌کنند و سیستمی که از توالی‌های CRISPR برای حفظ قطعات ژنوم فاژی که باکتری‌ها در گذشته با آن‌ها در تماس بوده‌اند، استفاده می‌کند، مقاومت می‌کنند . تکثیر ویروس از طریق نوعی تداخل RNA [139] [140] سوم، باکتری ها می توانند مواد ژنتیکی را از طریق تماس مستقیم با سلول از طریق کونژوگه انتقال دهند . [141]

در شرایط عادی، انتقال، کونژوگاسیون و تبدیل شامل انتقال DNA بین باکتری‌های منفرد از همان گونه است، اما گاهی ممکن است انتقال بین افراد گونه‌های باکتریایی مختلف رخ دهد و این ممکن است پیامدهای مهمی مانند انتقال مقاومت آنتی‌بیوتیکی داشته باشد. [142] [143] در چنین مواردی، اکتساب ژن از باکتری های دیگر یا محیط، انتقال افقی ژن نامیده می شود و ممکن است در شرایط طبیعی رایج باشد. [144]

رفتار

حرکت

میکروگراف الکترونی عبوری Desulfovibrio vulgaris که یک تاژک منفرد را در یک انتهای سلول نشان می دهد. نوار مقیاس 0.5 میکرومتر طول دارد.

بسیاری از باکتری ها متحرک هستند (می توانند خودشان را حرکت دهند) و این کار را با استفاده از مکانیسم های مختلف انجام می دهند. بهترین مورد مطالعه شده در مورد آنها تاژک ها هستند ، رشته های بلندی که توسط یک موتور در پایه چرخانده می شوند تا حرکت پروانه مانند ایجاد کنند. [145] تاژک باکتریایی از حدود 20 پروتئین ساخته شده است که تقریباً 30 پروتئین دیگر برای تنظیم و مونتاژ آن لازم است. [145] تاژک ساختاری چرخشی است که توسط یک موتور برگشت پذیر در پایه هدایت می شود که از گرادیان الکتروشیمیایی در سراسر غشاء برای نیرو استفاده می کند. [146]

آرایش های مختلف تاژک های باکتریایی: A-Monotrichous. B-Lophotrichous; C-Amphitricous; D-Peritrichous

باکتری ها می توانند از تاژک ها به روش های مختلف برای ایجاد انواع حرکت استفاده کنند. بسیاری از باکتری ها (مانند E. coli ) دو حالت حرکتی متمایز دارند: حرکت رو به جلو (شنا) و غلت زدن. غلت زدن به آن‌ها اجازه می‌دهد تا جهت‌گیری مجدد داشته باشند و حرکت خود را به صورت تصادفی سه بعدی تبدیل می‌کند . [147] گونه‌های باکتریایی از نظر تعداد و ترتیب تاژک‌ها روی سطحشان متفاوت است. برخی دارای یک تاژک منفرد ( تک تکه )، یک تاژک در هر انتها ( آمفیتریک )، دسته‌هایی از تاژک در قطب‌های سلول ( لوفوتریک ) هستند، در حالی که برخی دیگر دارای تاژک‌هایی هستند که در تمام سطح سلول توزیع شده‌اند ( پریتریک ). تاژک های گروهی از باکتری ها، اسپیروکت ها ، بین دو غشاء در فضای پری پلاسمیک یافت می شوند. آنها بدن مارپیچ مشخصی دارند که در حین حرکت به اطراف می پیچد. [145]

دو نوع دیگر از حرکت باکتری به نام تحرک انقباضی است که بر ساختاری به نام پیلوس نوع IV ، [148] و حرکت سر خوردن تکیه دارد که از مکانیسم‌های دیگری استفاده می‌کند. در تحرک انقباض، پیلوس میله مانند از سلول بیرون می‌آید، مقداری بستر را می‌بندد و سپس جمع می‌شود و سلول را به جلو می‌کشد. [149]

باکتری های متحرک توسط محرک های خاصی در رفتارهایی به نام مالیات جذب یا دفع می شوند : اینها شامل کموتاکسی ، فوتوتاکسی ، تاکسی انرژی و مگنتوتاکسی است . [150] [151] [152] در یک گروه خاص، میکسوباکتری‌ها، باکتری‌های منفرد با هم حرکت می‌کنند تا امواجی از سلول‌ها را تشکیل دهند که سپس تمایز پیدا می‌کنند و اجسام میوه‌دهی حاوی هاگ را تشکیل می‌دهند. [47] میکسوباکتری ها تنها زمانی حرکت می کنند که بر روی سطوح جامد باشند، برخلاف E. coli که در محیط مایع یا جامد متحرک است. [153]

چندین گونه لیستریا و شیگلا با غصب اسکلت سلولی که معمولاً برای حرکت اندامک ها در داخل سلول استفاده می شود، در داخل سلول میزبان حرکت می کنند. با ترویج پلیمریزاسیون اکتین در یک قطب از سلول های خود، آنها می توانند نوعی دم را تشکیل دهند که آنها را از طریق سیتوپلاسم سلول میزبان هل می دهد. [154]

ارتباط

تعداد کمی از باکتری ها دارای سیستم های شیمیایی هستند که نور تولید می کنند. این بیولومینسانس اغلب در باکتری هایی رخ می دهد که در ارتباط با ماهی زندگی می کنند و نور احتمالاً برای جذب ماهی یا سایر حیوانات بزرگ عمل می کند. [155]

باکتری ها اغلب به عنوان توده های چند سلولی معروف به بیوفیلم عمل می کنند ، سیگنال های مولکولی مختلفی را برای ارتباطات بین سلولی مبادله می کنند و در رفتار هماهنگ چند سلولی شرکت می کنند. [156] [157]

مزایای مشترک همکاری چند سلولی شامل تقسیم کار سلولی ، دسترسی به منابعی که نمی‌توانند به طور موثر توسط سلول‌های منفرد استفاده شوند، دفاع جمعی در برابر آنتاگونیست‌ها و بهینه‌سازی بقای جمعیت با تمایز به انواع سلول‌های متمایز است. [156] برای مثال، باکتری‌های موجود در بیوفیلم‌ها می‌توانند بیش از پانصد برابر بیشتر از باکتری‌های «پلانکتون» یک گونه نسبت به عوامل ضد باکتریایی مقاومت بیشتری داشته باشند. [157]

یکی از انواع ارتباطات بین سلولی توسط سیگنال مولکولی، سنجش حد نصاب نامیده می‌شود ، که به منظور تعیین اینکه آیا تراکم جمعیت محلی برای حمایت از سرمایه‌گذاری در فرآیندهایی که تنها در صورتی موفقیت‌آمیز هستند که تعداد زیادی از ارگانیسم‌های مشابه رفتار مشابهی انجام دهند، مانند دفع آنزیم‌های گوارشی ، کافی است یا خیر خدمت می‌کند. یا ساطع نور [158] [159] سنجش حد نصاب، باکتری ها را قادر می سازد تا بیان ژن را هماهنگ کنند و خود القا کننده ها یا فرومون هایی را که با رشد جمعیت سلولی تجمع می یابند ، تولید، آزاد و تشخیص دهند . [160]

طبقه بندی و شناسایی

رنگ آبی استرپتوکوک موتانس
استرپتوکوک موتانس با رنگ آمیزی گرم مشاهده شد.
درخت فیلوژنتیک نشان دهنده تنوع باکتری ها در مقایسه با سایر موجودات است. در اینجا باکتری‌ها توسط سه ابرگروه اصلی نشان داده می‌شوند: اولترامیکروباکتری‌های CPR ، Terrabacteria و Gracilicutes طبق تحلیل‌های ژنومی اخیر (2019). [161]

طبقه‌بندی به دنبال توصیف تنوع گونه‌های باکتریایی با نام‌گذاری و گروه‌بندی موجودات بر اساس شباهت‌ها است. باکتری ها را می توان بر اساس ساختار سلولی، متابولیسم سلولی یا بر اساس تفاوت در اجزای سلولی مانند DNA ، اسیدهای چرب ، رنگدانه ها، آنتی ژن ها و کینون ها طبقه بندی کرد . [116] در حالی که این طرح‌ها امکان شناسایی و طبقه‌بندی سویه‌های باکتریایی را فراهم می‌کردند، مشخص نبود که آیا این تفاوت‌ها تنوع بین گونه‌های متمایز یا بین سویه‌های همان گونه را نشان می‌دهند. این عدم قطعیت به دلیل عدم وجود ساختارهای متمایز در اکثر باکتری ها و همچنین انتقال ژن جانبی بین گونه های غیر مرتبط بود. [162] به دلیل انتقال ژن جانبی، برخی از باکتری های نزدیک به هم می توانند مورفولوژی و متابولیسم های بسیار متفاوتی داشته باشند. برای غلبه بر این عدم قطعیت، طبقه‌بندی باکتریایی مدرن بر سیستماتیک مولکولی ، با استفاده از تکنیک‌های ژنتیکی مانند تعیین نسبت گوانین سیتوزین ، هیبریداسیون ژنوم-ژنوم، و همچنین تعیین توالی ژن‌هایی که تحت انتقال ژن جانبی گسترده‌ای قرار نگرفته‌اند، مانند ژن rRNA ، تأکید می‌کند . [163] طبقه بندی باکتری ها با انتشار در مجله بین المللی باکتریولوژی سیستماتیک [164] و کتابچه راهنمای باکتریولوژی سیستماتیک Bergey تعیین می شود. [165] کمیته بین‌المللی باکتری‌شناسی سیستماتیک (ICSB) قوانین بین‌المللی را برای نام‌گذاری باکتری‌ها و دسته‌های طبقه‌بندی و رتبه‌بندی آنها در کد بین‌المللی نام‌گذاری باکتری‌ها حفظ می‌کند . [166]

از نظر تاریخی، باکتری ها بخشی از Plantae ، پادشاهی گیاهان در نظر گرفته می شدند و به آنها "Schizomycetes" (شکافت-قارچ) می گفتند. [167] به همین دلیل، باکتری های جمعی و سایر میکروارگانیسم های موجود در یک میزبان اغلب "فلور" نامیده می شوند. [168] اصطلاح "باکتری" به طور سنتی برای همه پروکاریوت های تک سلولی میکروسکوپی به کار می رفت. با این حال، سیستماتیک مولکولی نشان داد که حیات پروکاریوتی متشکل از دو حوزه مجزا است که در ابتدا Eubacteria و Archaebacteria نامیده می‌شدند، اما اکنون باکتری‌ها و Archaea نامیده می‌شوند که مستقل از یک جد مشترک باستانی تکامل یافته‌اند. [4] باستان‌ها و یوکاریوت‌ها بیشتر به یکدیگر مرتبط هستند تا با باکتری‌ها. این دو حوزه به همراه یوکاریا اساس سیستم سه حوزه ای هستند که در حال حاضر پرکاربردترین سیستم طبقه بندی در میکروبیولوژی است. [169] با این حال، به دلیل معرفی نسبتاً اخیر سیستماتیک مولکولی و افزایش سریع تعداد توالی‌های ژنومی موجود، طبقه‌بندی باکتری‌ها همچنان یک حوزه در حال تغییر و در حال گسترش است. [170] [171] برای مثال، کاوالیر اسمیت استدلال کرد که آرکی و یوکاریوت ها از باکتری های گرم مثبت تکامل یافته اند. [172]

شناسایی باکتری ها در آزمایشگاه به ویژه در پزشکی مهم است ، جایی که درمان صحیح توسط گونه های باکتریایی که باعث عفونت می شوند تعیین می شود. در نتیجه، نیاز به شناسایی پاتوژن های انسانی انگیزه اصلی برای توسعه تکنیک هایی برای شناسایی باکتری ها بود. [173]

رنگ آمیزی گرم که در سال 1884 توسط هانس کریستین گرام ایجاد شد ، باکتری ها را بر اساس ویژگی های ساختاری دیواره سلولی آنها مشخص می کند. [174] [74] لایه های ضخیم پپتیدوگلیکان در دیواره سلولی "گرم مثبت" به رنگ بنفش رنگ می شود، در حالی که دیواره سلولی نازک "گرم منفی" صورتی به نظر می رسد. [174] با ترکیب مورفولوژی و رنگ آمیزی گرم، اکثر باکتری ها را می توان به عنوان متعلق به یکی از چهار گروه (کوکس های گرم مثبت، باسیل های گرم مثبت، کوکس های گرم منفی و باسیل های گرم منفی) طبقه بندی کرد. برخی از ارگانیسم ها با لکه هایی غیر از رنگ آمیزی گرم به بهترین وجه شناسایی می شوند، به ویژه مایکوباکتریوم ها یا نوکاردیا ، که پایداری اسیدی را روی Ziehl-Neelsen یا لکه های مشابه نشان می دهند. [175] ارگانیسم‌های دیگر ممکن است نیاز به شناسایی با رشد آنها در محیط‌های خاص یا تکنیک‌های دیگر مانند سرولوژی داشته باشند . [176]

تکنیک‌های کشت برای تقویت رشد و شناسایی باکتری‌های خاص و در عین حال محدود کردن رشد باکتری‌های دیگر در نمونه طراحی شده‌اند. [177] اغلب این تکنیک ها برای نمونه های خاص طراحی می شوند. برای مثال، یک نمونه خلط برای شناسایی ارگانیسم‌هایی که باعث ذات‌الریه می‌شوند، درمان می‌شود ، در حالی که نمونه‌های مدفوع روی محیط‌های انتخابی برای شناسایی ارگانیسم‌هایی که باعث اسهال می‌شوند و از رشد باکتری‌های غیر بیماری‌زا جلوگیری می‌کنند، کشت داده می‌شوند. نمونه هایی که معمولاً استریل هستند، مانند خون ، ادرار یا مایع نخاعی ، تحت شرایطی که برای رشد همه موجودات احتمالی طراحی شده اند، کشت داده می شوند. [116] [178] هنگامی که یک ارگانیسم بیماری زا جدا شد، می توان آن را با مورفولوژی، الگوهای رشد (مانند رشد هوازی یا بی هوازی )، الگوهای همولیز و رنگ آمیزی مشخص کرد. [179]

همانند طبقه بندی باکتری ها، شناسایی باکتری ها به طور فزاینده ای با استفاده از روش های مولکولی [180] و طیف سنجی جرمی انجام می شود . [181] بیشتر باکتری ها مشخص نشده اند و گونه های زیادی وجود دارند که نمی توانند در آزمایشگاه رشد کنند . [182] تشخیص با استفاده از ابزارهای مبتنی بر DNA، مانند واکنش زنجیره‌ای پلیمراز ، به دلیل ویژگی و سرعت آنها، در مقایسه با روش‌های مبتنی بر کشت، محبوبیت فزاینده‌ای دارد. [183] ​​این روش‌ها همچنین امکان تشخیص و شناسایی سلول‌های « قابل زنده اما غیرقابل کشت » را که از نظر متابولیکی فعال هستند اما تقسیم نمی‌شوند را می‌دهد. [184] با این حال، حتی با استفاده از این روش‌های بهبودیافته، تعداد کل گونه‌های باکتری مشخص نیست و حتی نمی‌توان آن را با قطعیت تخمین زد. طبق طبقه بندی حاضر، کمی کمتر از 9300 گونه شناخته شده از پروکاریوت ها وجود دارد که شامل باکتری ها و باستانی ها می شود. [185] اما تلاش‌ها برای تخمین تعداد واقعی تنوع باکتری‌ها از 107 تا 109 کل گونه‌ها متغیر بوده است - و حتی این تخمین‌های متنوع ممکن است با درجه‌های بزرگی متفاوت باشد. [186] [187]

فیلا

فیلاهای زیر طبق کد باکتریولوژیکی به طور معتبر منتشر شده اند : [188]

تعامل با سایر موجودات

نمودار نشان دهنده عفونت های باکتریایی در قسمت های مختلف بدن انسان است
مروری بر عفونت های باکتریایی و گونه های اصلی درگیر. [189]

با وجود سادگی ظاهری، باکتری‌ها می‌توانند ارتباط پیچیده‌ای با سایر موجودات ایجاد کنند. این انجمن های همزیستی را می توان به انگلی گرایی , متقابل گرایی و کامنسالیسم تقسیم کرد . [190]

Commensals

کلمه commensalism از کلمه Commensal به معنای غذا خوردن در یک سفره [191] گرفته شده است و همه گیاهان و حیوانات توسط باکتری های همسو مستعمره می شوند. در انسان و سایر حیوانات، میلیون ها نفر از آنها بر روی پوست، مجاری تنفسی، روده و سایر روزنه ها زندگی می کنند. [192] [193] که به عنوان "فلور طبیعی"، [194] یا "commensals" نامیده می شود، [195] این باکتری ها معمولاً هیچ آسیبی ندارند اما ممکن است گهگاه به سایر نقاط بدن حمله کنند و باعث عفونت شوند. اشریشیا کلی در روده انسان شایع است اما می تواند باعث عفونت دستگاه ادراری شود. [196] به طور مشابه، استرپتوکوک ها، که بخشی از فلور طبیعی دهان انسان هستند، می توانند باعث بیماری قلبی شوند . [197]

شکارچیان

برخی از گونه های باکتری میکروارگانیسم های دیگر را می کشند و سپس مصرف می کنند. به این گونه ها باکتری های شکارچی می گویند . [198] اینها شامل ارگانیسم هایی مانند Myxococcus xanthus می شود که گروهی از سلول ها را تشکیل می دهد که باکتری هایی را که با آنها روبرو می شوند می کشند و هضم می کنند. [199] سایر شکارچیان باکتریایی یا به طعمه خود متصل می شوند تا آنها را هضم کنند و مواد مغذی را جذب کنند یا به سلول دیگری حمله کرده و در داخل سیتوزول تکثیر شوند. [200] تصور می‌شود که این باکتری‌های شکارچی از ساپروفاژهایی که میکروارگانیسم‌های مرده را مصرف می‌کردند، از طریق سازگاری‌هایی که به آن‌ها اجازه می‌داد ارگانیسم‌های دیگر را به دام بیندازند و بکشند، تکامل یافته‌اند. [201]

متقابل گرایان

برخی از باکتری ها ارتباطات فضایی نزدیکی را تشکیل می دهند که برای بقای آنها ضروری است. یکی از این ارتباطات متقابل، به نام انتقال بین گونه‌ای هیدروژن، بین خوشه‌هایی از باکتری‌های بی‌هوازی که اسیدهای آلی مانند اسید بوتیریک یا پروپیونیک اسید را مصرف می‌کنند و هیدروژن تولید می‌کنند و باستان‌های متانوژنیک که هیدروژن را مصرف می‌کنند، رخ می‌دهد. [202] باکتری های موجود در این ارتباط قادر به مصرف اسیدهای آلی نیستند زیرا این واکنش هیدروژنی را تولید می کند که در محیط اطراف آنها تجمع می یابد. تنها ارتباط صمیمانه با باستان‌های مصرف‌کننده هیدروژن، غلظت هیدروژن را به اندازه کافی پایین نگه می‌دارد تا باکتری‌ها رشد کنند. [203]

در خاک، میکروارگانیسم هایی که در ریزوسفر زندگی می کنند (منطقه ای که شامل سطح ریشه و خاکی است که پس از تکان دادن ملایم به ریشه می چسبد) تثبیت نیتروژن را انجام می دهند و گاز نیتروژن را به ترکیبات نیتروژن دار تبدیل می کنند. [204] این امر برای بسیاری از گیاهان که نمی‌توانند نیتروژن را تثبیت کنند، شکلی از نیتروژن را فراهم می‌کند. بسیاری از باکتری های دیگر به صورت همزیست در انسان و سایر موجودات یافت می شوند. به عنوان مثال، وجود بیش از 1000 گونه باکتری در فلور طبیعی روده انسان می تواند به ایمنی روده کمک کند، ویتامین هایی مانند اسید فولیک ، ویتامین K و بیوتین را سنتز کند، قندها را به اسید لاکتیک تبدیل کند (به لاکتوباسیلوس مراجعه کنید ). به عنوان تخمیر کربوهیدرات های پیچیده غیر قابل هضم . [205] [206] [207] وجود این فلور روده همچنین از رشد باکتری‌های بالقوه بیماری‌زا (معمولاً از طریق حذف رقابتی ) جلوگیری می‌کند و این باکتری‌های مفید در نتیجه به عنوان مکمل‌های غذایی پروبیوتیک فروخته می‌شوند . [208]

تقریباً تمام زندگی حیوانات برای بقا به باکتری ها وابسته است زیرا فقط باکتری ها و برخی از باستانی ها دارای ژن ها و آنزیم های لازم برای سنتز ویتامین B 12 هستند که به نام کوبالامین نیز شناخته می شود و آن را از طریق زنجیره غذایی تأمین می کنند. ویتامین B12 یک ویتامین محلول در آب است که در متابولیسم هر سلول بدن انسان نقش دارد . این یک کوفاکتور در سنتز DNA و در متابولیسم اسیدهای چرب و اسیدهای آمینه است . از طریق نقش آن در سنتز میلین در عملکرد طبیعی سیستم عصبی اهمیت ویژه ای دارد . [209]

عوامل بیماری زا

نایسریا گونوره و سلول های چرکی ناشی از ترشح آلت تناسلی ( رنگ آمیزی گرم )
میکروگراف الکترونی روبشی تقویت‌شده رنگی سالمونلا تیفی موریوم قرمز در سلول‌های زرد انسان
میکروگراف الکترونی روبشی تقویت‌شده رنگی نشان می‌دهد که سالمونلا تیفی موریوم (قرمز) به سلول‌های کشت‌شده انسانی حمله می‌کند.

بدن به طور مداوم در معرض بسیاری از گونه‌های باکتری، از جمله باکتری‌های مفیدی که روی پوست و غشاهای مخاطی رشد می‌کنند و ساپروفیت‌ها که عمدتاً در خاک و در مواد پوسیده رشد می‌کنند، قرار دارد. خون و مایعات بافتی حاوی مواد مغذی کافی برای حفظ رشد بسیاری از باکتری ها هستند. بدن مکانیسم‌های دفاعی دارد که آن را قادر می‌سازد در برابر تهاجم میکروبی به بافت‌هایش مقاومت کند و به آن یک ایمنی طبیعی یا مقاومت ذاتی در برابر بسیاری از میکروارگانیسم‌ها بدهد . [210] برخلاف برخی از ویروس‌ها ، باکتری‌ها نسبتاً آهسته تکامل می‌یابند، بنابراین بسیاری از بیماری‌های باکتریایی در حیوانات دیگر نیز رخ می‌دهند. [211]

اگر باکتری ها با سایر ارگانیسم ها ارتباط انگلی ایجاد کنند، به عنوان پاتوژن طبقه بندی می شوند. [212] باکتری های بیماری زا عامل اصلی مرگ و میر و بیماری انسان هستند و باعث عفونت هایی مانند کزاز (ناشی از کلستریدیوم تتانی )، تب حصبه ، دیفتری ، سیفلیس ، وبا ، بیماری های ناشی از غذا ، جذام (ناشی از مایکوباکتریوم لپراکولوزیس ) و توده می شوند. توسط مایکوباکتریوم توبرکلوزیس ). [213] یک علت بیماریزا برای یک بیماری پزشکی شناخته شده ممکن است تنها سالها بعد کشف شود، همانطور که در مورد هلیکوباکتر پیلوری و بیماری زخم پپتیک بود . [214] بیماری های باکتریایی در کشاورزی نیز مهم هستند و باکتری ها باعث ایجاد لکه برگی ، سوختگی آتش و پژمردگی در گیاهان و همچنین بیماری جان ، ورم پستان ، سالمونلا و سیاه زخم در حیوانات مزرعه می شوند. [215]

میکروگراف رنگ آمیزی گرم از باکتری های واژن
در واژینوز باکتریایی ، باکتری های مفید در واژن (بالا) توسط عوامل بیماری زا (پایین) جابجا می شوند. لکه گرم.

هر گونه پاتوژن دارای یک طیف مشخصه از برهمکنش با میزبان انسانی خود است . برخی از ارگانیسم‌ها مانند استافیلوکوک یا استرپتوکوک می‌توانند باعث عفونت‌های پوستی، ذات‌الریه ، مننژیت و سپسیس شوند ، یک پاسخ التهابی سیستمیک که باعث ایجاد شوک ، اتساع گسترده عروق و مرگ می‌شود. [216] با این حال، این موجودات همچنین بخشی از فلور طبیعی انسان هستند و معمولاً روی پوست یا بینی بدون ایجاد هیچ بیماری وجود دارند. ارگانیسم های دیگر همیشه باعث بیماری در انسان می شوند، مانند ریکتزیا ، که انگل های داخل سلولی اجباری هستند که فقط در سلول های موجودات دیگر قادر به رشد و تکثیر هستند. یک گونه از Rickettsia باعث تیفوس می شود ، در حالی که گونه دیگر باعث تب خالدار کوه راکی ​​می شود . کلامیدیا ، شاخه دیگری از انگل های داخل سلولی اجباری، حاوی گونه هایی است که می توانند باعث ذات الریه یا عفونت دستگاه ادراری شوند و ممکن است در بیماری عروق کرونر قلب نقش داشته باشند . [217] برخی از گونه‌ها، مانند سودوموناس آئروژینوزا ، Burkholderia cenocepacia ، و مایکوباکتریوم آویوم ، پاتوژن‌های فرصت‌طلب هستند و عمدتاً در افرادی که سیستم ایمنی ضعیفی دارند یا فیبروز کیستیک دارند ، باعث بیماری می‌شوند . [218] [219] برخی از باکتری ها سموم تولید می کنند که باعث بیماری می شوند. [220] اینها اندوتوکسین‌ها هستند که از سلول‌های باکتری شکسته می‌آیند و اگزوتوکسین‌ها که توسط باکتری‌ها تولید شده و در محیط آزاد می‌شوند. [221] برای مثال، باکتری کلستریدیوم بوتولینوم ، یک اگزوتوکسین قوی تولید می کند که باعث فلج تنفسی می شود، و سالمونلاها یک اندوتوکسین تولید می کنند که باعث گاستروانتریت می شود. [221] برخی از اگزوتوکسین ها را می توان به سموم تبدیل کرد که به عنوان واکسن برای جلوگیری از بیماری استفاده می شود. [222]

عفونت‌های باکتریایی را می‌توان با آنتی‌بیوتیک‌ها درمان کرد ، که اگر باکتری‌ها را از بین ببرند، به‌عنوان باکتری‌وسیدال یا اگر فقط از رشد باکتری جلوگیری کنند، به‌عنوان باکتریواستاتیک طبقه‌بندی می‌شوند. انواع مختلفی از آنتی بیوتیک ها وجود دارد، و هر کلاس فرآیندی را مهار می کند که در پاتوژن با آنچه در میزبان یافت می شود متفاوت است. نمونه‌ای از اینکه چگونه آنتی‌بیوتیک‌ها سمیت انتخابی ایجاد می‌کنند، کلرامفنیکل و پورومایسین هستند که ریبوزوم باکتری را مهار می‌کنند ، اما ریبوزوم یوکاریوتی از نظر ساختاری متفاوت نیستند. [223] آنتی بیوتیک ها هم در درمان بیماری های انسانی و هم در کشاورزی فشرده برای ترویج رشد حیوانات استفاده می شوند ، جایی که ممکن است در توسعه سریع مقاومت آنتی بیوتیکی در جمعیت های باکتریایی نقش داشته باشند . [224] عفونت ها را می توان با اقدامات ضد عفونی کننده مانند استریل کردن پوست قبل از سوراخ کردن آن با سوزن سرنگ، و مراقبت مناسب از کاتترهای ساکن، پیشگیری کرد. ابزارهای جراحی و دندانپزشکی نیز برای جلوگیری از آلودگی باکتری ها استریل می شوند. مواد ضد عفونی کننده مانند سفید کننده برای از بین بردن باکتری ها یا سایر عوامل بیماری زا بر روی سطوح استفاده می شود تا از آلودگی جلوگیری شود و خطر عفونت را کاهش دهد. [225]

اهمیت در فناوری و صنعت

باکتری ها، اغلب باکتری های اسید لاکتیک ، مانند گونه های لاکتوباسیلوس و گونه های لاکتوکوکس ، در ترکیب با مخمرها و کپک ها ، هزاران سال است که در تهیه غذاهای تخمیری مانند پنیر ، خیار شور ، سس سویا ، کلم ترش ، سرکه ، شراب استفاده می شود. و ماست . [226] [227]

توانایی باکتری ها در تجزیه انواع ترکیبات آلی قابل توجه است و در فرآوری زباله و زیست پالایی مورد استفاده قرار گرفته است . باکتری هایی که قادر به هضم هیدروکربن های نفت هستند اغلب برای پاکسازی نشت نفت استفاده می شوند . [228] پس از نشت نفت اکسون والدز در سال 1989 ، کود به برخی از سواحل پرنس ویلیام ساند در تلاش برای ترویج رشد این باکتری‌های طبیعی اضافه شد . این تلاش ها در سواحلی که خیلی ضخیم از نفت پوشیده نشده بودند مؤثر بود. همچنین از باکتری ها برای پاکسازی زیستی زباله های سمی صنعتی استفاده می شود . [229] در صنایع شیمیایی ، باکتری ها در تولید مواد شیمیایی خالص انانتیومر برای استفاده به عنوان داروسازی یا مواد شیمیایی کشاورزی مهم هستند . [230]

همچنین می توان از باکتری ها به جای آفت کش ها در کنترل بیولوژیکی آفات استفاده کرد . این معمولا شامل Bacillus thuringiensis (همچنین BT)، یک باکتری گرم مثبت و ساکن در خاک است. زیرگونه‌های این باکتری به‌عنوان حشره‌کش مخصوص Lepidopteran با نام‌های تجاری مانند Dipel و Thuricide استفاده می‌شوند. [231] این آفت‌کش‌ها به دلیل ویژگی‌های آن‌ها به‌عنوان دوست‌دار محیط‌زیست در نظر گرفته می‌شوند که تأثیر کمی بر انسان، حیات وحش ، گرده‌افشان‌ها و سایر حشرات مفید دارند . [232] [233]

به دلیل توانایی آنها در رشد سریع و سهولت نسبی که می توان با آنها دستکاری کرد، باکتری ها در زمینه های زیست شناسی مولکولی ، ژنتیک و بیوشیمی پیشرو هستند . با ایجاد جهش در DNA باکتری ها و بررسی فنوتیپ های حاصل، دانشمندان می توانند عملکرد ژن ها، آنزیم ها و مسیرهای متابولیک در باکتری ها را تعیین کنند، سپس این دانش را برای موجودات پیچیده تر به کار ببرند. [234] این هدف از درک بیوشیمی یک سلول به پیچیده ترین بیان خود در سنتز مقادیر عظیمی از داده های جنبشی آنزیم و بیان ژن در مدل های ریاضی کل موجودات می رسد. این امر در برخی از باکتری های به خوبی مطالعه شده قابل دستیابی است، با مدل هایی از متابولیسم اشریشیا کلی در حال حاضر تولید و آزمایش می شود. [235] [236] این درک از متابولیسم باکتری ها و ژنتیک به استفاده از بیوتکنولوژی برای مهندسی زیستی باکتری ها برای تولید پروتئین های درمانی مانند انسولین ، فاکتورهای رشد یا آنتی بادی ها اجازه می دهد . [237] [238]

به دلیل اهمیت آنها برای تحقیقات به طور کلی، نمونه هایی از سویه های باکتریایی جدا شده و در مراکز منابع زیستی نگهداری می شوند . این امر در دسترس بودن سویه را برای دانشمندان سراسر جهان تضمین می کند. [239]

تاریخچه باکتری شناسی

نقاشی آنتونی ون لیوونهوک، با لباس و پیراهن فرفری، با قلم و کاغذ جوهر
Antonie van Leeuwenhoek ، اولین میکروبیولوژیست و اولین فردی که باکتری ها را با استفاده از میکروسکوپ مشاهده کرد .

باکتری ها برای اولین بار توسط میکروسکوپ هلندی Antonie van Leeuwenhoek در سال 1676 با استفاده از یک میکروسکوپ تک عدسی طراحی شده توسط خود او مشاهده شدند. او سپس مشاهدات خود را در یک سری نامه به انجمن سلطنتی لندن منتشر کرد . [240] باکتری ها قابل توجه ترین کشف میکروسکوپی لیوونهوک بودند. اندازه آنها فقط در حدی بود که لنزهای ساده او می توانستند تشخیص دهند، و در یکی از چشمگیرترین وقفه های تاریخ علم، هیچ کس دیگری آنها را برای بیش از یک قرن دیگر نمی دید. [241] مشاهدات او همچنین شامل تک یاخته‌هایی بود که او آن‌ها را جانوران نامید ، و یافته‌های او دوباره در پرتو یافته‌های جدیدتر نظریه سلولی مورد بررسی قرار گرفت . [242]

کریستین گوتفرید ارنبرگ کلمه "باکتری" را در سال 1828 معرفی کرد. [243] در واقع، باکتری او یک جنس بود که حاوی باکتری های میله ای شکل غیر اسپور بود، [244] برخلاف Bacillus ، یک جنس از میله های هاگ ساز. باکتری های شکلی که توسط ارنبرگ در سال 1835 تعریف شد. [245]

لویی پاستور در سال 1859 نشان داد که رشد میکروارگانیسم ها باعث فرآیند تخمیر می شود و این رشد به دلیل تولید خود به خود نیست ( مخمرها و کپک ها که معمولاً با تخمیر مرتبط هستند، باکتری نیستند، بلکه قارچ هستند ). پاستور همراه با رابرت کخ معاصر خود از مدافعان اولیه نظریه میکروب بیماری بود . [246] قبل از آنها، ایگناز سملوایس و جوزف لیستر به اهمیت دستهای ضدعفونی شده در کارهای پزشکی پی برده بودند. سملوایز، که در دهه 1840 قوانین خود را برای شستن دست ها در بیمارستان، قبل از ظهور نظریه میکروب، تدوین کرد، بیماری را به "تجزیه مواد آلی حیوانی" نسبت داد. ایده های او رد شد و کتاب او در مورد این موضوع توسط جامعه پزشکی محکوم شد. اما پس از لیستر، پزشکان در دهه 1870 شروع به ضدعفونی کردن دستان خود کردند. [247]

رابرت کخ، پیشگام در میکروبیولوژی پزشکی، روی وبا ، سیاه زخم و سل کار کرد . در تحقیقات خود در مورد سل، کخ در نهایت نظریه میکروب را اثبات کرد، که برای آن در سال 1905 جایزه نوبل دریافت کرد . [248] در فرضیه های کخ ، او معیارهایی را برای آزمایش اینکه آیا ارگانیسم عامل بیماری است یا خیر، تعیین کرد ، و این فرضیه ها عبارتند از: امروزه هنوز استفاده می شود. [249]

گفته می شود فردیناند کوهن یکی از بنیانگذاران باکتری شناسی است که از سال 1870 روی باکتری ها مطالعه می کرد. کوهن اولین کسی بود که باکتری ها را بر اساس مورفولوژی آنها طبقه بندی کرد. [250] [251]

اگرچه در قرن نوزدهم شناخته شده بود که باکتری ها عامل بسیاری از بیماری ها هستند، هیچ درمان ضد باکتری موثری در دسترس نبود. [252] در سال 1910، پل ارلیش اولین آنتی بیوتیک را با تغییر رنگ هایی که به طور انتخابی Treponema pallidum - اسپیروکتی که باعث سیفلیس می شود - رنگ آمیزی می کرد ، به ترکیباتی که به طور انتخابی پاتوژن را از بین می برد، ایجاد کرد. [253] ارلیش که در سال 1908 جایزه نوبل را برای کار خود در زمینه ایمونولوژی دریافت کرده بود ، در استفاده از لکه‌ها برای شناسایی و شناسایی باکتری‌ها پیشگام بود و کار او اساس رنگ‌آمیزی گرم و رنگ‌آمیزی Ziehl-Neelsen بود . [254]

یک قدم بزرگ رو به جلو در مطالعه باکتری ها در سال 1977 زمانی که کارل ووز تشخیص داد که باستانی ها خط تکاملی جداگانه ای از باکتری ها دارند. [255] این طبقه بندی فیلوژنتیک جدید به توالی RNA ریبوزومی 16S بستگی داشت و پروکاریوت ها را به دو حوزه تکاملی، به عنوان بخشی از سیستم سه حوزه ای تقسیم می کرد . [4]

همچنین ببینید

مراجع

  1. ↑ «31. زندگی باستانی: میکروفسیل‌های اوج چرت». www.lpi.usra.edu . بازبینی شده در 12 مارس 2022 .
  2. ↑ Sender R، Fuchs S، Milo R (19 اوت 2016). "برآورد تجدید نظر شده برای تعداد سلول های انسانی و باکتریایی در بدن". زیست شناسی PLOS . 14 (8): e1002533. doi : 10.1371/journal.pbio.1002533 . ISSN  1545-7885. PMC 4991899 . PMID  27541692. 
  3. ↑ ab McCutcheon JP (اکتبر 2021). "ژنومیک و زیست شناسی سلولی عفونت های داخل سلولی میزبان مفید". بررسی سالانه زیست شناسی سلولی و تکاملی . 37 (1): 115-142. doi : 10.1146/annurev-cellbio-120219-024122 . PMID  34242059. S2CID  235786110.
  4. ^ سالن abc 2008، ص. 145.
  5. ^ βακτήριον. لیدل، هنری جورج ؛ اسکات، رابرت ؛ واژگان یونانی-انگلیسی در پروژه پرسئوس .
  6. ^ βακτηρία در لیدل و اسکات .
  7. ^ هارپر دی "باکتری". دیکشنری ریشه شناسی آنلاین .
  8. ^ ab Krasner 2014, p. 74.
  9. ^ Woese CR، Kandler O، Wheelis ML (ژوئن 1990). "به سوی یک سیستم طبیعی از موجودات: پیشنهاد برای حوزه های Archaea، باکتری ها، و Eucarya". مجموعه مقالات آکادمی ملی علوم ایالات متحده آمریکا . 87 (12): 4576-79. Bibcode :1990PNAS...87.4576W. doi : 10.1073/pnas.87.12.4576 . PMC 54159 . PMID  2112744. 
  10. ^ سالن 2008، ص. 84.
  11. ↑ Godoy-Vitorino F (ژوئیه ۲۰۱۹). "اکولوژی میکروبی انسانی و پزشکی جدید در حال ظهور". سالنامه طب ترجمه . 7 (14): 342. doi : 10.21037/atm.2019.06.56 . PMC 6694241 . PMID  31475212. 
  12. ^ Schopf JW (ژوئیه 1994). نرخ‌های متفاوت، سرنوشت‌های متفاوت: سرعت و نحوه تکامل از دوره پرکامبرین به فانوزوئیک تغییر کرد. مجموعه مقالات آکادمی ملی علوم ایالات متحده آمریکا . 91 (15): 6735-42. Bibcode :1994PNAS...91.6735S. doi : 10.1073/pnas.91.15.6735 . PMC 44277 . PMID  8041691. 
  13. ↑ DeLong EF، Pace NR (اوت 2001). "تنوع زیست محیطی باکتری ها و باستانی ها". زیست شناسی سیستماتیک . 50 (4): 470-78. CiteSeerX 10.1.1.321.8828 . doi :10.1080/106351501750435040. PMID  12116647. 
  14. ↑ Brown JR، Doolittle WF (دسامبر ۱۹۹۷). "آرکئا و انتقال پروکاریوت به یوکاریوت". بررسی های میکروبیولوژی و زیست شناسی مولکولی . 61 (4): 456-502. doi :10.1128/mmbr.61.4.456-502.1997. PMC 232621 . PMID  9409149. 
  15. ↑ Daum B، Gold V (ژوئن ۲۰۱۸). "انقباض یا شنا: به سمت درک حرکت پروکاریوتی بر اساس طرح اولیه پیلوس نوع IV". شیمی بیولوژیکی . 399 (7): 799-808. doi :10.1515/hsz-2018-0157. hdl : 10871/33366 . PMID  29894297. S2CID  48352675.
  16. ↑ دی جولیو ام (دسامبر 2003). اجداد جهانی و جد باکتری ها هیپرترموفیل ها بودند. مجله تکامل مولکولی . 57 (6): 721-30. Bibcode :2003JMolE..57..721D. doi :10.1007/s00239-003-2522-6. PMID  14745541. S2CID  7041325.
  17. ↑ Battistuzzi FU، Feijao A، Hedges SB (نوامبر 2004). "یک مقیاس زمانی ژنومی تکامل پروکاریوت ها: بینش هایی در مورد منشاء متانوژنز، فوتوتروفی و ​​استعمار زمین". زیست شناسی تکاملی BMC . 4 : 44. doi : 10.1186/1471-2148-4-44 . PMC 533871 . PMID  15535883. 
  18. ↑ هومان ام، سانسوفر پی، ون زویلن ام، هیوبک سی، گونگ جی، کیلینگزورث بی، و همکاران. (23 جولای 2018). "حیات میکروبی و دوچرخه‌سواری بیوژئوشیمیایی در خشکی 3220 میلیون سال پیش" (PDF) . زمین شناسی طبیعت . 11 (9): 665-671. Bibcode :2018NatGe..11..665H. doi :10.1038/s41561-018-0190-9. S2CID  134935568.
  19. ↑ Gabaldón T (اکتبر ۲۰۲۱). "منشا و تکامل اولیه سلول یوکاریوتی". بررسی سالانه میکروبیولوژی . 75 (1): 631-647. doi :10.1146/annurev-micro-090817-062213. PMID  34343017. S2CID  236916203. بایگانی شده از نسخه اصلی در 19 اوت 2022 . بازبینی شده در 19 اوت 2022 .
  20. ↑ Callier V (8 ژوئن 2022). "میتوکندری و منشا یوکاریوت ها". مجله دانستنی . doi : 10.1146/knowable-060822-2 . بازبینی شده در 19 اوت 2022 .
  21. ↑ پول ای ام، پنی دی (ژانویه 2007). «ارزیابی فرضیه‌های منشأ یوکاریوت‌ها». مقاله های زیستی . 29 (1): 74-84. doi :10.1002/bies.20516. PMID  17187354.
  22. ↑ Dyall SD، Brown MT، Johnson PJ (آوریل 2004). "تهاجمات باستانی: از درون همزیستی تا اندامک". علم . 304 (5668): 253-257. Bibcode :2004Sci...304..253D. doi :10.1126/science.1094884. PMID  15073369. S2CID  19424594.
  23. ↑ Stephens TG، Gabr A، Calatrava V، Grossman AR، Bhattacharya D (سپتامبر 2021). "چرا اندوسیمبیوز اولیه بسیار نادر است؟" گیاه شناس جدید . 231 (5): 1693-1699. doi : 10.1111/nph.17478 . PMC 8711089 . PMID  34018613. 
  24. ^ ab Baker-Austin C, Dopson M (آوریل 2007). "زندگی در اسید: هموستاز pH در اسیدوفیل ها". گرایش های میکروبیولوژی 15 (4): 165-171. doi :10.1016/j.tim.2007.02.005. PMID  17331729.
  25. ↑ Jeong SW، Choi YJ (اکتبر ۲۰۲۰). "میکروارگانیسم های اکستروموفیل برای درمان آلاینده های سمی در محیط". مولکول ها 25 (21): 4916. doi : 10.3390/molecules25214916 . PMC 7660605 . PMID  33114255. 
  26. ↑ Flemming HC, Wuertz S (آوریل 2019). "باکتری ها و باستانی های روی زمین و فراوانی آنها در بیوفیلم". بررسی های طبیعت. میکروبیولوژی . 17 (4): 247-260. doi :10.1038/s41579-019-0158-9. PMID  30760902. S2CID  61155774.
  27. ↑ Bar-On YM، Phillips R، Milo R (ژوئن ۲۰۱۸). "توزیع زیست توده در زمین". مجموعه مقالات آکادمی ملی علوم ایالات متحده آمریکا . 115 (25): 6506-6511. Bibcode :2018PNAS..115.6506B. doi : 10.1073/pnas.1711842115 . PMC 6016768 . PMID  29784790. 
  28. ^ Wheelis 2008، ص. 362.
  29. ↑ Kushkevych I، Procházka J، Gajdács M، Rittmann SK، Vítězová M (ژوئن ۲۰۲۱). "فیزیولوژی مولکولی باکتری های بی هوازی فوتوتروف بنفش و سبز گوگرد". مجله بین المللی علوم مولکولی . 22 (12): 6398. doi : 10.3390/ijms22126398 . PMC 8232776 . PMID  34203823. 
  30. ^ Wheelis 2008، ص. 6.
  31. ^ پومرویل 2014، ص. 3-6.
  32. ^ abc Krasner 2014, p. 38.
  33. ^ abcdefg Pommerville 2014, p. 134.
  34. ↑ شولز HN، Jorgensen BB (2001). "باکتری های بزرگ". بررسی سالانه میکروبیولوژی . 55 : 105-137. doi :10.1146/annurev.micro.55.1.105. PMID  11544351. S2CID  18168018.
  35. ^ ویلیامز سی (2011). "به کی میگی ساده؟" دانشمند جدید . 211 (2821): 38-41. doi :10.1016/S0262-4079(11)61709-0.
  36. ↑ Volland JM، Gonzalez-Rizzo S، Gros O، Tyml T، Ivanova N، Schulz F، Goudeau D، Elisabeth NH، Nath N، Udwary D، Malmstrom RR (18 فوریه 2022). "باکتری به طول یک سانتی متر با DNA که در اندامک های متصل به غشاء تقسیم شده است". bioRxiv (پیش چاپ). doi :10.1101/2022.02.16.480423. S2CID  246975579.
  37. ↑ ساندرسون کی (ژوئن ۲۰۲۲). "بزرگترین باکتری که تاکنون یافت شده است به طرز شگفت آوری پیچیده است." طبیعت . doi :10.1038/d41586-022-01757-1. PMID  35750919. S2CID  250022076.
  38. ↑ Robertson J, Gomersall M, Gill P (نوامبر 1975). "مایکوپلاسما هومینیس: رشد، تولید مثل و جداسازی سلول های کوچک زنده". مجله باکتری شناسی . 124 (2): 1007-1018. doi :10.1128/JB.124.2.1007-1018.1975. PMC 235991 . PMID  1102522. 
  39. ↑ ولیمیروف بی (2001). "نانو باکتری ها، اولترامیکروباکتری ها و اشکال گرسنگی: جستجوی کوچکترین باکتری متابولیزه کننده". میکروب ها و محیط ها 16 (2): 67-77. doi : 10.1264/jsme2.2001.67 .
  40. ↑ Dusenbery DB (2009). زندگی در مقیاس خرد کمبریج، ماساچوست: انتشارات دانشگاه هاروارد . ص 20-25. شابک 978-0-674-03116-6.
  41. ↑ Yang DC، Blair KM، Salama NR (مارس 2016). "در شکل ماندن: تاثیر شکل سلولی بر بقای باکتری ها در محیط های مختلف". بررسی های میکروبیولوژی و زیست شناسی مولکولی . 80 (1): 187-203. doi :10.1128/MMBR.00031-15. PMC 4771367 . PMID  26864431. 
  42. ↑ Cabeen MT، Jacobs-Wagner C (اوت 2005). "شکل سلول های باکتریایی". بررسی های طبیعت. میکروبیولوژی . 3 (8): 601-10. doi : 10.1038/nrmicro1205. PMID  16012516. S2CID  23938989.
  43. ↑ Young KD (سپتامبر 2006). "ارزش انتخابی شکل باکتری". بررسی های میکروبیولوژی و زیست شناسی مولکولی . 70 (3): 660-703. doi :10.1128/MMBR.00001-06. PMC 1594593 . PMID  16959965. 
  44. ^ کرافورد 2007، ص. xi
  45. ↑ Claessen D، Rozen DE، Kuipers OP، Søgaard-Andersen L، Van Wezel GP (فوریه 2014). "راه حل های باکتریایی برای چند سلولی: داستانی از بیوفیلم ها، رشته ها و اجسام میوه". بررسی های طبیعت. میکروبیولوژی . 12 (2): 115-24. doi :10.1038/nrmicro3178. hdl : 11370/0db66a9c-72ef-4e11-a75d-9d1e5827573d . PMID  24384602. S2CID  20154495.
  46. ^ شیمکس ال جی (1999). "سیگنال دهی بین سلولی در طول رشد بدن باردهی Myxococcus xanthus". بررسی سالانه میکروبیولوژی . 53 : 525-49. doi :10.1146/annurev.micro.53.1.525. PMID  10547700.
  47. ^ ab Kaiser D (2004). "سیگنال دادن در میکسوباکتری ها". بررسی سالانه میکروبیولوژی . 58 : 75-98. doi :10.1146/annurev.micro.58.030603.123620. PMID  15487930.
  48. ^ Wheelis 2008، ص. 75.
  49. ↑ Mandal A, Dutta A, Das R, Mukherjee J (ژوئن ۲۰۲۱). "نقش جوامع میکروبی جزر و مدی در ترسیب دی اکسید کربن و حذف آلاینده: مروری". بولتن آلودگی دریایی . 170 : 112626. Bibcode :2021MarPB.17012626M. doi :10.1016/j.marpolbul.2021.112626. PMID  34153859.
  50. ↑ Donlan RM (سپتامبر 2002). بیوفیلم: حیات میکروبی روی سطوح. بیماری های عفونی در حال ظهور . 8 (9): 881-90. doi :10.3201/eid0809.020063. PMC 2732559 . PMID  12194761. 
  51. ↑ برندا اس اس، ویک اس، فریدمن ال، کولتر آر (ژانویه 2005). "بیوفیلم: ماتریس بازبینی شده". گرایش های میکروبیولوژی 13 (1): 20-26. doi :10.1016/j.tim.2004.11.006. PMID  15639628.
  52. ^ ab Davey ME، O'toole GA (دسامبر 2000). "بیوفیلم های میکروبی: از اکولوژی تا ژنتیک مولکولی". بررسی های میکروبیولوژی و زیست شناسی مولکولی . 64 (4): 847-67. doi :10.1128/MMBR.64.4.847-867.2000. PMC 99016 . PMID  11104821. 
  53. ↑ Donlan RM، Costerton JW (آوریل 2002). "بیوفیلم: مکانیسم های بقای میکروارگانیسم های مرتبط بالینی". بررسی های میکروبیولوژی بالینی . 15 (2): 167-93. doi :10.1128/CMR.15.2.167-193.2002. PMC 118068 . PMID  11932229. 
  54. ↑ Slonczewski JL، Foster JW (2013). میکروبیولوژی: یک علم در حال تکامل (ویرایش سوم). نیویورک: WW نورتون. ص 82. شابک 978-0-393-12367-8.
  55. ↑ Feijoo-Siota L, Rama JL, Sánchez-Pérez A, Villa TG (ژوئیه 2017). "ملاحظات در مورد نوکلوئیدهای باکتریایی". میکروبیولوژی کاربردی و بیوتکنولوژی . 101 (14): 5591-602. doi :10.1007/s00253-017-8381-7. PMID  28664324. S2CID  10173266.
  56. ^ Bobik TA (مه 2006). " اندامک های چند وجهی که فرآیندهای متابولیک باکتریایی را جدا می کنند". میکروبیولوژی کاربردی و بیوتکنولوژی . 70 (5): 517-25. doi :10.1007/s00253-005-0295-0. PMID  16525780. S2CID  8202321.
  57. ^ Yeates TO، Kerfeld CA، Heinhorst S، Cannon GC، Shively JM (سپتامبر 2008). اندامک های مبتنی بر پروتئین در باکتری ها: کربوکسیزوم ها و ریز محفظه های مرتبط بررسی های طبیعت. میکروبیولوژی . 6 (9): 681-91. doi :10.1038/nrmicro1913. PMID  18679172. S2CID  22666203.
  58. ↑ Kerfeld CA، Sawaya MR، Tanaka S، Nguyen CV، Phillips M، Beeby M، Yeates TO (اوت 2005). "ساختارهای پروتئینی که پوسته اندامک های باکتریایی اولیه را تشکیل می دهند". علم . 309 (5736): 936-38. Bibcode :2005Sci...309..936K. CiteSeerX 10.1.1.1026.896 . doi :10.1126/science.1113397. PMID  16081736. S2CID  24561197. 
  59. ↑ گیتای زد (مارس 2005). "زیست شناسی سلولی باکتریایی جدید: قطعات متحرک و معماری درون سلولی". سلول . 120 (5): 577-86. doi : 10.1016/j.cell.2005.02.026 . PMID  15766522. S2CID  8894304.
  60. ↑ Shih YL، Rothfield L (سپتامبر 2006). "اسکلت سلولی باکتریایی". بررسی های میکروبیولوژی و زیست شناسی مولکولی . 70 (3): 729-54. doi :10.1128/MMBR.00017-06. PMC 1594594 . PMID  16959967. 
  61. ↑ Norris V، den Blaauwen T، Cabin-Flaman A، Doi RH، Harshey R، Janniere L، Jimenez-Sanchez A، Jin DJ، Levin PA، Mileykovskaya E، Minsky A، Saier M، Skarstad K (مارس 2007). "تاکسونومی عملکردی ابرساختارهای باکتریایی". بررسی های میکروبیولوژی و زیست شناسی مولکولی . 71 (1): 230-53. doi :10.1128/MMBR.00035-06. PMC 1847379 . PMID  17347523. 
  62. ↑ پومرویل 2014، صفحات 120-121.
  63. ↑ Bryant DA، Frigaard NU (نوامبر 2006). "فتوسنتز و فوتوتروفی پروکاریوتی روشن شد". گرایش های میکروبیولوژی 14 (11): 488-96. doi :10.1016/j.tim.2006.09.001. PMID  16997562.
  64. ^ Psencík J، Ikonen TP، Laurinmäki P، Merckel MC، Butcher SJ، Serimaa RE، Tuma R (اوت 2004). "سازمان لایه ای رنگدانه ها در کلروزوم ها، مجتمع های برداشت نور از باکتری های فتوسنتزی سبز". مجله بیوفیزیکی . 87 (2): 1165-72. Bibcode :2004BpJ....87.1165P. doi :10.1529/biophysj.104.040956. PMC 1304455 . PMID  15298919. 
  65. ↑ Thanbichler M, Wang SC, Shapiro L (اکتبر 2005). "نوکلوئید باکتریایی: یک ساختار بسیار سازمان یافته و پویا". مجله بیوشیمی سلولی . 96 (3): 506-21. doi : 10.1002/jcb.20519 . PMID  15988757. S2CID  25355087.
  66. ↑ Poehlsgaard J, Douthwaite S (نوامبر 2005). "ریبوزوم باکتری به عنوان هدف آنتی بیوتیک ها". بررسی های طبیعت. میکروبیولوژی . 3 (11): 870-81. doi : 10.1038/nrmicro1265. PMID  16261170. S2CID  7521924.
  67. ^ Yeo M, Chater K (مارس 2005). تأثیر متقابل متابولیسم و ​​تمایز گلیکوژن بینشی در مورد بیولوژی تکاملی Streptomyces coelicolor ارائه می دهد. میکروبیولوژی . 151 (بند 3): 855-61. doi : 10.1099/mic.0.27428-0 . PMID  15758231. بایگانی شده از نسخه اصلی در 29 سپتامبر 2007.
  68. ↑ Shiba T، Tsutsumi K، Ishige K، Noguchi T (مارس 2000). "پلی فسفات معدنی و پلی فسفات کیناز: عملکردها و کاربردهای بیولوژیکی جدید آنها". بیوشیمی. بیوخیمیا . 65 (3): 315-23. PMID  10739474. بایگانی شده از نسخه اصلی در 25 سپتامبر 2006.
  69. ↑ برون دی سی (ژوئن ۱۹۹۵). "جداسازی و شناسایی پروتئین های گلبول گوگرد از Chromatium vinosum و Thiocapsa roseopersicina". آرشیو میکروبیولوژی . 163 (6): 391-99. Bibcode :1995ArMic.163..391B. doi :10.1007/BF00272127. PMID  7575095. S2CID  22279133.
  70. ↑ Kadouri D، Jurkevitch E، Okon Y، Castro-Sowinski S (2005). "اهمیت زیست محیطی و کشاورزی پلی هیدروکسی آلکانوات های باکتریایی". بررسی های انتقادی در میکروبیولوژی . 31 (2): 55-67. doi :10.1080/10408410590899228. PMID  15986831. S2CID  4098268.
  71. ↑ Walsby AE (مارس 1994). "وزیکول های گاز". بررسی های میکروبیولوژیکی 58 (1): 94-144. doi :10.1128/MMBR.58.1.94-144.1994. PMC 372955 . PMID  8177173. 
  72. ↑ van Heijenoort J (مارس 2001). "تشکیل زنجیره های گلیکان در سنتز پپتیدوگلیکان باکتریایی". گلیکوبیولوژی . 11 (3): 25R–36R. doi : 10.1093/glycob/11.3.25R . PMID  11320055. S2CID  46066256.
  73. ^ ab Koch AL (اکتبر 2003). "دیوار باکتری به عنوان هدف برای حمله: تحقیقات گذشته، حال و آینده". بررسی های میکروبیولوژی بالینی . 16 (4): 673-87. doi :10.1128/CMR.16.4.673-687.2003. PMC 207114 . PMID  14557293. 
  74. ^ ab Gram HC (1884). "Über die isolierte Färbung der Schizomyceten in Schnitt- und Trockenpräparaten". Fortschr. پزشکی . 2 : 185-89.
  75. ↑ هوگنهولتز پی (2002). "کاوش در تنوع پروکاریوتی در عصر ژنومی". زیست شناسی ژنوم . 3 (2): REVIEWS0003. doi : 10.1186/gb-2002-3-2-reviews0003 . PMC 139013 . PMID  11864374. 
  76. ↑ Walsh FM، Amyes SG (اکتبر 2004). "مکانیسم های میکروبیولوژی و مقاومت دارویی پاتوژن های کاملاً مقاوم" (PDF) . نظر فعلی در میکروبیولوژی . 7 (5): 439-44. doi :10.1016/j.mib.2004.08.007. PMID  15451497.
  77. ^ آلدرویک ال جی، هریسون جی، لوید جی اس، برچ اچ ال (مارس 2015). "دیواره سلولی مایکوباکتریایی - پپتیدوگلیکان و آرابینوگالاکتان". چشم انداز هاربر سرد اسپرینگ در پزشکی . 5 (8): a021113. doi :10.1101/cshperspect.a021113. PMC 4526729 . PMID  25818664. 
  78. ↑ Fagan RP، Fairweather NF (مارس 2014). "بیوژنز و عملکرد لایه های S باکتریایی" (PDF) . بررسی های طبیعت. میکروبیولوژی . 12 (3): 211-22. doi :10.1038/nrmicro3213. PMID  24509785. S2CID  24112697.
  79. ^ تامپسون SA (دسامبر 2002). "لایه های سطحی کامپیلوباکتر (لایه های S) و فرار ایمنی". Annals of Periodontology . 7 (1): 43-53. doi :10.1902/annals.2002.7.1.43. PMC 2763180 . PMID  16013216. 
  80. ^ Beveridge TJ، Pouwels PH، Sára M، Kotiranta A، Lounatmaa K، Kari K، Kerosuo E، Haapasalo M، Egelseer EM، Schocher I، Sleytr UB، Morelli L، Callegari ML، Nomellini JF، Bingle WH، Smit J، Leibovitz E، Lemaire M، Miras I، Salamitou S، Béguin P، Ohayon H، Gounon P، Matuschek M، Koval SF (ژوئن 1997). "توابع لایه های S". بررسی های میکروبیولوژی FEMS . 20 (1-2): 99-149. doi :10.1111/j.1574-6976.1997.tb00305.x. PMID  9276929.
  81. ↑ کوجیما اس، بلر دی اف (2004). موتور تاژک باکتریایی: ساختار و عملکرد یک ماشین مولکولی پیچیده . بررسی بین المللی سیتولوژی. جلد 233. صص 93-134. doi :10.1016/S0074-7696(04)33003-2. شابک 978-0-12-364637-8. PMID  15037363.
  82. ^ Wheelis 2008، ص. 76.
  83. ↑ Cheng RA، Wiedmann M (2020). «پیشرفت‌های اخیر در درک ما از تنوع و نقش‌های Chaperone-Usher Fimbriae در تسهیل گرایش بافتی و میزبان سالمونلا». مرزها در میکروبیولوژی سلولی و عفونت . 10 : 628043. doi : 10.3389/fcimb.2020.628043 . PMC 7886704 . PMID  33614531. 
  84. ↑ Silverman PM (فوریه 1997). "به سوی یک زیست شناسی ساختاری ترکیب باکتریایی". میکروبیولوژی مولکولی . 23 (3): 423-29. doi : 10.1046/j.1365-2958.1997.2411604.x . PMID  9044277. S2CID  24126399.
  85. ↑ Costa TR، Felisberto-Rodrigues C، Meir A، Prevost MS، Redzej A، Trokter M، Waksman G (ژوئن 2015). "سیستم های ترشح در باکتری های گرم منفی: بینش های ساختاری و مکانیکی". بررسی های طبیعت. میکروبیولوژی . 13 (6): 343-59. doi :10.1038/nrmicro3456. PMID  25978706. S2CID  8664247.
  86. ↑ Luong P، Dube DH (ژوئیه ۲۰۲۱). "از بین بردن گلیکوکالیکس باکتریایی: ابزارهای شیمیایی برای کاوش، مزاحمت و تصویربرداری از گلیکان های باکتریایی". شیمی بیورگانیک و دارویی 42 : 116268. doi :10.1016/j.bmc.2021.116268. ISSN  0968-0896. PMC 8276522 . PMID  34130219. 
  87. ↑ Stokes RW، Norris-Jones R، Brooks DE، Beveridge TJ، Doxsee D، Thorson LM (اکتبر 2004). لایه بیرونی غنی از گلیکان دیواره سلولی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس به عنوان یک کپسول ضد فاگوسیتیک عمل می کند که ارتباط باکتری را با ماکروفاژها محدود می کند. عفونت و ایمنی . 72 (10): 5676-86. doi :10.1128/IAI.72.10.5676-5686.2004. PMC 517526 . PMID  15385466. 
  88. ^ ab Kalscheuer R، Palacios A، Anso I، Cifuente J، Anguita J، Jacobs WR، Guerin ME، Prados-Rosales R (ژوئیه 2019). "کپسول مایکوباکتریوم توبرکلوزیس: یک ساختار سلولی با پیامدهای کلیدی در پاتوژنز". مجله بیوشیمی . 476 (14): 1995–2016. doi :10.1042/BCJ20190324. PMC 6698057 . PMID  31320388. 
  89. ↑ Jernigan JA، Stephens DS، Ashford DA، Omenaca C، Topiel MS، Galbraith M، Tapper M، Fisk TL، Zaki S، Popovic T، Meyer RF، Quinn CP، Harper SA، Fridkin SK، Sejvar JJ، Shepard CW، McConnell M، Guarner J، Shieh WJ، Malecki JM، Gerberding JL، Hughes JM، Perkins BA (2001). "سیاه زخم استنشاقی مرتبط با بیوتروریسم: 10 مورد اول گزارش شده در ایالات متحده". بیماری های عفونی در حال ظهور . 7 (6): 933-44. doi :10.3201/eid0706.010604. PMC 2631903 . PMID  11747719. 
  90. ↑ نیکلسون WL، Munakata N، Horneck G، Melosh HJ، Setlow P (سپتامبر 2000). "مقاومت اندوسپورهای باسیلوس در محیط های شدید زمینی و فرازمینی". بررسی های میکروبیولوژی و زیست شناسی مولکولی . 64 (3): 548-72. doi :10.1128/MMBR.64.3.548-572.2000. PMC 99004 . PMID  10974126. 
  91. ↑ ab McKenney PT، Driks A، Eichenberger P (ژانویه 2013). "باسیلوس سوبتیلیس اندوسپور: مونتاژ و عملکرد پوشش چند لایه". بررسی های طبیعت. میکروبیولوژی . 11 (1): 33-44. doi : 10.1038/nrmicro2921 . PMC 9910062 . PMID  23202530. S2CID  205498395. 
  92. ↑ Nicholson WL، Fajardo-Cavazos P، Rebeil R، Slieman TA، Riesenman PJ، Law JF، Xue Y (اوت 2002). "اندوسپورهای باکتریایی و اهمیت آنها در مقاومت به تنش". آنتونی ون لیوونهوک 81 (1-4): 27-32. doi :10.1023/A:1020561122764. PMID  12448702. S2CID  30639022.
  93. ↑ Vreeland RH، Rosenzweig WD، Powers DW (اکتبر 2000). "جداسازی یک باکتری 250 میلیون ساله هالوتولرانت از یک کریستال نمک اولیه". طبیعت . 407 (6806): 897-900. Bibcode :2000Natur.407..897V. doi :10.1038/35038060. PMID  11057666. S2CID  9879073.
  94. ↑ Cano RJ، Borucki MK (مه 1995). "احیای و شناسایی اسپورهای باکتریایی در کهربای 25 تا 40 میلیون ساله دومینیکن". علم . 268 (5213): 1060-64. Bibcode :1995Sci...268.1060C. doi :10.1126/science.7538699. PMID  7538699.
  95. ↑ «ردیف بر سر باکتری های باستانی». اخبار بی بی سی . 7 ژوئن 2001 . بازبینی شده در 26 آوریل 2020 .
  96. ↑ Nicholson WL، Schuerger AC، Setlow P (آوریل 2005). "محیط UV خورشیدی و مقاومت در برابر اشعه ماوراء بنفش اسپور باکتریایی: ملاحظاتی برای انتقال زمین به مریخ توسط فرآیندهای طبیعی و پرواز فضایی انسان". تحقیقات جهش . 571 (1-2): 249-64. Bibcode :2005MRFMM.571..249N. doi :10.1016/j.mrfmmm.2004.10.012. PMID  15748651.
  97. ↑ "استعمار کهکشان سخت است. چرا به جای آن باکتری ارسال نکنیم؟". اکونومیست ​12 آوریل 2018. ISSN  0013-0613 . بازبینی شده در 26 آوریل 2020 .
  98. ↑ Revitt-Mills SA، Vidor CJ، Watts TD، Lyras D، Rood JI، Adams V (مه 2019). "پلاسمیدهای ویروسی کلستریدیاهای بیماریزا". طیف میکروبیولوژی . 7 (3). doi :10.1128/microbiolspec.GPP3-0034-2018. PMID  31111816. S2CID  160013108.
  99. ↑ Reigadas E، van Prehn J، Falcone M، Fitzpatrick F، Vehreschild MJ، Kuijper EJ، Bouza E (ژوئیه 2021). "نحوه: مداخلات پیشگیرانه برای پیشگیری از عفونت کلستریدیوئید دیفیسیل". میکروبیولوژی بالینی و عفونت . 27 (12): 1777-1783. doi : 10.1016/j.cmi.2021.06.037 . hdl : 1887/3249077 . PMID  34245901.
  100. ↑ Nealson KH (ژانویه 1999). "میکروبیولوژی پسا وایکینگ: رویکردهای جدید، داده های جدید، بینش های جدید". خاستگاه حیات و تکامل بیوسفر . 29 (1): 73-93. Bibcode :1999OLEB...29...73N. doi :10.1023/A:1006515817767. PMID  11536899. S2CID  12289639.
  101. ^ Xu J (ژوئن 2006). "اکولوژی میکروبی در عصر ژنومیک و متاژنومیکس: مفاهیم، ​​ابزارها و پیشرفت های اخیر". اکولوژی مولکولی . 15 (7): 1713-31. doi : 10.1111/j.1365-294X.2006.02882.x . PMID  16689892. S2CID  16374800.
  102. ↑ Zillig W (دسامبر ۱۹۹۱). "بیوشیمی مقایسه ای آرکی و باکتری". نظر فعلی در ژنتیک و توسعه . 1 (4): 544-51. doi :10.1016/S0959-437X(05)80206-0. PMID  1822288.
  103. ^ abc Slonczewski JL، Foster JW. میکروبیولوژی: یک علم در حال تکامل (3 ویرایش). WW Norton & Company. ص 491-44.
  104. ↑ Hellingwerf KJ، Crielaard W، Hoff WD، Matthijs HC، Mur LR، Van Rotterdam BJ (1994). "فتوبیولوژی باکتری ها". Antonie van Leeuwenhoek (نسخه خطی ارسال شده). 65 (4): 331-47. doi :10.1007/BF00872217. PMID  7832590. S2CID  23438926.
  105. ↑ دالتون اچ (ژوئن 2005). "سخنرانی Leeuwenhoek 2000 تاریخ طبیعی و غیر طبیعی باکتری های اکسید کننده متان". معاملات فلسفی انجمن سلطنتی لندن. سری B، علوم زیستی . 360 (1458): 1207-22. doi :10.1098/rstb.2005.1657. PMC 1569495 . PMID  16147517. 
  106. ↑ عمران ع، حکیم س، طارق م، نواز ام اس، لارائب اول، گلزار یو، حنیف م.ک.، صدیق ام جی، حیات م، فراز ع، احمد م (2021). "دیازوتروف ها برای کاهش بحران های آلودگی نیتروژن: نگاهی عمیق به ریشه ها". مرزها در میکروبیولوژی 12 : 637815. doi : 10.3389/fmicb.2021.637815 . PMC 8180554 . PMID  34108945. 
  107. ↑ Zehr JP، Jenkins BD، Short SM، Steward GF (ژوئیه 2003). "تنوع ژن نیتروژناز و ساختار جامعه میکروبی: مقایسه بین سیستمی". میکروبیولوژی محیطی . 5 (7): 539-54. Bibcode :2003EnvMi...5..539Z. doi : 10.1046/j.1462-2920.2003.00451.x . PMID  12823187.
  108. ↑ Kosugi Y، Matsuura N، Liang Q، Yamamoto-Ikemoto R (اکتبر 2020). "تصفیه فاضلاب با استفاده از فرآیند "کاهش سولفات، نیترات زداییAnammox و نیتریفیکاسیون جزئی (SRDAPN)". شیمی کره . 256 : 127092. Bibcode :2020Chmsp.25627092K. doi :10.1016/j.chemosphere.2020.127092. PMID  32559887. S2CID  219476361.
  109. ↑ Morel FM، Kraepiel AM، Amyot M (1998). "چرخه شیمیایی و تجمع زیستی جیوه". بررسی سالانه اکولوژی و سیستماتیک . 29 : 543-66. doi :10.1146/annurev.ecolsys.29.1.543. S2CID  86336987.
  110. ^ Ślesak I، Kula M، Ślesak H، Miszalski Z، Strzałka K (اوت 2019). "چگونه بی هوازی اجباری را تعریف کنیم؟ دیدگاهی تکاملی در مورد سیستم پاسخ آنتی اکسیدانی و مراحل اولیه تکامل حیات بر روی زمین". زیست شناسی و پزشکی رادیکال آزاد . 140 : 61-73. doi : 10.1016/j.freeradbiomed.2019.03.004 . PMID  30862543.
  111. ↑ Stewart EJ, Madden R, Paul G, Taddei F (فوریه 2005). "پیری و مرگ در ارگانیسمی که با تقسیم مورفولوژیکی متقارن تولید مثل می کند". زیست شناسی PLOS . 3 (2): e45. doi : 10.1371/journal.pbio.0030045 . PMC 546039 . PMID  15685293. 
  112. ^ Koch AL (2002). "کنترل چرخه سلولی باکتری با رشد سیتوپلاسمی". بررسی های انتقادی در میکروبیولوژی . 28 (1): 61-77. doi :10.1080/1040-840291046696. PMID  12003041. S2CID  11624182.
  113. ^ پومرویل 2014، ص. 138.
  114. ^ پومرویل 2014، ص. 557.
  115. ^ ab Wheelis 2008، ص. 42.
  116. ^ abc تامسون آر بی، برترام اچ (دسامبر 2001). "تشخیص آزمایشگاهی عفونت های سیستم عصبی مرکزی". کلینیک های بیماری های عفونی آمریکای شمالی 15 (4): 1047-71. doi :10.1016/S0891-5520(05)70186-0. PMID  11780267.
  117. ^ Paerl HW، Fulton RS، Moisander PH، Dyble J (آوریل 2001). "شکوفه های مضر جلبک آب شیرین، با تاکید بر سیانوباکتری ها". TheScientificWorldJournal . 1 : 76-113. doi : 10.1100/tsw.2001.16 . PMC 6083932 . PMID  12805693. 
  118. ↑ Challis GL، Hopwood DA (نوامبر 2003). "هم افزایی و احتمالی به عنوان نیروهای محرک برای تکامل تولید متابولیت های ثانویه متعدد توسط گونه های استرپتومایسس". مجموعه مقالات آکادمی ملی علوم ایالات متحده آمریکا . 100 (ضمیمه 2): 14555-61. Bibcode :2003PNAS..10014555C. doi : 10.1073/pnas.1934677100 . PMC 304118 . PMID  12970466. 
  119. ↑ Kooijman SA، Auger P، Poggiale JC، Kooi BW (اوت 2003). "مراحل کمی در همزیستی و تکامل هموستاز". بررسی های بیولوژیکی انجمن فلسفی کمبریج . 78 (3): 435-63. doi :10.1017/S1464793102006127. PMID  14558592. S2CID  41072709.
  120. ^ برتراند RL (2019). "فاز تاخیر یک دوره پویا، سازمان یافته، تطبیقی ​​و تکامل پذیر است که باکتری ها را برای تقسیم سلولی آماده می کند". مجله باکتری شناسی . 201 (7): e00697-18. doi :10.1128/JB.00697-18. PMC 6416914 . PMID  30642990. 
  121. ↑ Prats C، López D، Giró A، Ferrer J، Valls J (اوت 2006). "مدل سازی فردی کشت های باکتریایی برای مطالعه علل میکروسکوپی فاز تاخیر". مجله زیست شناسی نظری . 241 (4): 939-53. Bibcode :2006JThBi.241..939P. doi :10.1016/j.jtbi.2006.01.029. PMID  16524598.
  122. ↑ هکر ام، وولکر یو (2001). پاسخ استرس عمومی باسیلوس سوبتیلیس و سایر باکتری ها . پیشرفت در فیزیولوژی میکروبی. جلد 44. صص 35-91. doi :10.1016/S0065-2911(01)44011-2. شابک 978-0-12-027744-5. PMID  11407115.
  123. ↑ Slonczewski JL، Foster JW. میکروبیولوژی: یک علم در حال تکامل (3 ویرایش). WW Norton & Company. ص 143.
  124. ↑ Leppänen M، Sundberg LR، Laanto E، de Freitas Almeida GM، Papponen P، Maasilta IJ (اوت 2017). "تصویربرداری از کلونی های باکتری و تعامل فاژ-باکتری در وضوح زیر نانومتری با استفاده از میکروسکوپ هلیوم-یون". بیوسیستم های پیشرفته 1 (8): e1700070. doi :10.1002/adbi.201700070. PMID  32646179. S2CID  90960276.
  125. ↑ Nakabachi A، Yamashita A، Toh H، Ishikawa H، Dunbar HE، Moran NA، Hattori M (اکتبر 2006). "ژنوم 160 کیلوبازی درون همزیستی باکتری کارسونلا". علم . 314 (5797): 267. doi :10.1126/science.1134196. PMID  17038615. S2CID  44570539.
  126. ↑ پرادلا اس، هانس ای، اسپروئر سی، رایچنباخ اچ، گرث ک، بییر اس (دسامبر 2002). "ویژگی، اندازه ژنوم و دستکاری ژنتیکی میکسوباکتریوم Sorangium cellulosum So ce56". آرشیو میکروبیولوژی . 178 (6): 484-92. Bibcode :2002ArMic.178..484P. doi :10.1007/s00203-002-0479-2. PMID  12420170. S2CID  21023021.
  127. ↑ Hinnebusch J, Tilly K (دسامبر 1993). "پلاسمیدها و کروموزوم های خطی در باکتری ها". میکروبیولوژی مولکولی . 10 (5): 917-22. doi :10.1111/j.1365-2958.1993.tb00963.x. PMID  7934868. S2CID  23852021.
  128. ^ Lin YS، Kieser HM، Hopwood DA، Chen CW (دسامبر 1993). DNA کروموزومی Streptomyces lividans 66 خطی است. میکروبیولوژی مولکولی . 10 (5): 923-33. doi :10.1111/j.1365-2958.1993.tb00964.x. PMID  7934869. S2CID  8536066.
  129. ↑ Val ME، Soler-Bistué A، Bland MJ، Mazel D (دسامبر 2014). "مدیریت ژنوم های چند بخشی: مدل ویبریو کلرا". نظر فعلی در میکروبیولوژی . 22 : 120-26. doi :10.1016/j.mib.2014.10.003. PMID  25460805. S2CID  215743285.
  130. ^ Kado CI (اکتبر 2014). "رویدادهای تاریخی که زمینه بیولوژی پلاسمید را ایجاد کردند". طیف میکروبیولوژی . 2 (5): 3. doi : 10.1128/microbiolspec.PLAS-0019-2013 . PMID  26104369.
  131. ↑ بلفورت ام ، ریبان می، کوتزی تی، دالگارد جی.زی (ژوئیه 1995). "اینترون ها و اینتئین های پروکاریوتی: مجموعه ای از شکل و عملکرد". مجله باکتری شناسی . 177 (14): 3897-903. doi :10.1128/jb.177.14.3897-3903.1995. PMC 177115 . PMID  7608058. 
  132. ↑ Denamur E, Matic I (مه 2006). "تکامل نرخ جهش در باکتری ها". میکروبیولوژی مولکولی . 60 (4): 820-27. doi : 10.1111/j.1365-2958.2006.05150.x . PMID  16677295. S2CID  20713095.
  133. ↑ Wright BE (مه ​​2004). "جهش‌ها و تکامل تطبیقی ​​مبتنی بر استرس". میکروبیولوژی مولکولی . 52 (3): 643-50. doi : 10.1111/j.1365-2958.2004.04012.x . PMID  15101972. S2CID  1071308.
  134. ↑ Chen I, Dubnau D (مارس 2004). "جذب DNA در طول تبدیل باکتری". بررسی های طبیعت. میکروبیولوژی . 2 (3): 241-49. doi :10.1038/nrmicro844. PMID  15083159. S2CID  205499369.
  135. ↑ Johnsborg O, Eldholm V, Håvarstein LS (دسامبر 2007). "تحول ژنتیکی طبیعی: شیوع، مکانیسم ها و عملکرد". تحقیق در میکروبیولوژی . 158 (10): 767-78. doi : 10.1016/j.resmic.2007.09.004 . PMID  17997281.
  136. ↑ Bernstein H، Bernstein C، Michod RE (2012). "تعمیر DNA به عنوان عملکرد تطبیقی ​​اولیه جنسیت در باکتری ها و یوکاریوت ها". فصل 1: صفحات 1-49 در: ترمیم DNA: تحقیقات جدید ، ساکورا کیمورا و سورا شیمیزو (ویرایش‌ها). نوا سای. Publ., Hauppauge, NY ISBN 978-1-62100-808-8 . 
  137. ↑ Brüssow H، Canchaya C، Hardt WD (سپتامبر 2004). "فاژها و تکامل پاتوژن های باکتریایی: از بازآرایی ژنومی تا تبدیل لیزوژنیک". بررسی های میکروبیولوژی و زیست شناسی مولکولی . 68 (3): 560-602، فهرست مطالب. doi :10.1128/MMBR.68.3.560-602.2004. PMC 515249 . PMID  15353570. 
  138. ↑ Bickle TA، Krüger DH (ژوئن 1993). "زیست شناسی محدودیت DNA". بررسی های میکروبیولوژیکی 57 (2): 434-50. doi :10.1128/MMBR.57.2.434-450.1993. PMC 372918 . PMID  8336674. 
  139. ↑ Barrangou R، Fremaux C، Deveau H، Richards M، Boyaval P، Moineau S، Romero DA، Horvath P (مارس 2007). CRISPR مقاومت اکتسابی در برابر ویروس ها در پروکاریوت ها ایجاد می کند. علم . 315 (5819): 1709-12. Bibcode :2007Sci...315.1709B. doi :10.1126/science.1138140. hdl : 20.500.11794/38902 . PMID  17379808. S2CID  3888761.
  140. ↑ Brouns SJ، Jore MM، Lundgren M، Westra ER، Slijkhuis RJ، Snijders AP، Dickman MJ، Makarova KS، Koonin EV، van der Oost J (اوت 2008). RNA های کوچک CRISPR دفاع ضد ویروسی را در پروکاریوت ها هدایت می کنند. علم . 321 (5891): 960-64. Bibcode :2008Sci...321..960B. doi :10.1126/science.1159689. PMC 5898235 . PMID  18703739. 
  141. ↑ Cabezón E, Ripoll-Rozada J, Peña A, de la Cruz F, Arechaga I (ژانویه 2015). "به سوی یک مدل یکپارچه از کونژوگاسیون باکتریایی". بررسی های میکروبیولوژی FEMS . 39 (1): 81-95. doi : 10.1111/1574-6976.12085 . PMID  25154632. S2CID  34245150.
  142. ↑ Michod RE، Bernstein H، Nedelcu AM (مه 2008). "ارزش تطبیقی ​​جنسیت در پاتوژن های میکروبی" (PDF) . عفونت، ژنتیک و تکامل . 8 (3): 267-85. Bibcode :2008InfGE...8..267M. doi :10.1016/j.meegid.2008.01.002. PMID  18295550. بایگانی شده (PDF) از نسخه اصلی در 30 دسامبر 2016.
  143. ↑ هاستینگز پی جی، روزنبرگ اس ام، اسلک A (سپتامبر 2004). "انتقال جانبی مقاومت آنتی بیوتیکی ناشی از آنتی بیوتیک". گرایش های میکروبیولوژی 12 (9): 401-14. doi :10.1016/j.tim.2004.07.003. PMID  15337159.
  144. ↑ دیویسون جی (سپتامبر 1999). "تبادل ژنتیکی بین باکتری های موجود در محیط". پلاسمید . 42 (2): 73-91. doi :10.1006/plas.1999.1421. PMID  10489325.
  145. ^ abc Kim KW (دسامبر 2017). "مشاهدات میکروسکوپی الکترونی زائده های سطحی پروکاریوتی". مجله میکروبیولوژی (سئول، کره) . 55 (12): 919-26. doi :10.1007/s12275-017-7369-4. PMID  29214488. S2CID  89872403.
  146. ↑ Macnab RM (دسامبر 1999). "تاژک باکتریایی: پروانه چرخشی برگشت پذیر و دستگاه صادرات نوع III". مجله باکتری شناسی . 181 (23): 7149-53. doi :10.1128/JB.181.23.7149-7153.1999. PMC 103673 . PMID  10572114. 
  147. ↑ Wu M، Roberts JW، Kim S، Koch DL، DeLisa MP (ژوئیه 2006). "دینامیک باکتریایی جمعی با استفاده از تکنیک ردیابی ذرات غیر متمرکز در مقیاس جمعیت سه بعدی آشکار شد." میکروبیولوژی کاربردی و محیطی . 72 (7): 4987-94. Bibcode :2006ApEnM..72.4987W. doi :10.1128/AEM.00158-06. PMC 1489374 . PMID  16820497. 
  148. ↑ Mattick JS (2002). "نوع IV پیلی و تحرک پرش". بررسی سالانه میکروبیولوژی . 56 : 289-314. doi :10.1146/annurev.micro.56.012302.160938. PMID  12142488.
  149. ↑ Merz AJ، So M، Sheetz MP (سپتامبر 2000). "عقب‌شدن پیلوس به تحرک انقباض باکتریایی نیرو می‌دهد". طبیعت . 407 (6800): 98-102. Bibcode :2000Natur.407...98M. doi : 10.1038/35024105. PMID  10993081. S2CID  4425775.
  150. ^ لوکس آر، شی دبلیو (ژوئیه 2004). "حرکات هدایت شده توسط کموتاکسی در باکتری ها". بررسی های انتقادی در زیست شناسی و پزشکی دهان . 15 (4): 207-20. doi : 10.1177/154411130401500404 . PMID  15284186.
  151. ↑ Schweinitzer T, Josenhans C (ژوئیه ۲۰۱۰). "تاکسی های انرژی باکتریایی: یک استراتژی جهانی؟". آرشیو میکروبیولوژی . 192 (7): 507-20. Bibcode :2010ArMic.192..507S. doi :10.1007/s00203-010-0575-7. PMC 2886117 . PMID  20411245. 
  152. ↑ Frankel RB، Bazylinski DA، Johnson MS، Taylor BL (اوت 1997). "آئروتاکسی مغناطیسی در باکتری کوکوئید دریایی". مجله بیوفیزیکی . 73 (2): 994-1000. Bibcode :1997BpJ....73..994F. doi :10.1016/S0006-3495(97)78132-3. PMC 1180996 . PMID  9251816. 
  153. ↑ نان بی، زسمن DR (2011). "کشف رمز و راز حرکت سرخوردن در میکسوباکتری ها". بررسی سالانه ژنتیک . 45 : 21-39. doi :10.1146/annurev-genet-110410-132547. PMC 3397683 . PMID  21910630. 
  154. ^ گلدبرگ MB (دسامبر 2001). "تحرک پاتوژن های میکروبی درون سلولی مبتنی بر اکتین". بررسی های میکروبیولوژی و زیست شناسی مولکولی . 65 (4): 595-626، فهرست مطالب. doi :10.1128/MMBR.65.4.595-626.2001. PMC 99042 . PMID  11729265. 
  155. ^ Calcagnile M، Tredici SM، Talà A، Alifano P (دسامبر 2019). "نشانه شیمیایی باکتری ها و تعاملات فرا پادشاهی با حشرات و گیاهان". حشرات . 10 (12): 441. doi : 10.3390/insects10120441 . PMC 6955855 . PMID  31817999. 
  156. ^ ab Shapiro JA (1998). "تفکر در مورد جمعیت باکتریایی به عنوان موجودات چند سلولی" (PDF) . بررسی سالانه میکروبیولوژی . 52 : 81-104. doi :10.1146/annurev.micro.52.1.81. PMID  9891794. بایگانی شده از نسخه اصلی (PDF) در 17 جولای 2011.
  157. ^ ab Costerton JW، Lewandowski Z، Caldwell DE، Korber DR، Lappin-Scott HM (1995). "بیوفیلم های میکروبی". بررسی سالانه میکروبیولوژی . 49 : 711-45. doi :10.1146/annurev.mi.49.100195.003431. PMID  8561477.
  158. ↑ Miller DP، Lamont RJ (2019). "سیستم های سیگنالینگ در باکتری های دهان". ایمنی مخاط دهان و میکروبیوم . پیشرفت در پزشکی تجربی و زیست شناسی. جلد 1197. ص 27-43. doi :10.1007/978-3-030-28524-1_3. شابک 978-3-030-28523-4. PMID  31732932. S2CID  208063186.
  159. ↑ Abisado RG، Benomar S، Klaus JR، Dandekar AA، Chandler JR (مه 2018). "سنسور حد نصاب باکتریایی و تعاملات جامعه میکروبی". mBio​ 9 (3). doi : 10.1128/mBio.02331-17. PMC 5964356 . PMID  29789364. 
  160. ^ Miller MB, Bassler BL (2001). "حس نصاب در باکتری ها". بررسی سالانه میکروبیولوژی . 55 : 165-99. doi :10.1146/annurev.micro.55.1.165. PMID  11544353. S2CID  1099089.
  161. ^ ژو کیو، مای یو، فایفر دبلیو، یانسن اس، اسنیکار اف، ساندرز جی جی، و همکاران. (دسامبر 2019). فیلوژنومیک 10575 ژنوم نزدیکی تکاملی بین دامنه‌های باکتری و آرکیا را نشان می‌دهد. ارتباطات طبیعت . 10 (1): 5477. Bibcode :2019NatCo..10.5477Z. doi :10.1038/s41467-019-13443-4. PMC 6889312 . PMID  31792218. 
  162. ^ Boucher Y، Douady CJ، Papke RT، Walsh DA، Boudreau ME، Nesbø CL، Case RJ، Doolittle WF (2003). "انتقال ژن جانبی و منشا گروه های پروکاریوتی". بررسی سالانه ژنتیک . 37 : 283-328. doi :10.1146/annurev.genet.37.050503.084247. PMID  14616063.
  163. ↑ Olsen GJ, Woese CR, Overbeek R (ژانویه 1994). بادهای تغییر (تکاملی): دمیدن زندگی جدید در میکروبیولوژی. مجله باکتری شناسی . 176 (1): 1-6. doi :10.2172/205047. PMC 205007 . PMID  8282683. 
  164. ↑ «خانه IJSEM». Ijs.sgmjournals.org. 28 اکتبر 2011. بایگانی شده از نسخه اصلی در 19 اکتبر 2011 . بازبینی شده در 4 نوامبر 2011 .
  165. ↑ «اعتماد دستی برگی». Bergeys.org. بایگانی شده از نسخه اصلی در 7 نوامبر 2011 . بازبینی شده در 4 نوامبر 2011 .
  166. ↑ Hedlund BP، Dodsworth JA، Staley JT (ژوئن 2015). "چشم انداز در حال تغییر اکتشاف تنوع زیستی میکروبی و پیامدهای آن برای سیستماتیک". میکروبیولوژی سیستماتیک و کاربردی . 38 (4): 231-36. Bibcode :2015SyApM..38..231H. doi :10.1016/j.syapm.2015.03.003. PMID  25921438.
  167. ↑ «اسکیزومیست ها». دیکشنری پزشکی مریام وبستر. مشاهده شده در 3 آگوست 2021.
  168. ↑ براون MM، Horswill AR (نوامبر 2020). "استافیلوکوک اپیدرمیدیس - دوست یا دشمن پوست؟". پاتوژن های PLOS 16 (11): e1009026. doi : 10.1371/journal.ppat.1009026 . PMC 7660545 . PMID  33180890. 
  169. ↑ گوپتا آر اس (2000). "روابط تکاملی طبیعی بین پروکاریوت ها". بررسی های انتقادی در میکروبیولوژی . 26 (2): 111-31. CiteSeerX 10.1.1.496.1356 . doi :10.1080/10408410091154219. PMID  10890353. S2CID  30541897. 
  170. ↑ Rappé MS، Giovannoni SJ (2003). "اکثریت میکروبی بی فرهنگ". بررسی سالانه میکروبیولوژی . 57 : 369-94. doi :10.1146/annurev.micro.57.030502.090759. PMID  14527284. S2CID  10781051.
  171. ↑ Doolittle RF (ژوئن 2005). "جنبه های تکاملی زیست شناسی کل ژنوم". نظر فعلی در زیست شناسی ساختاری . 15 (3): 248-53. doi :10.1016/j.sbi.2005.04.001. PMID  15963888.
  172. ↑ Cavalier-Smith T (ژانويه 2002). "منشا نئوموران آرکی باکتری ها، ریشه منفی باکتریایی درخت جهانی و مگا طبقه بندی باکتری ها". مجله بین المللی میکروبیولوژی سیستماتیک و تکاملی . 52 (بند 1): 7-76. doi : 10.1099/00207713-52-1-7 . PMID  11837318.
  173. ^ پومرویل 2014، ص. 15-31.
  174. ^ ab Krasner 2014, p. 77.
  175. ↑ Woods GL، Walker DH (ژوئیه ۱۹۹۶). "تشخیص عفونت یا عوامل عفونی با استفاده از لکه های سیتولوژیک و بافت شناسی". بررسی های میکروبیولوژی بالینی . 9 (3): 382-404. doi :10.1128/CMR.9.3.382. PMC 172900 . PMID  8809467. 
  176. ↑ تانگ اس، اورسی آر.اچ، لو اچ، جی سی، ژانگ جی، بیکر آر سی، استیونسون ای، ویدمن ام (2019). "ارزیابی و مقایسه روش‌های زیرگروهی مولکولی و خصوصیات سالمونلا". مرزها در میکروبیولوژی 10 : 1591. doi : 10.3389/fmicb.2019.01591 . PMC 6639432 . PMID  31354679. 
  177. ↑ کراسنر 2014، ص. 87-89.
  178. ↑ Weinstein MP (مارس 1994). "اهمیت بالینی کشت خون". کلینیک در پزشکی آزمایشگاهی . 14 (1): 9-16. doi :10.1016/S0272-2712(18)30390-1. PMID  8181237.
  179. ↑ Riley LW (نوامبر 2018). "روش های آزمایشگاهی در اپیدمیولوژی مولکولی: عفونت های باکتریایی". طیف میکروبیولوژی . 6 (6). doi :10.1128/microbiolspec.AME-0004-2018. PMID  30387415. S2CID  54234977.
  180. ↑ Lenkowski M، Nijakowski K، Kaczmarek M، Surdacka A (مارس 2021). "تکنیک تقویت ایزوترمال با واسطه حلقه در تشخیص پریودنتال: مروری سیستماتیک". مجله پزشکی بالینی . 10 (6): 1189. doi : 10.3390/jcm10061189 . PMC 8000232 . PMID  33809163. 
  181. ↑ علیزاده م، یوسفی ل، پاکدل فر، قطاسلو ر، رضایی محمدرضا، خدادادی الهه، اسکویی محمدرضا، سروش برحقی محمدحسن، کفیل ح.س (1390). "کاربردهای طیف سنجی جرمی MALDI-TOF در میکروبیولوژی بالینی". پیشرفت در علوم فارماکولوژی و داروسازی . 2021 : 9928238. doi : 10.1155/2021/9928238 . PMC 8121603 . PMID  34041492. 
  182. ↑ Dudek NK، Sun CL، Burstein D (2017). "تنوع میکروبی جدید و پتانسیل عملکردی در میکروبیوم دهانی پستانداران دریایی" (PDF) . زیست شناسی فعلی . 27 (24): 3752-62. Bibcode :2017CBio...27E3752D. doi : 10.1016/j.cub.2017.10.040 . PMID  29153320. S2CID  43864355.
  183. ↑ Louie M, Louie L, Simor AE (اوت 2000). "نقش فناوری تکثیر DNA در تشخیص بیماری های عفونی". CMAJ . 163 (3): 301-09. doi :10.1016/s1381-1169(00)00220-x. PMC 80298 . PMID  10951731. بایگانی شده از نسخه اصلی در 14 ژوئن 2006. 
  184. ↑ الیور جی دی (فوریه 2005). "وضعیت زنده اما غیرقابل کشت در باکتری ها". مجله میکروبیولوژی . 43 شماره مشخصات: 93–100. PMID  15765062. بایگانی شده از نسخه اصلی در 28 سپتامبر 2007.
  185. ↑ Euzéby JP (8 دسامبر 2011). «تعداد اسامی منتشر شده». فهرست نام های پروکاریوتی با جایگاه در نامگذاری . بایگانی شده از نسخه اصلی در 19 ژانویه 2012 . بازیابی شده در 10 دسامبر 2011 .
  186. ↑ Curtis TP، Sloan WT، Scannell JW (اوت 2002). "برآورد تنوع پروکاریوتی و حدود آن". مجموعه مقالات آکادمی ملی علوم ایالات متحده آمریکا . 99 (16): 10494-99. Bibcode :2002PNAS...9910494C. doi : 10.1073/pnas.142680199 . PMC 124953 . PMID  12097644. 
  187. ↑ Schloss PD، Handelsman J (دسامبر 2004). "وضعیت سرشماری میکروبی". بررسی های میکروبیولوژی و زیست شناسی مولکولی . 68 (4): 686-91. doi :10.1128/MMBR.68.4.686-691.2004. PMC 539005 . PMID  15590780. 
  188. ↑ Oren A، Garrity GM (2021). «نشر معتبر اسامی چهل و دو شاخه پروکاریوت». Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID  34694987. S2CID  239887308.
  189. ^ Fisher B, Harvey RP, Champe PC (2007). "فصل 33". بررسی های مصور لیپینکات: میکروبیولوژی (مجموعه بررسی های مصور لیپینکات) . Hagerstwon، MD: Lippincott Williams & Wilkins. صص 367-92. شابک 978-0-7817-8215-9.
  190. ↑ موشگیان AA، ایبرت دی (ژانویه 2016). "بازاندیشی "متقابل گرایی" در جوامع میزبان همزیست متنوع". مقاله های زیستی . 38 (1): 100-8. doi :10.1002/bies.201500074. PMID  26568407. S2CID  31661712.
  191. ↑ هارپر دی «کامنسالیسم». دیکشنری ریشه شناسی آنلاین .
  192. ^ Sears CL (اکتبر 2005). "یک مشارکت پویا: جشن فلور روده ما". بی هوازی 11 (5): 247-51. doi :10.1016/j.anaerobe.2005.05.001. PMID  16701579.
  193. ↑ خان آر، پیترسن اف سی، شکر اس (2019). "باکتری های کامنسال: بازیکنی نوظهور در دفاع در برابر پاتوژن های تنفسی". مرزها در ایمونولوژی 10 : 1203. doi : 10.3389/fimmu.2019.01203 . PMC 6554327 . PMID  31214175. 
  194. ↑ Roscoe DL، Chow AW (مارس 1988). "فلور طبیعی و ایمنی مخاطی سر و گردن". کلینیک های بیماری های عفونی آمریکای شمالی 2 (1): 1-19. doi :10.1016/S0891-5520(20)30163-X. PMID  3074102.
  195. ↑ Shiao SL، Kershaw KM، Limon JJ، You S، Yoon J، Ko EY، Guarnerio J، Potdar AA، McGovern DP، Bose S، Dar TB، Noe P، Lee J، Kubota Y، Maymi VI، Davis MJ، Henson RM، Choi RY، Yang W، Tang J، Gargus M، Prince AD، Zumsteg ZS، Underhill DM (ژوئیه 2021). "باکتری ها و قارچ های Commensal پاسخ های تومور به پرتودرمانی را به طور متفاوت تنظیم می کنند." سلول سرطانی 39 (9): 1202-1213.e6. doi :10.1016/j.ccell.2021.07.002. PMC 8830498 . PMID  34329585. 
  196. ↑ لیاپیچف KA، ایواشکویچ ی، چرنوف ی، چیننوف دی، شپات ای، بسونوف AA، داباجا بی‌اس، کونوپلف اس (2021). "لنفوم MALT مثانه یک غلبه چشمگیر زنانه، توزیع جغرافیایی نابرابر و علت عفونی احتمالی را نشان می دهد." تحقیقات و گزارشات در اورولوژی . 13 : 49-62. doi : 10.2147/RRU.S283366 . PMC 7873029 . PMID  33575225. 
  197. ↑ Eleyan L، Khan AA، Musollari G، Chandiramani AS، Shaikh S، Salha A، Tarmahomed A، Harky A (آوریل 2021). "اندوکاردیت عفونی در کودکان". مجله اروپایی اطفال . 180 (10): 3089–3100. doi :10.1007/s00431-021-04062-7. PMID  33852085. S2CID  233225250.
  198. ↑ Martin MO (سپتامبر 2002). "پروکاریوت های درنده: یک فرصت تحقیقاتی در حال ظهور". مجله میکروبیولوژی مولکولی و بیوتکنولوژی . 4 (5): 467-77. PMID  12432957.
  199. ↑ Velicer GJ، Stredwick KL (اوت 2002). "تکامل اجتماعی تجربی با میکسوکوکوس زانتوس". آنتونی ون لیوونهوک 81 (1-4): 155-64. doi :10.1023/A:1020546130033. PMID  12448714. S2CID  20018104.
  200. ↑ Bauer A, Forchhammer K (مه 2021). "شکار باکتریایی در سیانوباکتری ها". فیزیولوژی میکروبی . 31 (2): 99-108. doi : 10.1159/000516427 . ISSN  2673-1665. PMID  34010833.
  201. ↑ Velicer GJ, Mendes-Soares H (ژانویه 2009). "شکارچیان باکتریایی". زیست شناسی فعلی . 19 (2): R55–56. Bibcode :2009CBio...19..R55V. doi : 10.1016/j.cub.2008.10.043 . PMID  19174136. S2CID  5432036.
  202. ↑ Stams AJ، de Bok FA، Plugge CM، van Eekert MH، Dolfing J، Schraa G (مارس 2006). "انتقال الکترون خارج سلولی در جوامع میکروبی بی هوازی". میکروبیولوژی محیطی . 8 (3): 371-82. Bibcode :2006EnvMi...8..371S. doi :10.1111/j.1462-2920.2006.00989.x. PMID  16478444.
  203. ^ Zinser ER (اوت 2018). "محافظت متقابل در برابر پراکسید هیدروژن توسط میکروب های کمکی: تاثیرات بر سیانوباکتری پروکلروکوکوس و سایر ذینفعان در جوامع دریایی". گزارش های میکروبیولوژی محیطی . 10 (4): 399-411. Bibcode :2018EnvMR..10..399Z. doi : 10.1111/1758-2229.12625 . PMID  29411546.
  204. ↑ Barea JM، Pozo MJ، Azcón R، Azcón-Aguilar C (ژوئیه 2005). "همکاری میکروبی در ریزوسفر". مجله گیاه شناسی تجربی . 56 (417): 1761-78. doi : 10.1093/jxb/eri197 . PMID  15911555.
  205. ↑ O'Hara AM, Shanahan F (ژوئیه 2006). "فلور روده به عنوان اندامی فراموش شده". گزارش های EMBO 7 (7): 688-93. doi :10.1038/sj.embor.7400731. PMC 1500832 . PMID  16819463. 
  206. ^ Zoetendal EG، Vaughan EE، de Vos WM (مارس 2006). "دنیای میکروبی در درون ما". میکروبیولوژی مولکولی . 59 (6): 1639-50. doi : 10.1111/j.1365-2958.2006.05056.x . PMID  16553872. S2CID  37602619.
  207. ↑ Gorbach SL (فوریه 1990). "باکتری های اسید لاکتیک و سلامت انسان". سالنامه پزشکی . 22 (1): 37-41. doi :10.3109/07853899009147239. PMID  2109988.
  208. ↑ Salminen SJ, Gueimonde M, Isolauri E (مه ​​2005). "پروبیوتیک هایی که خطر بیماری را اصلاح می کنند". مجله تغذیه . 135 (5): 1294-98. doi : 10.1093/jn/135.5.1294 . PMID  15867327.
  209. ↑ واتانابه اف، بیتو تی (ژانویه ۲۰۱۸). "منابع ویتامین B12 و تداخل میکروبی". زیست شناسی تجربی و پزشکی . 243 (2): 148-58. doi :10.1177/1535370217746612. PMC 5788147 . PMID  29216732. 
  210. ↑ پومرویل 2014، صفحات 16-21.
  211. ^ کلارک 2010، ص. 215.
  212. ^ Wheelis 2008، ص. 44.
  213. ↑ کلارک 2010، ص 30، 195، 233، 236.
  214. ↑ Miller AK, Williams SM (ژوئیه ۲۰۲۱). عفونت هلیکوباکتر پیلوری هم اثرات محافظتی و هم اثرات مضری بر سلامت و بیماری انسان دارد. ژن ها و ایمنی 22 (4): 218-226. doi :10.1038/s41435-021-00146-4. PMC 8390445 . PMID  34244666. 
  215. ↑ Schwarz S, Enne VI, van Duijkeren E (اکتبر ۲۰۱۶). "40 سال مقالات دامپزشکی در JAC - ما چه آموختیم؟" مجله شیمی درمانی ضد میکروبی . 71 (10): 2681-90. doi : 10.1093/jac/dkw363 . PMID  27660260.
  216. ↑ Fish DN (فوریه 2002). "درمان ضد میکروبی بهینه برای سپسیس". مجله آمریکایی سلامت سیستم داروسازی . 59 (ضمیمه 1): S13–19. doi : 10.1093/ajhp/59.suppl_1.S13 . PMID  11885408.
  217. ↑ Belland RJ، Ouellette SP، Gieffers J، Byrne GI (فوریه 2004). "کلامیدیا پنومونیه و آترواسکلروز". میکروبیولوژی سلولی . 6 (2): 117-27. doi : 10.1046/j.1462-5822.2003.00352.x . PMID  14706098. S2CID  45218449.
  218. ^ Heise ER (فوریه 1982). "بیماری های مرتبط با سرکوب سیستم ایمنی". چشم انداز بهداشت محیط . 43 : 9-19. doi :10.2307/3429162. JSTOR  3429162. PMC 1568899 . PMID  7037390. 
  219. ↑ Saiman L (2004). "میکروبیولوژی بیماری اولیه ریه CF". بررسی های تنفسی کودکان 5 (ضمیمه A): S367–69. doi :10.1016/S1526-0542(04)90065-6. PMID  14980298.
  220. ^ پومرویل 2014، ص. 118.
  221. ^ ab Pommerville 2014، صفحات 646-47.
  222. ↑ کراسنر 2014، صص 165، 369.
  223. ↑ Yonath A, Bashan A (2004). کریستالوگرافی ریبوزومی: شروع، تشکیل پیوند پپتیدی و پلیمریزاسیون اسید آمینه توسط آنتی بیوتیک ها مختل می شود. بررسی سالانه میکروبیولوژی . 58 : 233-51. doi : 10.1146/annurev.micro.58.030603.123822 . PMID  15487937.
  224. ↑ Khachatourians GG (نوامبر 1998). "استفاده کشاورزی از آنتی بیوتیک ها و تکامل و انتقال باکتری های مقاوم به آنتی بیوتیک". CMAJ . 159 (9): 1129-36. PMC 1229782 . PMID  9835883. 
  225. ^ Kuo J (اکتبر 2017). "فرایندهای ضد عفونی". تحقیقات محیط زیست آب . 89 (10): 1206-44. Bibcode :2017WaEnR..89.1206K. doi : 10.2175/106143017X15023776270278 . PMID  28954657.
  226. ↑ جانسون ME، Lucey JA (آوریل 2006). "پیشرفت‌ها و روندهای عمده فناوری در پنیر". مجله علوم لبنیات . 89 (4): 1174-78. doi : 10.3168/jds.S0022-0302(06)72186-5 . PMID  16537950.
  227. ↑ کراسنر 2014، صص 25-26.
  228. ↑ کوهن وای (دسامبر 2002). "زیست پالایی روغن توسط تشک های میکروبی دریایی". میکروبیولوژی بین المللی 5 (4): 189-93. doi :10.1007/s10123-002-0089-5. PMID  12497184. S2CID  26039323.
  229. ↑ Neves LC، Miyamura TT، Moraes DA، Penna TC، Converti A (2006). "روش های بیوفیلتراسیون برای حذف باقی مانده های فنلی". بیوشیمی کاربردی و بیوتکنولوژی . 129–132 (1–3): 130–52. doi :10.1385/ABAB:129:1:130. PMID  16915636. S2CID  189905816.
  230. ↑ Liese A، Filho MV (دسامبر 1999). "تولید مواد شیمیایی ریز با استفاده از بیوکاتالیز". نظر فعلی در بیوتکنولوژی 10 (6): 595-603. doi :10.1016/S0958-1669(99)00040-3. PMID  10600695.
  231. ↑ آرونسون AI، شای وای (فوریه 2001). "چرا سموم حشره کش Bacillus thuringiensis بسیار موثر هستند: ویژگی های منحصر به فرد نحوه عمل آنها". نامه های میکروبیولوژی FEMS . 195 (1): 1-8. doi : 10.1111/j.1574-6968.2001.tb10489.x . PMID  11166987.
  232. ↑ Bozsik A (ژوئیه 2006). "حساسیت Coccinella septempunctata بالغ (Coleoptera: Coccinellidae) به حشره کش ها با حالت های مختلف عمل". علم مدیریت آفات . 62 (7): 651-54. doi :10.1002/ps.1221. PMID  16649191.
  233. ↑ Chattopadhyay A، Bhatnagar NB، Bhatnagar R (2004). "سموم حشره کش باکتریایی". بررسی های انتقادی در میکروبیولوژی . 30 (1): 33-54. doi :10.1080/10408410490270712. PMID  15116762. S2CID  1580984.
  234. ↑ Serres MH، Gopal S، Nahum LA، Liang P، Gaasterland T، Riley M (2001). "به روز رسانی عملکردی ژنوم اشریشیا کلی K-12". زیست شناسی ژنوم . 2 (9): RESEARCH0035. doi : 10.1186/gb-2001-2-9-research0035 . PMC 56896 . PMID  11574054. 
  235. ↑ Almaas E، Kovács B، Vicsek T، Oltvai ZN، Barabási AL (فوریه 2004). "سازمان جهانی شارهای متابولیک در باکتری اشریشیا کلی". طبیعت . 427 (6977): 839-43. arXiv : q-bio/0403001 . Bibcode :2004Natur.427..839A. doi :10.1038/nature02289. PMID  14985762. S2CID  715721.
  236. ↑ رید جی ال، وو تی دی، شیلینگ CH، پالسون بو (2003). "یک مدل گسترش یافته در مقیاس ژنوم اشریشیا کلی K-12 (iJR904 GSM/GPR)". زیست شناسی ژنوم . 4 (9): R54. doi : 10.1186/gb-2003-4-9-r54 . PMC 193654 . PMID  12952533. 
  237. ↑ والش جی (آوریل 2005). "انسولین های درمانی و ساخت در مقیاس بزرگ آنها". میکروبیولوژی کاربردی و بیوتکنولوژی . 67 (2): 151-59. doi :10.1007/s00253-004-1809-x. PMID  15580495. S2CID  5986035.
  238. ↑ Graumann K، Premstaller A (فوریه 2006). "ساخت پروتئین های درمانی نوترکیب در سیستم های میکروبی". مجله بیوتکنولوژی . 1 (2): 164-86. doi :10.1002/biot.200500051. PMID  16892246. S2CID  24702839.
  239. ↑ Rabsch W, Helm RA, Eisenstark A (فوریه 2004). "تنوع انواع فاژ در میان کشت های آرشیو شده مجموعه Demerec از سویه های سرووار تیفی موریوم سالمونلا انتریکا". میکروبیولوژی کاربردی و محیطی . 70 (2): 664-69. Bibcode :2004ApEnM..70..664R. doi :10.1128/aem.70.2.664-669.2004. PMC 348941 . PMID  14766539. 
  240. ↑ Wheelis 2008.
  241. ↑ آسیموف اول (1982). دایره المعارف بیوگرافی علم و فناوری آسیموف (ویرایش دوم). گاردن سیتی، نیویورک: Doubleday and Company. ص 143.
  242. ^ پومرویل 2014، ص. 7.
  243. ↑ ارنبرگ سی جی (۱۸۲۸). Symbolae Physioe. Animalia evertebrata . برلین: Decas prima.
  244. ↑ Breed RS، Conn HJ (مه 1936). "وضعیت اصطلاح ژنریک باکتری ارنبرگ 1828". مجله باکتری شناسی . 31 (5): 517-18. doi :10.1128/jb.31.5.517-518.1936. PMC 543738 . PMID  16559906. 
  245. ↑ ارنبرگ سی جی (۱۸۳۵). Dritter Beitrag zur Erkenntniss grosser Organization in der Richtung des kleinsten Raumes [ سومین مشارکت در دانش سازمان بزرگ در جهت کوچکترین فضا ] (به آلمانی). برلین: Physikalische Abhandlungen der Koeniglichen Akademie der Wissenschaften. صص 143-336.
  246. ↑ «مقالات پاستور در مورد نظریه میکروب». سایت حقوق پزشکی و بهداشت عمومی مرکز حقوقی LSU، مقالات بهداشت عمومی تاریخی. بایگانی شده از نسخه اصلی در 18 دسامبر 2006 . بازیابی شده در 23 نوامبر 2006 .
  247. ↑ «دست‌های خود را بشویید» زمانی توصیه پزشکی بحث‌برانگیز بود. تاریخچه . 6 مارس 2020. بایگانی شده از نسخه اصلی در 11 اوت 2023.
  248. ↑ «جایزه نوبل فیزیولوژی یا پزشکی 1905». Nobelprize.org بایگانی شده از نسخه اصلی در 10 دسامبر 2006 . بازیابی شده در 22 نوامبر 2006 .
  249. ↑ O'Brien SJ, Goedert JJ (اکتبر 1996). «اچ‌آی‌وی باعث ایدز می‌شود: فرضیه‌های کوخ برآورده شدند». نظر فعلی در ایمونولوژی 8 (5): 613-18. doi :10.1016/S0952-7915(96)80075-6. PMID  8902385.
  250. ^ چانگ کی تی. "فردیناند جولیوس کوهن (1828-1898): پیشگام باکتری شناسی" (PDF) . گروه میکروبیولوژی و علوم سلولی مولکولی، دانشگاه ممفیس. بایگانی شده (PDF) از نسخه اصلی در 27 ژوئیه 2011.
  251. ↑ دروز، گرهارت (1999). "فردیناند کوهن، بنیانگذار میکروبیولوژی مدرن" (PDF) . ASM News . 65 (8): 547-52. بایگانی شده از نسخه اصلی (PDF) در 13 جولای 2017.
  252. ↑ Thurston AJ (دسامبر 2000). "خون، التهاب و زخم های گلوله: تاریخچه کنترل سپسیس". مجله جراحی استرالیا و نیوزلند . 70 (12): 855-61. doi : 10.1046/j.1440-1622.2000.01983.x . PMID  11167573.
  253. ↑ شوارتز آر اس (مارس 2004). "گلوله های جادویی پل ارلیش". مجله پزشکی نیوانگلند . 350 (11): 1079-80. doi :10.1056/NEJMp048021. PMID  15014180.
  254. ↑ «بیوگرافی پل ارلیش». Nobelprize.org بایگانی شده از نسخه اصلی در 28 نوامبر 2006 . بازیابی شده در 26 نوامبر 2006 .
  255. ^ Woese CR، Fox GE (نوامبر 1977). "ساختار فیلوژنتیک حوزه پروکاریوتی: پادشاهی های اولیه". مجموعه مقالات آکادمی ملی علوم ایالات متحده آمریکا . 74 (11): 5088-90. Bibcode :1977PNAS...74.5088W. doi : 10.1073/pnas.74.11.5088 . PMC 432104 . PMID  270744. 

کتابشناسی

لینک های خارجی