stringtranslate.com

کروماتین

ساختارهای اصلی در تراکم DNA: DNA ، نوکلئوزوم ، مهره های 11 نانومتری روی فیبر کروماتین رشته ای و کروموزوم متافاز .

کروماتین مجموعه ای از DNA و پروتئین است که در سلول های یوکاریوتی یافت می شود . [1] وظیفه اصلی بسته بندی مولکول های DNA طولانی در ساختارهای فشرده تر و متراکم تر است. این از گره خوردن رشته ها جلوگیری می کند و همچنین نقش مهمی در تقویت DNA در طول تقسیم سلولی ، جلوگیری از آسیب DNA ، و تنظیم بیان ژن و تکثیر DNA ایفا می کند . در طی میتوز و میوز ، کروماتین جداسازی مناسب کروموزوم ها را در آنافاز تسهیل می کند . اشکال مشخصه کروموزوم‌ها که در این مرحله قابل مشاهده است، نتیجه پیچیدگی DNA به کروماتین بسیار متراکم است.

اجزای پروتئینی اولیه کروماتین هیستون ها هستند . یک اکتامر از دو مجموعه از چهار هسته هیستونی ( هیستون H2A ، هیستون H2B ، هیستون H3 ، و هیستون H4 ) به DNA متصل می شود و به عنوان "لنگر" عمل می کند که رشته ها به دور آن پیچیده می شوند. [2] به طور کلی، سه سطح از سازماندهی کروماتین وجود دارد:

  1. DNA به دور پروتئین های هیستون می پیچد و نوکلئوزوم ها و به اصطلاح دانه هایی را روی یک ساختار رشته ای ( یوکروماتین ) تشکیل می دهد.
  2. هیستون های متعدد در یک فیبر 30 نانومتری متشکل از آرایه های نوکلئوزومی در فشرده ترین شکل خود ( هتروکروماتین ) پیچیده می شوند. [a]
  3. ابرپیچ شدن DNA سطح بالاتر فیبر 30 نانومتری کروموزوم متافاز را (در طول میتوز و میوز) تولید می کند.

با این حال، بسیاری از ارگانیسم ها از این طرح سازمانی پیروی نمی کنند. برای مثال، اسپرم‌ها و گلبول‌های قرمز پرندگان نسبت به اکثر سلول‌های یوکاریوتی کروماتین فشرده‌تری دارند و تک یاخته‌های تریپانوزوماتید اصلاً کروماتین خود را به کروموزوم‌های قابل مشاهده متراکم نمی‌کنند . سلول های پروکاریوتی ساختارهای کاملاً متفاوتی برای سازماندهی DNA خود دارند (معادل کروموزوم پروکاریوتی ژنوفور نامیده می شود و در ناحیه نوکلوئیدی قرار دارد ).

ساختار کلی شبکه کروماتین بیشتر به مرحله چرخه سلولی بستگی دارد . در طول اینترفاز ، کروماتین از نظر ساختاری شل است تا امکان دسترسی به RNA و DNA پلیمرازهایی که DNA را رونویسی و تکثیر می کنند، فراهم کند. ساختار موضعی کروماتین در طول اینترفاز به ژن های خاص موجود در DNA بستگی دارد. مناطقی از DNA حاوی ژن‌هایی که به طور فعال رونویسی می‌شوند ("روشن") کمتر فشرده شده و با RNA پلیمرازها در ساختاری به نام یوکروماتین مرتبط هستند ، در حالی که مناطق حاوی ژن‌های غیرفعال ("خاموش") عموماً متراکم‌تر و مرتبط‌تر هستند. پروتئین های ساختاری در هتروکروماتین [4] اصلاح اپی ژنتیکی پروتئین‌های ساختاری کروماتین از طریق متیلاسیون و استیلاسیون نیز ساختار کروماتین موضعی و در نتیجه بیان ژن را تغییر می‌دهد. درک محدودی از ساختار کروماتین وجود دارد و این یک حوزه فعال تحقیقاتی در زیست شناسی مولکولی است .

ساختار و سلسله مراتب کروماتین دینامیک

واحدهای اساسی ساختار کروماتین
ساختار کروماتین در یک کروموزوم

کروماتین در طول چرخه سلولی دچار تغییرات ساختاری مختلفی می شود . پروتئین‌های هیستون بسته‌کننده‌ها و ترتیب‌دهنده‌های اولیه کروماتین هستند و می‌توانند با اصلاحات مختلف پس از ترجمه برای تغییر بسته‌بندی کروماتین ( اصلاح هیستون ) اصلاح شوند. اکثر تغییرات در دم هیستون رخ می دهد. هسته های هیستونی با بار مثبت فقط تا حدی با بار منفی ستون فقرات فسفات DNA مقابله می کنند که منجر به بار خالص منفی ساختار کلی می شود. عدم تعادل بار در پلیمر باعث دافعه الکترواستاتیکی بین نواحی کروماتین همسایه می شود که برهمکنش با پروتئین ها، مولکول ها و کاتیون های دارای بار مثبت را افزایش می دهد. با رخ دادن این تغییرات، محیط الکترواستاتیکی که کروماتین را احاطه کرده است، شار می شود و سطح تراکم کروماتین تغییر می کند. [2] عواقب از نظر دسترسی و فشردگی کروماتین هم به اسید آمینه اصلاح شده و هم به نوع اصلاح بستگی دارد. به عنوان مثال، استیلاسیون هیستون منجر به شل شدن و افزایش دسترسی کروماتین برای همانندسازی و رونویسی می شود. تری متیلاسیون لیزین می تواند منجر به افزایش فعالیت رونویسی ( تری متیلاسیون هیستون H3 لیزین 4 ) یا سرکوب رونویسی و تراکم کروماتین ( تری متیلاسیون هیستون H3، لیزین 9 یا لیزین 27 ) شود. چندین مطالعه نشان داد که تغییرات مختلف می تواند به طور همزمان رخ دهد. به عنوان مثال، پیشنهاد شد که یک ساختار دو ظرفیتی (با تری متیلاسیون هر دو لیزین 4 و 27 روی هیستون H3) در رشد اولیه پستانداران دخیل است. مطالعه دیگری نقش استیلاسیون هیستون 4 را روی لیزین 16 بر روی ساختار کروماتین آزمایش کرد و دریافت که استیلاسیون همگن از تشکیل کروماتین 30 نانومتری جلوگیری می کند و بازسازی آدنوزین تری فسفات را مسدود می کند . این اصلاح منحصر به فرد دینامیک کروماتین را تغییر داد که نشان می دهد استیلاسیون H4 در K16 برای عملکرد مناسب درون و بین عملکرد ساختار کروماتین حیاتی است. [5] [6]

پروتئین های گروه Polycomb از طریق تعدیل ساختار کروماتین در تنظیم ژن ها نقش دارند. [7]

برای اطلاعات بیشتر، نوع کروماتین ، تغییرات هیستون در تنظیم کروماتین و کنترل RNA پلیمراز توسط ساختار کروماتین را ببینید .

ساختار DNA

ساختارهای A-، B- و Z-DNA.

در طبیعت، DNA می تواند سه ساختار A- ، B- و Z-DNA را تشکیل دهد . A- و B-DNA بسیار شبیه هستند و مارپیچ های راست دست را تشکیل می دهند، در حالی که Z-DNA یک مارپیچ چپ دست با ستون فقرات فسفات زیگزاگ است. تصور می شود که Z-DNA به دلیل ویژگی های اتصال بین B- و Z-DNA نقش خاصی در ساختار کروماتین و رونویسی دارد.

در محل اتصال B- و Z-DNA، یک جفت پایه از پیوند معمولی خارج می شود. اینها نقش مضاعف یک مکان شناسایی توسط بسیاری از پروتئین ها و به عنوان یک مخزن برای استرس پیچشی ناشی از RNA پلیمراز یا اتصال نوکلئوزوم دارند . سیتوزین (C) و تیمین (T)» . ترتیب و توالی این ساختارهای شیمیایی DNA به عنوان اطلاعات موجود برای ایجاد و کنترل موجودات انسانی منعکس می شود. جفت شدن "A با T و C با G" برای ساخت جفت باز DNA. مولکول‌های قند و فسفات نیز با این پایه‌ها جفت می‌شوند و نوکلئوتیدهای DNA را به ترتیب 2 رشته مارپیچی بلند می‌سازند که به طور متحد «مارپیچ دوگانه» نامیده می‌شوند . [8] در یوکاریوت ها، DNA از یک هسته سلول تشکیل شده است و DNA نیرو و جهت مکانیزم وراثت را فراهم می کند. علاوه بر این، بین پیوندهای نیتروژنی 2 DNA، پیوندهای همگن در حال تشکیل هستند.

[9]

نوکلئوزوم ها و مهره های روی یک رشته

یک نمایش کارتونی از ساختار نوکلئوزوم. از PDB : 1KX5 .

عنصر تکراری اصلی کروماتین، نوکلئوزوم است که توسط بخش هایی از DNA پیوند دهنده به هم متصل شده است ، آرایشی بسیار کوتاه تر از DNA خالص در محلول.

علاوه بر هیستون‌های هسته، یک هیستون پیوندی H1 وجود دارد که با خروجی/ورودی رشته DNA روی نوکلئوزوم تماس می‌گیرد. ذره هسته نوکلئوزومی همراه با هیستون H1 به عنوان کروماتوزوم شناخته می شود . نوکلئوزوم ها، با حدود 20 تا 60 جفت باز DNA پیوندی، می توانند در شرایط غیر فیزیولوژیکی، دانه های تقریباً 11 نانومتری را روی یک رشته رشته ای تشکیل دهند.

نوکلئوزوم ها به طور غیر اختصاصی به DNA متصل می شوند، همانطور که عملکرد آنها در بسته بندی DNA عمومی لازم است. با این حال، ترجیحات توالی DNA بزرگی وجود دارد که بر موقعیت نوکلئوزوم حاکم است. این در درجه اول به دلیل خواص فیزیکی متفاوت توالی های مختلف DNA است: به عنوان مثال، آدنین (A) و تیمین (T) به طور مطلوب تری در شیارهای جزئی داخلی فشرده می شوند. این بدان معناست که نوکلئوزوم‌ها می‌توانند ترجیحاً در یک موقعیت تقریباً در هر 10 جفت باز (تکرار مارپیچ DNA) - جایی که DNA چرخانده می‌شود تا تعداد بازهای A و T را که در شیار فرعی داخلی قرار می‌گیرند، به حداکثر برسانند. (به ساختار اسید نوکلئیک مراجعه کنید .)

فیبر کروماتین 30 نانومتری در میتوز

دو ساختار پیشنهادی از رشته کروماتین 30 نانومتری.
سمت چپ: 1 استارت مارپیچ ساختار "سلونوئید".
سمت راست: 2 شروع ساختار مارپیچ شل.
توجه: هیستون ها در این نمودار حذف شده اند - فقط DNA نشان داده شده است.

با افزودن H1، در طول میتوز، ساختار دانه‌های روی یک رشته می‌تواند به یک ساختار مارپیچ با قطر 30 نانومتر که به عنوان فیبر یا رشته 30 نانومتری شناخته می‌شود، بپیچد. ساختار دقیق فیبر کروماتین در سلول به طور دقیق مشخص نیست. [10]

تصور می‌شود که این سطح از ساختار کروماتین به شکل هتروکروماتین است که عمدتاً حاوی ژن‌های خاموش رونویسی است. مطالعات میکروسکوپ الکترونی نشان داده است که فیبر 30 نانومتری بسیار پویا است، به طوری که وقتی توسط یک RNA پلیمراز درگیر در رونویسی عرضی می‌شود، به یک ساختار فیبر 10 نانومتری بر روی یک رشته باز می‌شود.

چهار ساختار پیشنهادی از رشته کروماتین 30 نانومتری برای طول تکرار DNA در هر نوکلئوزوم از 177 تا 207 جفت باز.
DNA پیوندی در زرد و DNA نوکلئوزومی در صورتی.

مدل‌های موجود معمولاً این را می‌پذیرند که نوکلئوزوم‌ها عمود بر محور فیبر قرار دارند و هیستون‌های پیوند دهنده در داخل چیده شده‌اند. یک فیبر 30 نانومتری پایدار به موقعیت منظم نوکلئوزوم ها در امتداد DNA متکی است. DNA پیوند دهنده در برابر خمش و چرخش نسبتاً مقاوم است. این امر طول DNA پیوند دهنده را برای پایداری فیبر حیاتی می‌سازد و نوکلئوزوم‌ها را باید با طول‌هایی از هم جدا کرد که امکان چرخش و تا شدن را در جهت مورد نیاز بدون استرس بیش از حد به DNA فراهم می‌کند. در این دیدگاه، طول های مختلف DNA پیوند دهنده باید توپولوژی های تاشوی متفاوتی از فیبر کروماتین ایجاد کند. کار نظری اخیر، بر اساس تصاویر میکروسکوپ الکترونی [11] از الیاف بازسازی شده این دیدگاه را پشتیبانی می کند. [12]

حلقه های DNA

نمایش متحرک تشکیل دینامیکی حلقه‌های کروماتین از طریق حلقه‌های CTCF (قرمز) و کندانسین (زرد) [13]

ساختار کروماتین مهره های روی رشته تمایل به تشکیل حلقه دارد. این حلقه‌ها با نزدیک‌تر کردن آن‌ها به یکدیگر، برهمکنش‌های بین نواحی مختلف DNA را امکان‌پذیر می‌کنند که کارایی برهمکنش‌های ژنی را افزایش می‌دهد. این فرآیند پویا است و حلقه هایی تشکیل شده و ناپدید می شوند. حلقه ها توسط دو عنصر اصلی تنظیم می شوند: [14]

بسیاری از عناصر دیگر نیز دخیل هستند. به عنوان مثال، Jpx مکان های اتصال مولکول های CTCF را در امتداد فیبر DNA تنظیم می کند. [15]

سازماندهی فضایی کروماتین در هسته سلول

آرایش فضایی کروماتین در هسته تصادفی نیست - مناطق خاصی از کروماتین را می توان در مناطق خاصی یافت. قلمروها، به عنوان مثال، دامنه های مرتبط با لایه (LADs) و دامنه های مرتبط با توپولوژی (TADs) هستند که توسط کمپلکس های پروتئینی به یکدیگر متصل می شوند. [16] در حال حاضر، مدل‌های پلیمری مانند مدل Strings & Binders Switch (SBS) [17] و مدل حلقه دینامیک (DL) [18] برای توصیف تاخوردگی کروماتین در هسته استفاده می‌شوند. آرایش کروماتین در هسته نیز ممکن است در تنش هسته ای و بازیابی تغییر شکل غشای هسته ای توسط تنش مکانیکی نقش داشته باشد. وقتی کروماتین متراکم می شود، هسته سفت تر می شود. هنگامی که کروماتین متراکم می شود، هسته با نیروی کمتری که بر غشای هسته داخلی وارد می شود، الاستیک تر می شود. این مشاهدات سایر عملکردهای سلولی احتمالی سازمان کروماتین را خارج از تنظیم ژنومی روشن می کند. [2]

سازمان ساختاری وابسته به چرخه سلولی

کاریوگرام نر انسان با استفاده از رنگ‌آمیزی گیمسا که ساختار کروماتین متافاز کلاسیک را نشان می‌دهد .
تراکم و تفکیک کروماتیدهای خواهر انسانی در میتوز اولیه
  1. اینترفاز : ساختار کروماتین در طول اینترفاز میتوز بهینه شده است تا امکان دسترسی ساده فاکتورهای رونویسی و ترمیم DNA به DNA را فراهم کند در حالی که DNA را به درون هسته فشرده می کند . ساختار بسته به دسترسی مورد نیاز به DNA متفاوت است. ژن هایی که نیاز به دسترسی منظم توسط RNA پلیمراز دارند ، به ساختار شلتر ارائه شده توسط یوکروماتین نیاز دارند.
  2. متافاز : ساختار متافاز کروماتین با ساختار اینترفاز بسیار متفاوت است . این برای قدرت بدنی [ نیازمند منبع ] و قابلیت مدیریت بهینه شده است و ساختار کروموزومی کلاسیک را که در کاریوتیپ ها دیده می شود، تشکیل می دهد . تصور می شود که ساختار کروماتین متراکم حلقه هایی از فیبر 30 نانومتری به داربست مرکزی پروتئین ها باشد. با این حال، شخصیت خوبی ندارد. داربست های کروموزومی نقش مهمی در نگه داشتن کروماتین در کروموزوم های فشرده ایفا می کنند. حلقه های ساختار 30 نانومتری بیشتر با داربست متراکم می شوند و به ساختارهای درجه بالاتر تبدیل می شوند. [19] داربست های کروموزومی از پروتئین هایی از جمله کندنسین ، توپوایزومراز نوع IIA و عضو خانواده کینزین 4 (KIF4) ساخته شده اند . [20] قدرت فیزیکی کروماتین برای این مرحله از تقسیم حیاتی است تا از آسیب برشی به DNA با جدا شدن کروموزوم های دختر جلوگیری شود. برای به حداکثر رساندن قدرت، ترکیب کروماتین با نزدیک شدن به سانترومر، عمدتاً از طریق آنالوگ های هیستون H1 جایگزین، تغییر می کند. در طول میتوز، اگرچه بیشتر کروماتین به شدت فشرده می شود، مناطق کوچکی وجود دارند که فشرده نیستند. این نواحی اغلب مربوط به نواحی پروموتور ژن هایی هستند که قبل از تشکیل کروماتین در آن نوع سلول فعال بودند. فقدان تراکم این نواحی را نشانه گذاری می نامند ، که یک مکانیسم اپی ژنتیکی است که اعتقاد بر این است که برای انتقال به سلول های دختر مهم است که "حافظه" آن ژن ها قبل از ورود به میتوز فعال بودند. [21] این مکانیسم نشانه گذاری برای کمک به انتقال این حافظه مورد نیاز است زیرا رونویسی در طول میتوز متوقف می شود .

کروماتین و انفجارهای رونویسی

کروماتین و تعامل آن با آنزیم ها مورد تحقیق قرار گرفته است، و نتیجه گیری این است که مرتبط است و یک عامل مهم در بیان ژن است. وینسنت جی آلفری، استاد دانشگاه راکفلر، اظهار داشت که سنتز RNA با استیلاسیون هیستون مرتبط است. [22] اسید آمینه لیزین متصل به انتهای هیستون ها دارای بار مثبت است. استیله شدن این دم ها باعث خنثی شدن انتهای کروماتین می شود و امکان دسترسی به DNA را فراهم می کند.

وقتی کروماتین متراکم می شود، DNA برای ورود ماشین آلات مولکولی باز می شود. نوسانات بین کروماتین باز و بسته ممکن است به عدم تداوم رونویسی یا ترکیدن رونویسی کمک کند . عوامل دیگری نیز احتمالاً دخیل هستند، مانند ارتباط و تفکیک کمپلکس‌های فاکتور رونویسی با کروماتین. به طور خاص، نشان داده شده است که RNA پلیمراز و پروتئین های رونویسی از طریق جداسازی فازی به صورت قطرات جمع می شوند، و مطالعات اخیر نشان داده است که کروماتین 10 نانومتری رفتار مایع مانند را نشان می دهد که هدفمندی DNA ژنومی را افزایش می دهد. [23] فعل و انفعالات بین هیستون های پیوند دهنده و نواحی نامرتب دم به عنوان یک چسب الکترواستاتیک عمل می کند که کروماتین در مقیاس بزرگ را در یک دامنه پویا و مایع مانند سازماندهی می کند. کاهش تراکم کروماتین همراه با افزایش تحرک کروماتین و دسترسی آسان تر رونویسی به DNA است. [2] این پدیده، برخلاف مدل‌های احتمالی ساده رونویسی، می‌تواند دلیل تنوع بالا در بیان ژنی باشد که بین سلول‌ها در جمعیت‌های ایزوژنیک رخ می‌دهد. [24]

سازمان های کروماتین جایگزین

در طی اسپرم زایی متازوئن ها ، کروماتین اسپرماتید به ساختاری با فاصله بیشتر، پهن تر و تقریباً کریستال مانند تبدیل می شود. این فرآیند با توقف رونویسی همراه است و شامل تبادل پروتئین هسته ای می شود . هیستون ها عمدتا جابجا می شوند و با پروتامین ها (پروتئین های کوچک و غنی از آرژنین ) جایگزین می شوند. [25] پیشنهاد شده است که در مخمر، مناطق عاری از هیستون پس از رونویسی بسیار شکننده می شوند. HMO1، یک پروتئین جعبه HMG ، به تثبیت کروماتین بدون نوکلئوزوم کمک می کند. [26] [27]

کروماتین و ترمیم DNA

انواع عوامل داخلی و خارجی می توانند باعث آسیب DNA در سلول ها شوند. عوامل زیادی بر نحوه انتخاب مسیر تعمیر تأثیر می‌گذارند، از جمله فاز چرخه سلولی و بخش کروماتین که در آن شکستگی رخ داده است. از نظر شروع ترمیم DNA انتهایی 5، پروتئین اتصال p53 1 ( 53BP1 ) و BRCA1 اجزای پروتئینی مهمی هستند که بر انتخاب مسیر ترمیم شکستگی دو رشته تأثیر می‌گذارند. کمپلکس 53BP1 در نزدیکی شکسته شدن DNA به کروماتین متصل می شود و عوامل پایین دستی مانند Rap1-Interacting Factor 1 ( RIF1 ) و شیلدین را فعال می کند که از انتهای DNA در برابر تخریب نوکلئولیتیک محافظت می کند. فرآیند آسیب DNA در شرایط کروماتین رخ می دهد و محیط کروماتین دائماً در حال تغییر تأثیر زیادی بر آن دارد. [28] با دسترسی و ترمیم سلول آسیب دیده DNA، ژنوم به کروماتین متراکم می شود و آن را از طریق اصلاح باقی مانده های هیستون ترمیم می کند. از طریق تغییر ساختار کروماتین، بقایای هیستون ها گروه های شیمیایی مانند فسفات، استیل و یک یا چند گروه متیل را اضافه می کنند و این ها بیان ژن سازی توسط پروتئین ها را برای بدست آوردن DNA کنترل می کنند. [29] علاوه بر این، سنتز مجدد ناحیه لذت‌بخش، DNA با پردازش و بازسازی پایه‌های آسیب‌دیده ترمیم می‌شود. به منظور حفظ یکپارچگی ژنومی، "نوترکیبی همولوگ و فرآیند اتصال انتهایی غیر همولوگ کلاسیک" توسط DNA برای ترمیم دنبال شده است. [30]

بسته‌بندی DNA یوکاریوتی در کروماتین، مانعی برای تمام فرآیندهای مبتنی بر DNA است که نیاز به جذب آنزیم‌ها در مکان‌های عمل خود دارند. [31] برای اجازه دادن به فرآیند حیاتی سلولی ترمیم DNA، کروماتین باید بازسازی شود. در یوکاریوت ها، کمپلکس های بازسازی کروماتین وابسته به ATP و آنزیم های اصلاح کننده هیستون دو عامل غالب هستند که برای انجام این فرآیند بازسازی به کار می روند. [32]

شل شدن کروماتین به سرعت در محل آسیب DNA اتفاق می افتد. [33] این فرآیند توسط پروتئین PARP1 آغاز می‌شود که در کمتر از یک ثانیه در آسیب DNA ظاهر می‌شود، با نیمی از حداکثر تجمع در عرض 1.6 ثانیه پس از وقوع آسیب. [34] سپس بازسازی کننده کروماتین Alc1 به سرعت به محصول PARP1 متصل می شود و در عرض 10 ثانیه پس از آسیب رسیدن به آسیب DNA را کامل می کند. [33] حدود نیمی از حداکثر آرامش کروماتین، احتمالاً به دلیل عمل Alc1، در 10 ثانیه رخ می دهد. [33] سپس این اجازه می‌دهد تا آنزیم ترمیم DNA MRE11 را برای شروع ترمیم DNA در عرض 13 ثانیه به کار گیرد. [34]

γH2AX، شکل فسفریله H2AX نیز در مراحل اولیه منجر به تراکم کروماتین پس از وقوع آسیب DNA نقش دارد. نوع هیستونی H2AX حدود 10 درصد از هیستون های H2A در کروماتین انسانی را تشکیل می دهد. [35] γH2AX (H2AX فسفریله شده روی سرین 139) را می توان به محض 20 ثانیه پس از تابش سلول ها (با تشکیل گسستگی دو رشته ای DNA) شناسایی کرد و نیمی از حداکثر تجمع γH2AX در یک دقیقه اتفاق می افتد. [35] وسعت کروماتین با γH2AX فسفریله حدود دو میلیون جفت باز در محل شکستگی دو رشته ای DNA است. [35] γH2AX به خودی خود باعث تراکم زدایی کروماتین نمی شود، اما در عرض 30 ثانیه پس از تابش، پروتئین RNF8 می تواند در ارتباط با γH2AX شناسایی شود. [36] RNF8 واسطه تراکم زدایی گسترده کروماتین، از طریق برهمکنش بعدی آن با CHD4 ، [37] جزء بازسازی نوکلئوزوم و کمپلکس داستیلاز NuRD است .

کروماتین پس از آرام سازی متعاقب آسیب DNA و به دنبال آن ترمیم DNA، پس از حدود 20 دقیقه به حالت تراکم نزدیک به سطح قبل از آسیب خود می رسد. [33]

روش های بررسی کروماتین

میکروسکوپ هسته‌های هتروکروماتیک در مقابل یوکروماتیک (رنگ‌آمیزی H&E).
گرانول " کروماتین نمک و فلفل "، روی رنگ H&E، پاپ و مقایسه با نمک و فلفل واقعی دیده می شود. یافته های آن در میکروسکوپ عمدتاً نشان دهنده کارسینوم مدولاری تیروئید ، تومورهای نورواندوکرین [38] یا فئوکروموسیتوم است . [39]
کاریوگرام شماتیک یک انسان ، نمای کلی ژنوم انسان را با استفاده از باند G نشان می دهد ، که روشی شامل رنگ آمیزی گیمسا است ، که در آن نواحی رنگ آمیزی روشن تر عموماً اکروماتیک تر (و از نظر رونویسی فعال تر) هستند، در حالی که مناطق تیره تر به طور کلی هتروکروماتیک تر هستند .
  1. ChIP-seq (توالی یابی ایمونوپسیت کروماتین) به عنوان روش شناسایی کروماتین بسیار مورد استفاده شناخته شده است که از آنتی بادی هایی استفاده می کند که به طور فعال پروتئین هایی از جمله "هیستون ها، بازسازی هیستون، فاکتورهای تراکنش و کوفاکتور" را انتخاب، شناسایی و ترکیب می کنند. این داده‌ها را در مورد وضعیت کروماتین و تبادل یک ژن با برش دادن «الیگونوکلئوتیدهایی» که محدود نشده‌اند، ارائه می‌دهد. [40] توالی یابی ایمونوپسیت کروماتین با هدف اصلاحات مختلف هیستون ، می تواند برای شناسایی حالت های کروماتین در سراسر ژنوم استفاده شود. تغییرات مختلف به حالت های مختلف کروماتین مرتبط شده است. [41]
  2. DNase-seq (توالی‌یابی سایت‌های بسیار حساس به DNase I) از حساسیت نواحی قابل دسترس در ژنوم به آنزیم DNase I برای نقشه‌برداری مناطق باز یا در دسترس در ژنوم استفاده می‌کند.
  3. FAIRE-seq ( جداسازی توالی عناصر تنظیمی به کمک فرمالدئید ) از خواص شیمیایی DNA متصل به پروتئین در یک روش جداسازی دو فازی برای استخراج مناطق خالی از نوکلئوزوم از ژنوم استفاده می کند. [42]
  4. ATAC-seq (آزمایش توالی‌یابی کروماتین قابل دسترسی قابل انتقال) از ترانسپوزون Tn5 برای ادغام ترانسپوزون‌های (مصنوعی) در نواحی قابل دسترس ژنوم استفاده می‌کند و در نتیجه محلی‌سازی نوکلئوزوم‌ها و فاکتورهای رونویسی را در سراسر ژنوم برجسته می‌کند.
  5. ردپای DNA روشی با هدف شناسایی DNA متصل به پروتئین است. از برچسب‌گذاری و تکه تکه شدن همراه با الکتروفورز ژل برای شناسایی مناطقی از ژنوم که توسط پروتئین‌ها متصل شده‌اند، استفاده می‌کند. [43]
  6. MNase-seq (توالی نوکلئاز میکروکوکی) از آنزیم نوکلئاز میکروکوکی برای شناسایی موقعیت نوکلئوزوم در سراسر ژنوم استفاده می کند. [44] [45]
  7. جذب ترکیب کروموزوم، سازمان فضایی کروماتین را در هسته، با استنباط مکان‌های ژنومی که از نظر فیزیکی برهم‌کنش دارند، تعیین می‌کند.
  8. پروفایل MACC (Micrococcal Nuclease ACCessibility profiles) از سری تیتراسیون هضم های کروماتین با نوکلئاز میکروکوکی برای شناسایی قابلیت دسترسی کروماتین و همچنین نقشه برداری از نوکلئوزوم ها و پروتئین های غیرهیستونی متصل شونده به DNA در هر دو ناحیه باز و بسته ژنوم استفاده می کند. [46]

کروماتین و گره

این یک معما بوده است که چگونه کروموزوم های اینترفاز متراکم شده اساساً بدون گره باقی می مانند. انتظار طبیعی این است که در حضور توپوایزومرازهای DNA نوع II که اجازه عبور نواحی DNA دو رشته ای از یکدیگر را می دهند، همه کروموزوم ها باید به حالت تعادل توپولوژیکی برسند. تعادل توپولوژیکی در کروموزوم‌های بین فازی بسیار شلوغ که قلمروهای کروموزومی را تشکیل می‌دهند، منجر به تشکیل الیاف کروماتین بسیار گره‌دار می‌شود. با این حال، روش‌های جذب ترکیب کروموزومی (3C) نشان داد که فروپاشی تماس‌ها با فاصله ژنومی در کروموزوم‌های بین فازی عملاً مشابه حالت کروی مچاله شده است که وقتی پلیمرهای بلند متراکم می‌شوند بدون ایجاد گرهی تشکیل می‌شوند. برای حذف گره ها از کروماتین بسیار شلوغ، نیاز به یک فرآیند فعال است که نه تنها انرژی لازم برای حرکت سیستم را از حالت تعادل توپولوژیکی فراهم می کند، بلکه مسیرهای با واسطه توپوایزومراز را به گونه ای هدایت می کند که گره ها به جای گره زدن به طور موثر باز شوند. گره ها را حتی پیچیده تر می کند. نشان داده شده است که فرآیند اکستروژن حلقه کروماتین به طور ایده آل برای بازکردن فعال الیاف کروماتین در کروموزوم های بین فازی مناسب است. [47]

کروماتین: تعاریف جایگزین

این اصطلاح که توسط والتر فلمینگ معرفی شد معانی متعددی دارد:

  1. تعریف ساده و مختصر: کروماتین یک کمپلکس ماکرومولکولی از ماکرومولکول DNA و درشت مولکول های پروتئین (و RNA) است. پروتئین ها DNA را بسته بندی و مرتب می کنند و عملکرد آن را در هسته سلول کنترل می کنند.
  2. تعریف عملیاتی بیوشیمیست ها: کروماتین کمپلکس DNA/پروتئین/RNA است که از هسته های بین فاز لیز شده یوکاریوتی استخراج می شود. اینکه کدام یک از مواد متعدد موجود در یک هسته بخشی از مواد استخراج شده را تشکیل می دهد تا حدی به تکنیکی که هر محقق استفاده می کند بستگی دارد. علاوه بر این، ترکیب و خواص کروماتین از یک نوع سلول به نوع دیگر، در طول رشد یک نوع سلول خاص، و در مراحل مختلف چرخه سلولی متفاوت است.
  3. تعریف DNA + هیستون = کروماتین: مارپیچ دوگانه DNA در هسته سلول توسط پروتئین های خاصی به نام هیستون بسته بندی می شود. کمپلکس پروتئین/DNA تشکیل شده کروماتین نامیده می شود. واحد ساختاری اصلی کروماتین نوکلئوزوم است.

تعریف اول اجازه می دهد تا "کروماتین ها" در سایر حوزه های زندگی مانند باکتری ها و باستانی ها، با استفاده از هر پروتئین متصل شونده به DNA که مولکول را متراکم می کند، تعریف شود . این پروتئین ها معمولاً به پروتئین های مرتبط با نوکلوئید (NAPs) اشاره می کنند. نمونه‌ها شامل AsnC/LrpC با HU است. علاوه بر این، برخی از باستان‌ها نوکلئوزوم‌هایی را از پروتئین‌های همولوگ به هیستون‌های یوکاریوتی تولید می‌کنند. [48]

بازسازی کروماتین:

بازسازی کروماتین می تواند ناشی از اصلاح کووالانسی هیستون ها باشد که به طور فیزیکی نوکلئوزوم ها را بازسازی، حرکت یا حذف می کنند. [49] مطالعات Sanosaka و همکاران. 2022، می گوید که بازسازی کننده کروماتین CHD7 بیان ژن خاص نوع سلولی را در سلول های تاج عصبی انسان تنظیم می کند. [50]

همچنین ببینید

یادداشت ها

  1. اگرچه به طور قطعی وجود آن در شرایط آزمایشگاهی ثابت شده است، اما فیبر 30 نانومتری در مطالعات اخیر اشعه ایکس روی کروموزوم‌های میتوزی انسانی دیده نشد. [3]

مراجع

  1. ↑ دوشنبه، تانموی (ژوئیه 2010). "ویژگی محتوای RNA کروماتین". ژنوم Res . 20 (7): 899-907. doi :10.1101/gr.103473.109. PMC  2892091 . PMID  20404130.
  2. ^ abcd Maeshima, K., Ide, S., & Babokhov, M. (2019). سازماندهی دینامیک کروماتین بدون فیبر 30 نانومتری. نظر فعلی در زیست شناسی سلولی، 58، 95-104. https://doi.org/10.1016/j.ceb.2019.02.003
  3. ↑ هانسن، جفری (مارس 2012). "ساختار کروموزوم میتوزی انسانی: چه اتفاقی برای فیبر 30 نانومتری افتاد؟" مجله EMBO . 31 (7): 1621-1623. doi :10.1038/emboj.2012.66. PMC 3321215 . PMID  22415369. 
  4. ^ Dame, RT (مه 2005). "نقش پروتئین های مرتبط با نوکلوئید در سازماندهی و فشرده سازی کروماتین باکتریایی". میکروبیولوژی مولکولی . 56 (4): 858-870. doi :10.1111/j.1365-2958.2005.04598.x. PMID  15853876. S2CID  26965112.
  5. ↑ Shogren-Knaak، M.، Ishii، H.، Sun، JM، Pazin، MJ، Davie، JR، و Peterson، CL (2006). استیلاسیون هیستون H4-K16 ساختار کروماتین و تعاملات پروتئین را کنترل می کند. علم، 311 (5762)، 844-847. https://doi.org/10.1126/science.1124000
  6. ↑ Bernstein BE، Mikkelsen TS، Xie X، Kamal M، Huebert DJ، Cuff J، Fry B، Meissner A، Wernig M، Plath K، Jaenisch R، Wagschal A، Feil R، Schreiber SL، Lander ES (آوریل 2006). "ساختار کروماتین دو ظرفیتی ژن های کلیدی رشد را در سلول های بنیادی جنینی نشان می دهد." سلول . 125 (2): 315-26. doi : 10.1016/j.cell.2006.02.041 . ISSN  0092-8674. PMID  16630819. S2CID  9993008.
  7. ↑ پورتوسو ام، کاوالی جی (2008). "نقش RNAi و RNA های غیر کد کننده در کنترل بیان ژن و برنامه ریزی ژنومی با واسطه Polycomb". RNA و تنظیم بیان ژن: لایه پنهان پیچیدگی . انتشارات آکادمیک کایستر. شابک 978-1-904455-25-7.
  8. ↑ نیدل، استفان (ژانویه ۲۰۲۱). فراتر از مارپیچ دوگانه: تنوع ساختاری DNA و PDB. مجله شیمی بیولوژیکی . 296 : 100553. doi : 10.1016/j.jbc.2021.100553 . PMC 8063756 . PMID  33744292. 
  9. ^ مینچین، استیو؛ لاج، جولیا (16-10-2019). "درک بیوشیمی: ساختار و عملکرد اسیدهای نوکلئیک". مقالاتی در بیوشیمی . 63 (4): 433-456. doi :10.1042/EBC20180038. ISSN  0071-1365. PMC 6822018 . PMID  31652314. 
  10. ↑ Annunziato، Anthony T. "بسته بندی DNA: نوکلئوزوم ها و کروماتین". Scitable . آموزش طبیعت . بازیابی 2015-10-29 .
  11. ^ رابینسون دی جی; Fairall L; Huynh VA; رودز دی (آوریل 2006). اندازه‌گیری‌های EM ابعاد فیبر کروماتین 30 نانومتری را مشخص می‌کند: شواهدی برای ساختار فشرده و درهم‌پیچیده‌ای. مجموعه مقالات آکادمی ملی علوم ایالات متحده آمریکا . 103 (17): 6506-11. Bibcode :2006PNAS..103.6506R. doi : 10.1073/pnas.0601212103 . PMC 1436021 . PMID  16617109. 
  12. ↑ وونگ اچ، ویکتور جی ام، موزیکوناچی جی (سپتامبر 2007). چن پی (ویرایش). "یک مدل تمام اتمی از فیبر کروماتین حاوی هیستون های پیوند دهنده ساختار همه کاره تنظیم شده توسط طول تکرار نوکلئوزومی را نشان می دهد". PLoS ONE . 2 (9): e877. Bibcode :2007PLoSO...2..877W. doi : 10.1371/journal.pone.0000877 . PMC 1963316 . PMID  17849006.  باز کردن نماد دسترسی
  13. ↑ abc Fudenberg G, Abdennur N, Imakaev M, Goloborodko A, Mirny LA (2017). "شواهد در حال ظهور از چین خوردگی کروموزوم توسط اکستروژن حلقه". سمپوزیوم کلد اسپرینگ هاربر در زیست شناسی کمی . 82 : 45-55. doi :10.1101/sqb.2017.82.034710. PMC 6512960 . PMID  29728444. 
  14. ↑ Kadauke S، Blobel GA (2009). "حلقه های کروماتین در تنظیم ژن". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - مکانیسم های تنظیم کننده ژن . 1789 (1): 17-25. doi :10.1016/j.bbagrm.2008.07.002. PMC 2638769 . PMID  18675948. 
  15. ↑ Oh HJ، Aguilar R، Kesner B، Lee HG، Kriz AJ، Chu HP، Lee JT (2021). Jpx RNA انتخاب محل لنگر CTCF و تشکیل حلقه های کروموزوم را تنظیم می کند. سلول . 184 (25): 6157-6173. doi :10.1016/j.cell.2021.11.012. ISSN  0092-8674. PMC 8671370 . PMID  34856126. 
  16. ↑ نیکودمی ام، پومبو A (ژوئن 2014). "مدل های ساختار کروموزوم" (PDF) . Curr. نظر. سلول بیول . 28 : 90-5. doi :10.1016/j.ceb.2014.04.004. PMID  24804566. بایگانی شده (PDF) از نسخه اصلی در 2017-09-21.
  17. ↑ Nicodemi M، Panning B، Prisco A (مه 2008). "یک سوئیچ ترمودینامیکی برای کولوکالیزاسیون کروموزوم". ژنتیک . 179 (1): 717-21. arXiv : 0809.4788 . doi :10.1534/genetics.107.083154. PMC 2390650 . PMID  18493085. 
  18. ↑ Bohn M، Heermann DW (2010). "حلقه انتشار محور یک چارچوب سازگار برای سازماندهی کروماتین فراهم می کند". PLOS ONE . 5 (8): e12218. Bibcode :2010PLoSO...512218B. doi : 10.1371/journal.pone.0012218 . PMC 2928267 . PMID  20811620. 
  19. ↑ لودیش، هاروی اف (2016). زیست شناسی سلولی مولکولی (ویرایش هشتم). نیویورک: WH Freeman and Company. ص 339. شابک 978-1-4641-8339-3.
  20. ^ پونپرم، آر. تاکاتا، H; هامانو، تی. ماتسودا، ا. اوچیاما، اس. هیرائوکا، Y; فوکوی، ک (1 ژوئیه 2015). "داربست کروموزومی مجموعه ای دو رشته ای از پروتئین های داربست است". گزارش های علمی 5 : 11916. Bibcode :2015NatSR...511916P. doi :10.1038/srep11916. PMC 4487240 . PMID  26132639. 
  21. ^ Xing H، Vanderford NL، Sarge KD (نوامبر 2008). "کمپلکس میتوزی TBP-PP2A با جلوگیری از عمل کندانسین، ژن ها را نشانک می کند". نات سلول بیول . 10 (11): 1318-23. doi :10.1038/ncb1790. PMC 2577711 . PMID  18931662. 
  22. ↑ آلفری وی جی، فاکنر آر، میرسکی AE (مه ​​1964). "استیلاسیون و متیلاسیون هیستون ها و نقش احتمالی آنها در تنظیم سنتز RNA". Proc. Natl. آکادمی علمی ایالات متحده آمریکا 51 (5): 786-94. Bibcode :1964PNAS...51..786A. doi : 10.1073/pnas.51.5.786 . PMC 300163 . PMID  14172992. 
  23. ↑ Maeshima، K.، Ide، S.، Hibino، K.، & Sasai، M. (2016). رفتار مایع مانند کروماتین نظر فعلی در ژنتیک و توسعه، 37، 36-45. https://doi.org/10.1016/j.gde.2015.11.006
  24. ↑ Kaochar S، Tu BP (نوامبر 2012). "دروازه بان کروماتین: متابولیت های کوچک باعث ایجاد تغییرات بزرگ در بیان ژن می شوند". Trends Biochem. علمی . 37 (11): 477-83. doi :10.1016/j.tibs.2012.07.008. PMC 3482309 . PMID  22944281. 
  25. ↑ De Vries M، Ramos L، Housein Z، De Boer P (مه 2012). "شروع بازسازی کروماتین در طی اسپرم زایی انسان". Biol Open 1 (5): 446-57. doi :10.1242/bio.2012844. PMC 3507207 . PMID  23213436. 
  26. ↑ Murugesapillai D، McCauley MJ، Huo R، Nelson Holte MH، Stepanyants A، Maher LJ، Israeloff NE، Williams MC (اوت 2014). پل زدن و حلقه زدن DNA توسط HMO1 مکانیسمی برای تثبیت کروماتین بدون نوکلئوزوم فراهم می کند. تحقیقات اسیدهای نوکلئیک 42 (14): 8996-9004. doi :10.1093/nar/gku635. PMC 4132745 . PMID  25063301. 
  27. ↑ Murugesapillai D، McCauley MJ، Maher LJ، Williams MC (فوریه 2017). "مطالعات تک مولکولی پروتئین های خمشی DNA معماری گروه B با تحرک بالا". بررسی های بیوفیزیکی 9 (1): 17-40. doi :10.1007/s12551-016-0236-4. PMC 5331113 . PMID  28303166. 
  28. ^ الکساندروف، رادوسلاو؛ هریستوا، روسیسا؛ استینوف، استوینو؛ گوسپودینوف، آناستاس (07-08-2020). "واکنش کروماتین به شکستگی های DNA دو رشته ای و ترمیم آنها". سلول ها 9 (8): 1853. doi : 10.3390/cells9081853 . ISSN  2073-4409. PMC 7464352 . PMID  32784607. 
  29. ↑ مینه حطاب، جودیت؛ چیولو، ایرنه (27-08-2020). "حرکات پیچیده کروماتین برای ترمیم DNA". مرزها در ژنتیک 11 : 800. doi : 10.3389/fgene.2020.00800 . ISSN  1664-8021. PMC 7481375 . PMID  33061931. 
  30. ^ لم، نوآ؛ راجرز، ساموئل؛ سزار، آنتونی جی. (اکتبر 2021). "تحرک کروماتین و جابجایی در ترمیم DNA". روند در زیست شناسی سلولی . 31 (10): 843-855. doi : 10.1016/j.tcb.2021.06.002 . ISSN  0962-8924. PMID  34183232. S2CID  235672793.
  31. ^ تروتر، کوین دبلیو. Archer، Trevor K. (2012)، مورس، Randall H. (ویرایش)، "Assaying Chromatin Structure and Remodeling by Restriction Enzyme Accessibility"، Chromatin Remodeling , Methods in Molecular Biology, vol. 833, Totowa, NJ: Humana Press, pp. 89–102, doi :10.1007/978-1-61779-477-3_6, ISBN 978-1-61779-476-6, PMC  3607496 , PMID  22183589
  32. ↑ لیو بی، ییپ آر.کی، ژو زد (2012). "بازسازی کروماتین، ترمیم آسیب DNA و پیری". کر. ژنومیک . 13 (7): 533-47. doi :10.2174/138920212803251373. PMC 3468886 . PMID  23633913. 
  33. ^ abcd Sellou H، Lebeaupin T، Chapuis C، Smith R، Hegele A، Singh HR، Kozlowski M، Bultmann S، Ladurner AG، Timinszky G، Huet S (2016). بازسازی کننده کروماتین وابسته به پلی (ADP-ribose) Alc1 باعث ایجاد آرامش موضعی کروماتین در هنگام آسیب DNA می شود. مول. Biol. سلول . 27 (24): 3791-3799. doi :10.1091/mbc.E16-05-0269. PMC 5170603 . PMID  27733626. 
  34. ^ ab Haince JF، McDonald D، Rodrigue A، Déry U، Masson JY، Hendzel MJ، Poirier GG (2008). "سینتیک وابسته به PARP1 استخدام پروتئین‌های MRE11 و NBS1 در چندین محل آسیب DNA". جی بیول. شیمی . 283 (2): 1197-208. doi : 10.1074/jbc.M706734200 . PMID  18025084.
  35. ^ abc Rogakou EP، Pilch DR، Orr AH، Ivanova VS، Bonner WM (1998). شکستگی های دو رشته ای DNA باعث فسفوریلاسیون هیستون H2AX روی سرین 139 می شود. جی بیول. شیمی . 273 (10): 5858-68. doi : 10.1074/jbc.273.10.5858 . PMID  9488723.
  36. ^ Mailand N، Bekker-Jensen S، Faustrup H، Melander F، Bartek J، Lukas C، Lukas J (2007). "RNF8 هیستون ها را در شکستگی های دو رشته ای DNA ubiquitylate می کند و به مونتاژ پروتئین های ترمیم کمک می کند." سلول . 131 (5): 887-900. doi : 10.1016/j.cell.2007.09.040 . PMID  18001824. S2CID  14232192.
  37. ↑ Luijsterburg MS، Acs K، Ackermann L، Wiegant WW، Bekker-Jensen S، Larsen DH، Khanna KK، van Attikum H، Mailand N، Dantuma NP (2012). "نقش غیر کاتالیزوری جدید یوبیکوئیتین لیگاز RNF8 در آشکارسازی ساختار کروماتین مرتبه بالاتر". EMBO J. 31 (11): 2511-27. doi :10.1038/emboj.2012.104. PMC 3365417 . PMID  22531782. 
  38. ↑ Van Buren G، Rashid A، Yang AD، و همکاران. (اوت 2007). "توسعه و توصیف یک رده سلولی کارسینوئید روده میانی انسان". کلین سرطان Res . 13 (16): 4704-12. doi : 10.1158/1078-0432.CCR-06-2723 . PMID  17699847.
  39. ↑ Shidham VB، Galindo LM (1999). "فئوکروموسیتوم. یافته های سیتولوژیک در اسکریپ اسمیر حین عمل در پنج مورد". Acta Cytol . 43 (2): 207-13. doi :10.1159/000330978. PMID  10097711. S2CID  232277473.
  40. ^ کوچک، الیزا سی. ماریانسکی، دانیل ن. رودریگز، کلی ال. هاروی، کوین جی. کیوگ، مایکل سی. جانستون، آندریا ال. (2021)، پوش، آنتون (ویرایش)، "رسوب ایمنی کروماتین (ChIP) برای مطالعه برهمکنش های DNA- پروتئین"، پروفایل پروتئومی ، روش ها در بیولوژی مولکولی، جلد. 2261، نیویورک، نیویورک: Springer US، صفحات 323–343، doi :10.1007/978-1-0716-1186-9_20، ISBN 978-1-0716-1185-2, PMID  33420999, S2CID  231304041 , بازیابی شده 2022-10-24
  41. ^ روسی، ام جی؛ کونتالا، پی کی. لای، WKM؛ و همکاران (10 مارس 2021). "معماری پروتئین با وضوح بالا ژنوم مخمر جوانه زده". طبیعت . 592 (7853): 309-314. Bibcode :2021Natur.592..309R. doi :10.1038/s41586-021-03314-8. PMC 8035251 . PMID  33692541. 
  42. ^ گیرسی، پل جی. کیم، جونگوان؛ مک دانیل، رایان ام. ایر، ویشوانات آر. لیب، جیسون دی (2007-06-01). FAIRE (جداسازی عناصر تنظیمی به کمک فرمالدئید) عناصر تنظیم کننده فعال را از کروماتین انسانی جدا می کند. تحقیقات ژنومی 17 (6): 877-885. doi :10.1101/gr.5533506. ISSN  1088-9051. PMC 1891346 . PMID  17179217. 
  43. ^ گالاس، دی جی؛ اشمیتز، A. (1978-09-01). ردپای DNAse: روشی ساده برای تشخیص ویژگی اتصال پروتئین به DNA. تحقیقات اسیدهای نوکلئیک 5 (9): 3157-3170. doi :10.1093/nar/5.9.3157. ISSN  0305-1048. PMC 342238 . PMID  212715. 
  44. ^ کوی، کایرونگ؛ ژائو، کجی (2012-01-01). "رویکردهای گسترده ژنوم برای تعیین اشغال نوکلئوزوم در متازوئن ها با استفاده از MNase-Seq". بازسازی کروماتین روش ها در زیست شناسی مولکولی. جلد 833. صص 413-419. doi :10.1007/978-1-61779-477-3_24. شابک 978-1-61779-476-6. ISSN  1940-6029. PMC  3541821 . PMID  22183607.
  45. ↑ بوئنروسترو، جیسون دی. گیرسی، پل جی. زابا، لیزا سی. چانگ، هوارد ی. گرین لیف، ویلیام جی (2013-12-01). "تبدیل کروماتین بومی برای پروفایل اپی ژنومیک سریع و حساس کروماتین باز، پروتئین های متصل به DNA و موقعیت نوکلئوزومی". روش های طبیعت . 10 (12): 1213-1218. doi :10.1038/nmeth.2688. ISSN  1548-7105. PMC 3959825 . PMID  24097267. 
  46. ↑ Mieczkowski J، Cook A، Bowman SK، Mueller B، Alver BH، Kundu S، Deaton AM، Urban JA، Larschan E، Park PJ، Kingston RE، Tolstorukov MY (06-05-2016). تیتراسیون MNase تفاوت بین اشغال نوکلئوزوم و دسترسی کروماتین را نشان می دهد. ارتباطات طبیعت . 7 : 11485. Bibcode :2016NatCo...711485M. doi : 10.1038/ncomms11485. PMC 4859066 . PMID  27151365. 
  47. ↑ Racko D، Benedetti F، Goundaroulis D، Stasiak A (2018). "اکستروژن حلقه کروماتین و گره زدایی کروماتین". پلیمرها​ 10 (10): 1126-1137. doi : 10.3390/polym10101126 . PMC 6403842 . PMID  30961051. 
  48. ↑ لویستربورگ، مارتین اس. وایت، مالکوم اف. ون دریل، رول؛ دام، رموس تی. (8 ژانویه 2009). "معماران اصلی کروماتین: پروتئین های معماری در باکتری ها، باستانی ها و یوکاریوت ها". بررسی های انتقادی در بیوشیمی و زیست شناسی مولکولی . 43 (6): 393-418. doi :10.1080/10409230802528488. PMID  19037758. S2CID  85874882.
  49. ↑ "بازسازی کروماتین - آخرین تحقیقات و اخبار | طبیعت". www.nature.com . بازیابی شده در 07-01-2023 .
  50. ↑ سانوساکا، تسوکاسا؛ اوکونو، هیرونوبو؛ میزوتا، نوریکو؛ آندو-نودا، توموکو؛ ساتو، میکی؛ توموکا، ریو؛ بانو، ساتوئه؛ Kohyama, Jun; اوکانو، هیدیوکی (2022-12-31). بازسازی کننده کروماتین CHD7 ناحیه تقویت کننده فعال را برای تنظیم بیان ژن خاص نوع سلول در سلول های تاج عصبی انسان هدف قرار می دهد. گزارش های علمی 12 (1): 22648. Bibcode :2022NatSR..1222648S. doi :10.1038/s41598-022-27293-6. ISSN  2045-2322. PMC 9805427 . PMID  36587182. 

منابع اضافی

لینک های خارجی