PubMed Central ( PMC ) یک مخزن دیجیتال رایگان است که مقالات علمی با دسترسی آزاد را که در مجلات زیست پزشکی و علوم زیستی منتشر شده اند بایگانی می کند . PubMed Central بهعنوان یکی از پایگاههای تحقیقاتی اصلی توسعهیافته توسط مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی (NCBI)، چیزی بیش از یک مخزن اسناد است. موارد ارسالی به PMC برای فرادادههای پیشرفته، هستیشناسی پزشکی و شناسههای منحصربهفرد فهرستبندی و قالببندی میشوند که دادههای ساختار یافته XML را برای هر مقاله غنی میکنند. [1] محتوای موجود در PMC را میتوان به سایر پایگاههای داده NCBI پیوند داد و از طریق سیستمهای جستجو و بازیابی Entrez به آنها دسترسی پیدا کرد ، و توانایی عمومی برای کشف، خواندن و ایجاد دانش زیستپزشکی را بیشتر افزایش میدهد. [2]
PubMed Central از PubMed متمایز است . [3] PubMed Central یک آرشیو دیجیتالی رایگان از مقالات کامل است که برای هر کسی از هر کجا از طریق یک مرورگر وب (با شرایط مختلف برای استفاده مجدد) قابل دسترسی است. برعکس، اگرچه PubMed یک پایگاه داده قابل جستجو از نقلقولها و خلاصههای زیستپزشکی است، مقاله متن کامل در جای دیگری (به صورت چاپی یا آنلاین، رایگان یا پشت دیوار پرداخت مشترکین ) قرار دارد.
از دسامبر 2018 [به روز رسانی]، بایگانی PMC حاوی بیش از 5.2 میلیون مقاله بود، [4] با مشارکت ناشران یا نویسندگانی که نسخههای خطی خود را طبق خطمشی دسترسی عمومی NIH به مخزن سپردهاند . داده های قبلی نشان می دهد که از ژانویه 2013 تا ژانویه 2014 سپرده های ایجاد شده توسط نویسنده از 103000 مقاله در یک دوره 12 ماهه فراتر رفته است. [5] PMC حدود 4000 ژورنال را شناسایی میکند که در برخی ظرفیتها شرکت میکنند تا محتوای منتشر شده خود را به مخزن PMC بسپارند. [6] برخی از ناشران انتشار مقالات خود در PubMed Central را برای مدت زمان مشخصی پس از انتشار به تعویق می اندازند، که به عنوان "دوره تحریم" نامیده می شود، که بسته به مجله از چند ماه تا چند سال متغیر است. (تحریم های شش تا دوازده ماهه رایج ترین هستند.) PubMed Central یک مثال کلیدی از "توزیع خارجی سیستماتیک توسط یک شخص ثالث" است، [7] که هنوز با توافق های مشارکت کننده بسیاری از ناشران ممنوع است.
PubMed Central با نام E-biomed آغاز شد که ابتدا در می 1999 توسط هارولد وارموس ، مدیر وقت NIH پیشنهاد شد . [8] این ایده "به طور ناگهانی" در دسامبر 1998 به ذهنش رسید، با الهام از استفاده اولیه از arXiv برای پیش چاپ پس از ارائه توسط پت براون از استانفورد و دیوید لیپمن ، مدیر NCBI : [9] [10]
اما یک روز صبح در دسامبر 1998، زمانی که پت براون را برای قهوه، در کافهای که قبلاً نانوایی معروف تاساجارا، در گوشه کول و پارناسوس، در حین بازدید از سانفرانسیسکو، در گوشهای از کول و پارناسوس بود، برای قهوه ملاقات کردم، دیدگاههای من ناگهان گسترش یافت. [...] چند هفته قبل از قهوه ما، پت در مورد روشهایی که فیزیکدان پل گینسپارگ و همکارانش در لوس آلاموس استفاده میکردند، آموخته بود تا به فیزیکدانان و ریاضیدانان اجازه دهد تا کار خود را از طریق اینترنت با یکدیگر به اشتراک بگذارند. آنها «پیشچاپ» (مقالاتی که هنوز ارسال نشده یا برای انتشار پذیرفته نشدهاند) در یک وبسایت در دسترس عموم (به نام LanX یا arXiv) ارسال میکردند تا هر کسی بتواند آن را بخواند و نقد کند. [...] هر چه بیشتر به این موضوع فکر می کردم، بیشتر متقاعد می شدم که تغییر ساختار ریشه ای روش های انتشار، انتقال، ذخیره و استفاده از گزارش های تحقیقاتی زیست پزشکی ممکن و مفید باشد. با روحیه اشتیاق و بی گناهی سیاسی، من یک مانیفست طولانی نوشتم و پیشنهاد ایجاد یک سیستم آنلاین تحت حمایت NIH به نام E-biomed را دادم.
هدف E-biomed فراهم کردن دسترسی رایگان به تمام تحقیقات زیست پزشکی بود. مقالات ارسال شده به E-biomed میتوانند یکی از دو مسیر را طی کنند: یا فوراً بهعنوان پیشچاپ منتشر میشوند یا از طریق یک فرآیند سنتی بررسی همتایان . فرآیند بررسی همتا شبیه مجلات همپوشانی معاصر بود ، با یک هیئت تحریریه خارجی که کنترل فرآیند بررسی، سرپرستی، و فهرست بندی مقالات را حفظ می کرد که در غیر این صورت آزادانه در سرور مرکزی E-biomed قابل دسترسی بودند. وارموس قصد داشت امکانات جدید ارائه شده را از طریق ارتباط دیجیتالی نتایج علمی، تصور مکالمه مداوم در مورد کارهای منتشر شده، اسناد نسخهسازیشده، و قالبهای "لایهای" غنیشده که امکان سطوح مختلف جزئیات را فراهم میکند، تحقق بخشد. [8]
پیشنهاد ایجاد یک شاخص مرکزی تحقیقات زیست پزشکی یک انحراف اساسی از هنجارهای رایج انتشار بود. قبل از اینترنت، نمایههای انتشارات عمدتاً مانند شابکها عمل میکردند : توسط آژانسهای ثبت به ناشران ثانویه اختصاص داده میشد. این ایده که هر کسی می تواند فضای آدرس خود را از طریق یک نام دامنه داشته باشد و سیستم نمایه سازی خود را ایجاد کند یک ایده کاملاً جدید بود. [11] [12] ناشران بزرگ تجاری آزمایش یک سیستم نمایه سازی برای مقالات علمی را که در بین ناشران به اشتراک گذاشته شده بود در اوایل سال 1993 آغاز کرده بودند، و پس از پیشنهاد E-biomed تشویق به فعالیت شدند. در اکتبر 1999 کنفرانس سالانه STM فرانکفورت، چندین ناشر به رهبری Springer-Verlag به اجماع عجولانه اتاق کنفرانس برای راه اندازی نمونه اولیه رقیب خود رسیدند: [13]
در جلسه هیئت مدیره انجمن STM که بعد از ظهر روز دوشنبه، 11 اکتبر، قبل از افتتاحیه نمایشگاه در چهارشنبه برگزار شد، بحث بر روی یک ابتکار نوظهور کتابخانه ملی پزشکی ایالات متحده (NLM) به نام E-Biomed (بعدها PubMed Central) متمرکز شد. در بهار 1999 توسط هارولد وارموس از مؤسسه ملی بهداشت پیشنهاد شد. وارموس آرشیو دیجیتالی مجلات را در نظر گرفت که به صورت رایگان و با ارزش افزوده پیوند مرجع قابل دسترسی باشد. باب کمپبل، که ریاست جلسه را برعهده داشت، گفت: توافق ما این بود که ناشران باید کسانی باشند که پیوند را انجام دهند. "از آنجایی که به اصطلاح "بالاتر از جریان" بودیم، باید بتوانیم مقالات خود را قبل از NLM به عنوان بخشی از فرآیند تولید آنها پیوند دهیم. سپس استفان فون هولتزبرینک با پیشنهاد پیوند نشریات Nature، توپ را تنظیم کرد. با هر کس دیگری ما تصمیم گرفتیم که یک ابتکار ارتباط با مرجع گسترده STM را صادر کنیم، البته این فقط یک حرکت استراتژیک بود، زیرا ما نه طرحی داشتیم و نه نمونه اولیه.
گروه کوچکی به رهبری آرنود د کمپ از اسپرینگر-ورلاگ بلافاصله پس از جلسه هیئت مدیره در اتاق مجاور گرد هم آمدند تا پیش نویس اعلامیه را که روز بعد برای همه شرکت کنندگان در جلسه سالانه STM توزیع شد و در یک نشریه عضویت STM منتشر شد. [...] مزیت بالقوه این سرویس که تبدیل به CrossRef می شد بلافاصله آشکار شد. سازمان هایی مانند AIP و IOP (موسسه فیزیک) شروع به پیوند با نشریات یکدیگر کرده بودند و عدم امکان تکرار چنین ترتیبات یکباره در سراسر صنعت آشکار بود. همانطور که تیم اینگولدزبی بعداً بیان کرد، "همه آن توافق نامه های پیوند دهنده قرار بود ما را بکشند."
تحت فشار لابیهای شدید ناشران تجاری و انجمنهای علمی که از سودهای از دست رفته میترسیدند، [14] مقامات NIH پیشنهاد تجدیدنظر شده PubMed Central را در اوت 1999 اعلام کردند . بیومد. به نشریات اجازه داده شد تا سقف یک سال با محدودیت زمانی مواجه شوند . PMC فقط اجازه کار بررسی شده را می دهد - بدون پیش چاپ. [15] سیستم پیوندی که در آن زمان ناشر هدایت می شد، مدت کوتاهی پس از آن به CrossRef و سیستم DOI بزرگتر تبدیل شد . وارموس، براون و دیگران از جمله مایکل آیزن در سال 2001 کتابخانه عمومی علوم ( PLoS ) را تأسیس کردند و به این نتیجه رسیدند که «اگر واقعاً میخواهیم انتشارات تحقیقات علمی را تغییر دهیم، باید انتشار را خودمان انجام دهیم». [16]
این مخزن که در فوریه 2000 راه اندازی شد، به سرعت رشد کرد زیرا خط مشی دسترسی عمومی NIH به گونه ای طراحی شده است که تمام تحقیقاتی را که توسط مؤسسه ملی بهداشت (NIH) تأمین مالی می شود، به طور رایگان برای همه در دسترس قرار دهد، و علاوه بر این، بسیاری از ناشران با NIH همکاری می کنند. دسترسی رایگان به آثار خود را فراهم کنند. [ نیاز به نقل از ] در اواخر سال 2007، قانون تخصیص تلفیقی سال 2008 (HR 2764) به قانون امضا شد و شامل مقرراتی شد که NIH را ملزم میکرد تا خطمشیهای خود را اصلاح کند و کپیهای الکترونیکی کامل تحقیقات و یافتههای خود را در PubMed Central گنجاند. از تحقیقات با بودجه NIH. این مقالات باید ظرف 12 ماه پس از انتشار درج شوند. این اولین باری است که دولت ایالات متحده یک آژانس را ملزم می کند تا دسترسی آزاد به تحقیقات را فراهم کند و تحولی است از سیاست سال 2005، که در آن NIH از محققان خواسته بود تا تحقیقات خود را داوطلبانه به PubMed Central اضافه کنند. [17]
یک نسخه بریتانیایی از سیستم مرکزی PubMed، UK PubMed Central (UKPMC) ، توسط Wellcome Trust و British Library به عنوان بخشی از یک گروه 9 نفره از سرمایهگذاران تحقیقاتی بریتانیا توسعه یافته است . این سیستم در ژانویه 2007 فعال شد. در 1 نوامبر 2012، اروپا PubMed Central شد . عضو کانادایی شبکه بین المللی PubMed Central، PubMed Central Canada ، در اکتبر 2009 راه اندازی شد.
زبان نشانه گذاری مقاله مجلات کتابخانه ملی پزشکی "NLM Journal Publishing Tag Set" به صورت رایگان در دسترس است. [18] انجمن ناشران جامعه آموخته و حرفه ای اظهار می دارد که "احتمالاً به استانداردی برای تهیه محتوای علمی برای کتاب ها و مجلات تبدیل می شود". [19] یک DTD مرتبط برای کتاب ها موجود است. [20] کتابخانه کنگره و کتابخانه بریتانیا حمایت خود را از NLM DTD اعلام کرده اند. [21] همچنین در میان ارائه دهندگان خدمات مجلات محبوب بوده است. [22]
با انتشار طرحهای دسترسی عمومی برای بسیاری از آژانسهای فراتر از NIH، PMC در حال تبدیل شدن به مخزن برای انواع گستردهتری از مقالات است. [23] این شامل محتوای ناسا با نام تجاری PubSpace است. [24] [25]
مقالات توسط ناشران به صورت XML یا SGML به PubMed Central ارسال می شوند و با استفاده از انواع DTD مقالات . ناشران قدیمی و بزرگتر ممکن است DTDهای داخلی خود را داشته باشند، اما بسیاری از ناشران از NLM Journal Publishing DTD استفاده می کنند (به بالا مراجعه کنید).
مقالات دریافتی از طریق XSLT به NLM Archiving and Interchange DTD بسیار مشابه تبدیل می شوند. این فرآیند ممکن است خطاهایی را نشان دهد که برای اصلاح به ناشر گزارش میشوند. گرافیک ها نیز به فرمت ها و اندازه های استاندارد تبدیل می شوند. فرم های اصلی و تبدیل شده بایگانی می شوند. فرم تبدیل شده به یک پایگاه داده رابطه ای، همراه با فایل های مرتبط برای گرافیک، چند رسانه ای یا سایر داده های مرتبط منتقل می شود. بسیاری از ناشران نیز PDF مقالات خود را ارائه می دهند و این مقالات بدون تغییر در دسترس هستند. [26]
استنادهای کتابشناختی تجزیه می شوند و به طور خودکار به چکیده های مربوطه در PubMed، مقالات در PubMed Central و منابع موجود در وب سایت های ناشران پیوند داده می شوند. پیوندهای PubMed نیز به PubMed Central منتهی می شوند. ارجاعات غیرقابل حل، مانند مجلات یا مقالات خاصی که هنوز در یکی از این منابع موجود نیستند، در پایگاه داده ردیابی می شوند و زمانی که منابع در دسترس قرار می گیرند به طور خودکار "زنده" می شوند.
یک سیستم نمایه سازی داخلی قابلیت جستجو را فراهم می کند و از اصطلاحات بیولوژیکی و پزشکی ، مانند نام داروهای عمومی در مقابل انحصاری ، و نام های جایگزین برای ارگانیسم ها، بیماری ها و بخش های تشریحی آگاه است.
هنگامی که کاربر به یک شماره مجله دسترسی پیدا می کند، با بازیابی همه مقالات، نامه ها، سرمقاله ها و غیره برای آن شماره، فهرستی از مطالب به طور خودکار ایجاد می شود. هنگامی که یک مورد واقعی مانند یک مقاله به دست میآید، PubMed Central نشانهگذاری NLM را برای تحویل به HTML تبدیل میکند و پیوندهایی را به اشیاء داده مرتبط ارائه میدهد. این امکان پذیر است زیرا تنوع داده های ورودی ابتدا به DTD های استاندارد و فرمت های گرافیکی تبدیل شده است.
در یک جریان ارسال جداگانه، نویسندگان با بودجه NIH ممکن است مقالات را با استفاده از ارسال دستنوشته NIH (NIHMS) به PubMed Central واریز کنند. مقالاتی که بدین ترتیب ارسال می شوند معمولاً از طریق نشانه گذاری XML به منظور تبدیل به NLM DTD انجام می شوند.
واکنشها به PubMed Central در میان جامعه ناشران علمی، بین شور و شوق واقعی برخی، [27] تا نگرانی محتاطانه از سوی برخی دیگر متغیر است. [28]
در حالی که PMC یک شریک خوشآمد برای ناشران با دسترسی آزاد در تواناییاش برای افزایش کشف و انتشار دانش زیستپزشکی است، همین حقیقت باعث میشود دیگران در مورد انحراف ترافیک از نسخه منتشرشده رکورد ، عواقب اقتصادی کاهش تعداد خوانندگان، نگران شوند. به عنوان تأثیر بر حفظ جامعه ای از دانشمندان در جوامع آموخته شده. [29] [30] یک تجزیه و تحلیل در سال 2013 شواهد قوی نشان داد که مخازن عمومی مقالات منتشر شده مسئول "کشیدن تعداد قابل توجهی از خوانندگان از وب سایت های مجلات" هستند و اینکه "اثر PMC در طول زمان در حال افزایش است". [30]
کتابخانهها، دانشگاهها، حامیان دسترسی آزاد، گروههای حمایت از سلامت مصرفکننده، و سازمانهای حقوق بیمار PubMed Central را تحسین کردهاند و امیدوارند که شاهد مخازن دسترسی عمومی مشابهی باشیم که توسط سایر آژانسهای مالی فدرال توسعه یافته است تا آزادانه هر گونه انتشارات تحقیقاتی را که نتیجه حمایت مالیات دهندگان باشد، به اشتراک بگذارند. . [31]
مطالعه Antelman در مورد انتشارات دسترسی آزاد نشان داد که در فلسفه، علوم سیاسی، مهندسی برق و الکترونیک و ریاضیات، مقالات دسترسی آزاد تأثیر تحقیقاتی بیشتری داشتند. [32] یک کارآزمایی تصادفی افزایشی در بارگیری محتوای مقالات دسترسی آزاد، بدون مزیت استنادی نسبت به دسترسی اشتراک یک سال پس از انتشار یافت. [33]
سیاست NIH و کار مخزن دسترسی آزاد الهام بخش دستورالعمل ریاست جمهوری در سال 2013 است که جرقه اقداماتی را در سایر آژانس های فدرال نیز برانگیخته است.
در مارس 2020، PubMed Central مراحل سپرده گذاری خود را برای متن کامل انتشارات در مورد کرونا تسریع کرد . NLM بنا به درخواست دفتر سیاست علم و فناوری کاخ سفید و دانشمندان بین المللی برای بهبود دسترسی دانشمندان، ارائه دهندگان مراقبت های بهداشتی، مبتکران داده کاوی ، محققان مراقبت های بهداشتی هوش مصنوعی و عموم مردم این کار را انجام داد. [34]
PMCID ( شناسه مرکزی PubMed )، همچنین به عنوان شماره مرجع PMC شناخته می شود، یک شناسه کتابشناختی برای پایگاه داده دسترسی باز PubMed Central است، دقیقاً مانند PMID که شناسه کتابشناختی پایگاه داده PubMed است . با این حال، این دو شناسه متمایز هستند. این شامل "PMC" و به دنبال آن یک رشته اعداد است. قالب این است: [35]
نویسندگان متقاضی جوایز NIH باید PMCID را در درخواست خود لحاظ کنند.
برای حمایت از این ابتکار، NLM رویههای استاندارد خود را برای سپردهگذاری مقالات به PMC تطبیق میدهد تا انعطافپذیری بیشتری را فراهم کند تا اطمینان حاصل شود که تحقیقات کرونا به آسانی در دسترس است.